В мае 1993 года Гарри и Рон вместе с Клыком отправляются в Запретный лес, чтобы добыть сведения о Тайной комнате. Следуя за пауками, убегающими из замка в глушь леса, они встречают Арагога, самого старого из акромантулов. Он рассказывает мальчикам об изгнании Хагрида из Хогвартса и о монстре, живущем в школе. Услышанное от Арагога помогает Гарри и Рону обнаружить связь между Плачущей Миртл и Тайной комнатой. Правда, добывая эту ценную информацию друзья чуть не погибли: им пришлось спасаться бегством от многочисленного потомства Арагога.
В конце 1993/1994 учебного года трое юных волшебников встречают в Кричащей Хижине Люпина, Блэка, Петтигрю и Снейпа и узнают тайну Люпина и крысы Скабберса. Когда они затем выходят из подземного туннеля. Люпин внезапно вспоминает, что не принял зелье, сдерживающее его волчьи инстинкты. При свете полной луны он трансформируется в оборотня. Петтигрю пользуется замешательством и убегает в облике крысы, а Сириус оборачивается в собаку и нападает на Люпина-оборотня, чтобы защитить детей. Ремус убегает в лес. Вскоре после этого инцидента Гарри и Гермиона, используя Хроноворот, спасают гиппогрифа Бакбика от казни и прячут его в лесу.
В следующем году в Запретном лесу – подальше от посторонних глаз – поселяют драконов, привезенных для первого задания Турнира Трех Волшебников. Чтобы увеличить шансы Гарри на победу, Хагрид приглашает мальчика в лес и показывает дракона, с которым ему предстоит побороться. Позже Гарри и чемпион Дурмстранга Виктор Крум, прогуливаясь по опушке леса, встречают Барти Крауча – старшего. Тот явно чем-то озабочен и выглядит сбитым с толку. Гарри бросается в школу за помощью, но, когда он возвращается с Дамблдором, Крауча уже нет, а Крум лежит без сознания.
В 1995/1996 учебном году Хагрид приводит учеников, слушающих его курс «Уход за магическими существами», в Запретный лес, чтобы продемонстрировать им табун фестралов. Позже Хагрид с Гарри и Гермионой навещает в лесу своего сводного брата Гроупа (Грохха). Вскоре после этого двое друзей вновь оказываются в лесу: ведут Долорес Амбридж в лес в надежде напугать ее кентаврами. Амбридж оскорбляет этих гордых, независимых существ, называет их полукровками – и кентавры уносят ее в самую чащу леса.
Во время Битвы за Хогвартс лорд Волдеморт и его последователи – Пожиратели смерти – разбивают свой лагерь в лесу, на поляне, где когда-то было логово Арагога. Поляну охраняют два великана. Когда битва приостанавливается, чтобы обе стороны могли позаботиться о раненых и собрать тела павших, Гарри надевает мантию-невидимку и направляется к Волдеморту. Он знает, что для полной победы над темным магом ему придется пожертвовать собой. По пути Гарри выясняет, как открыть золотой снитч, который он поймал во время своего первого матча по квиддичу, и находит в нем Воскрешающий камень. Гарри трижды поворачивает его и видит бесплотные фигуры своих матери, отца, Сириуса и Ремуса. Они подбадривают, воодушевляют его и сопровождают в лагерь Волдеморта. Там Гарри снимает свою мантию-невидимку и позволяет Темному лорду убить себя (на самом деле он не умирает, а оказывается в некоем промежуточном пространстве, удивительным образом напоминающем вокзал Кингс-Кросс, и беседует там с Дамблдором). Вскоре после этого Гарри приходит в сознание. Когда Нарцисса Малфой проверяет пульс мальчика, он дает ей понять, что Драко все еще жив и находится в замке. Нарцисса лжет Волдеморту, объявляя, что Гарри скончался. Темный лорд поручает Хагриду отнести тело юного волшебника обратно в школу.
Почти двадцать лет спустя на опушке Запретного леса начинаются опасные эксперименты сыновей Гарри Поттера и Драко Малфоя с Хроноворотом. На границе с лесом Альбус Поттер, Скорпиус Малфой и Дельфи отрабатывают заклятие Экспеллиармус, готовясь спасти Седрика Диггори от смерти в финальном задании Турнира Трех Волшебников. Если он проиграет, думают дети, то не случится его роковой встречи с Волдемортом. Когда Гарри узнает о планах своего сына изменить прошлое, он и Рон спешат в лес, чтобы помешать этому. Там они сталкиваются с кентавром Бэйном, который говорит Гарри, что видел Альбуса среди звезд, окутанного черным облаком. Кентавр предсказывает, что Гарри может потерять сына навсегда. Рон приближается к Альбусу и Скорпиусу на опушке леса, но не успевает задержать их. Альбус раскручивает Хроноворот, отправляя себя, Скорпиуса и Дельфи в 1994 год на первое задание Турнира Трех Волшебников. Они маскируются под студентов Дурмстранга. Обезоружив Седрика, Альбус и Скорпиус отправляются обратно, в Запретный лес, где их и находит Рон.