Беды, выпавшие на долю несчастного этелинга Альфреда, на этом не закончились: после того, как он попал в плен и пережил крушение всех своих надежд, его отправили в монастырь Или, но по дороге он был ослеплен и вскоре умер102. Ответственность за убийство в последующие годы будут возлагать на Годвине, хотя наиболее близкие к событиям источники обвиняют не его, а короля Харальда. То, что главное злодеяние совершилось по дороге в Или, в местности, находившейся тогда непосредственно под властью Харальда, подтверждает, скорее, последнюю версию. Еще более существенно, что поздние нормандские хронисты, Вильгельм Жюмьежский и Вильгельм из Пуатье, невзирая на их очевидное стремление представить Годвине в наихудшем свете, однозначно утверждают, что в убийстве Альфреда повинен Харальд Заячья Стопа. Участие Годвине в этом преступлении ограничивается тем, что он схватил этелинга и передал его Харальду. Тем не менее пятно позора ложилось и на него, и неприязнь Эдуарда, брата Альфреда, к эрлу Годвине позднее сыграла свою роль.
Одним из непосредственных результатов произошедших событий стало примирение короля Харальда Заячья Стопа и эрла Годвине; в 1037 году Харальд был «повсюду признан королем» и стал «полновластным королем всей Англии»103, а Годвине остался эрлом Уэссекса. Королева Эмма, мать Хардакнута, была изгнана из Винчестера и бежала во Фландрию, в Брюгге; находясь там, она попыталась — на сей раз безуспешно — вновь призвать на помощь своего сына Эдуарда.
В карьере Годвине это был, наверное, самый критический момент, но он сумел благополучно пережить его, правда, с изрядно подпорченной репутацией. Союз между Харальдом и эрлом Годвине не успел пройти проверку временем, поскольку через два года тучи вновь сгустились. Хардакнут сумел на время решить свои проблемы с Магнусом и в 1039 году прибыл с флотом в Брюгге, где его ожидала мать. Он намеревался летом 1040 года высадиться в Англии и предъявить свои права на трон. Однако прежде, чем он воплотил эти планы в жизнь, его сводный брат Харальд Заячья Стопа умер. Это произошло 17 марта 1040 года, и Хардакнут получил возможность беспрепятственно занять английский трон104.
Смерть Харальда избавила Годвине от нового трудного выбора между двумя соперниками, но поставила его перед необходимостью оправдываться за свои действия в поддержку Харальда. Задача оказалась непростой, поскольку Хардакнут, судя по всему, был весьма зол на своих английских подданных. Первым делом новый король распорядился выкопать тело сводного брата из могилы в Вестминстере и выбросить его в ближайшее болото, а потом наказал англосаксонскую знать, назначив гигантский «гельд», чтобы покрыть расходы на подготовку и содержание флота из 60 кораблей, с помощью которого он рассчитывал отвоевывать королевство105. В такой ситуации Годвине вряд ли мог предположить, что его объяснения будут с готовностью приняты. Кроме того, если верить Иоанну Вустерскому, Эльфрик, архиепископ Йорка, и некоторые другие люди обвинили Годвине и епископа Люфинга в причастности к убийству этелинга Альфреда. Ни в каких других источниках данный эпизод не упоминается, но если он все же имел место, в нем бесспорно нашло отражение соперничество, вспыхнувшее среди бывших сторонников короля Харальда. Не исключено, что именно архиепископ Эльфрик короновал Харальда в 1036 году, поскольку архиепископ кентерберийский Этельнот поддерживал в тот момент сторонников Хардакнута и едва ли стал бы это делать. Известно, что Хардакнут повелел, чтобы эрл Годвине и архиепископ Эльфрик, возможно, в наказание за то, что они поддержали Харальда, приняли участие в осквернении его могилы. Вероятно, Эльфрик обвинил Годвине и Люфинга, пытаясь обрести расположение короля и защитить себя за их счет. Не исключено также, что он обвинил Люфинга для того, чтобы получить в свои руки принадлежавшую ему вустерскую епархию; Эльфрик действительно распоряжался этим диоцезом какое-то время в 1040 году. На самом деле у нас нет иных никаких свидетельств причастности Люфинга к смерти Альфреда, и судя по тому, что он вскоре вернулся на свою кафедру, обвинения (если они вообще высказывались) оказались безосновательными106. О той роли, которую сыграл Годвине в истории с Альфредом, напротив, было известно всем; выдвинутые против него обвинения представляли серьезную угрозу его положению, особенно с учетом того, что Хардакнут вскоре пригласил в Англию своего сводного брата Эдуарда, с которым у него, возможно, сложились вполне теплые отношения.