Юдин был в тюрьме и ссылке в суровое время, насыщенное важнейшими для судьбы страны событиями: «ленинградское дело», арест министра госбезопасности B.C. Абакумова и его ближайших сотрудников, в том числе Комарова, «дело врачей», смерть Сталина, арест и устранение Берия. Если учесть, что готовились компрометирующие материалы и на других высокопоставленных лиц, то очевидно, что в высших эшелонах власти шла жестокая борьба за выживание. Устранялись конкуренты, в основном принадлежащие к элите нового поколения, создавались коалиции для конкретной акции, затем они распадались и создавались новые. Ставки были очень высоки: проигравшие лишались жизни. Ради объективности отметим, что впоследствии, начиная с правления Хрущёва, применялись уже гуманные меры наказания: освобождение от партийных и государственных должностей, перевод на пенсию или на работу за границу, в отдалённые области. Дело Абакумова, кажется, было последним с летальным исходом для подсудимого такого статуса, но в таком результате были лично заинтересованы Хрущёв и Маленков.
Публикатор утверждает, что «Юдина за шпионаж осудили к 10 годам ссылки в Новосибирскую область с возможностью заниматься наукой». Однако в Протоколе №12 Особого Совещания при МГБ от 13 марта 1952 г. - иная формулировка: «за преступную связь с иностранцами и антисоветскую агитацию», т.е. отсутствует шпионаж и разрешение заниматься наукой, тем более что Юдин в ссылке занимался лечебной деятельностью, а не наукой. Ещё одна подробность: в ссылку 16 марта 1952 г. Юдин доставлен в купе мягкого вагона с женой в сопровождении офицера, при этом ему было выплачено денежное вознаграждение Сталинской премии за 1948 г. в размере 100 тыс. руб. (1). Для шпиона такое внимание выглядит как-то странно. Возникает также вопрос: почему дело Юдина было передано Особому Совещанию? Сошлёмся на авторитетное мнение Ю.И. Мухина («СИ», №47, 2013): «Особое Совещание... занималось только случаями, когда вину человека было трудно доказать, а наказать его надо было». И, наконец, ещё один вопрос: почему так долго велось следствие - три года и три месяца, «тогда как согласно закону полагается вести следствие не более двух месяцев» (2)? Полковник Комаров был решительным следователем и свою работу выполнял быстро. 8 апреля 1948 г. в Ленинграде был арестован вице-адмирал Л.Г. Гончаров, профессор, начальник кафедры военно-морской академии. После допросов Комаровым в Лефортовской тюрьме вице-адмирал умер от сердечного приступа через две недели (2). Ещё один пример работы следователей МГБ (2). 26 апреля 1948 г. арестован министр морского флота СССР А.А. Афанасьев. Выдержал 120 допросов и через год 14 мая 1949 г. Особым Совещанием приговорён к 20 годам ИТЛ. А Юдин был под следствием 3 года и 3 месяца! Не признавался в совершённых «преступлениях»? Ничего подобного. Как следует из опубликованного протокола (почему-то без указания даты), через шесть дней после ареста 29 декабря 1948 г. Юдин сознался «в сотрудничестве с английской разведкой». На очередном допросе не только подробно рассказал, как он получал секретные сведения во время войны, но и сообщил о своём разговоре с главным маршалом артиллерии Н.Н. Вороновым в конце 1942 г.: «Воронов заявил, что военные недовольны политической обстановкой в стране и ...имеют намерение оказать давление с целью изменения существующих порядков. ... С окончанием войны наши люди войдут в правительство и изменят политический курс в стране». Полковнику Комарову недвусмысленно заявляют, что существует заговор высокопоставленных военных, имеющий цель совершить государственный переворот, а он пропускает это мимо ушей и интересуется только «преступлениями» врача-хирурга. Комаров завершает допрос угрозой: «...вы будете допрашиваться (нетрудно догадаться, что под этим надо понимать), пока не выдадите все без остатка ваши преступные связи и замыслы». Итак, собирался материал на разработку Воронова, для чего от Юдина впрок выбивались показания, которые пригодились бы к моменту, когда процесс будет запущен. До этого времени Юдин должен был оставаться в тюрьме, хотя условия его содержания несколько улучшились.
В августе 1949 г. полковник Комаров переключился на ведение следствия по секретарю ЦК и члену Оргбюро А.А. Кузнецову в рамках «ленинградского дела». О Юдине вспомнили в июле 1951 г., когда первый заместитель Генерального прокурора СССР К. Мокичев приступил к допросам Абакумова. Основные обвинения касались «ленинградского дела», дела молодёжной подпольной группы «СДР», дела «еврейского националиста врача Этингера». Тем не менее ему поставили в вину «попустительство террористическим намерениям» хирурга академика С.С. Юдина, якобы примкнувшего к заговору, которым руководил главный маршал артиллерии Воронов Н.Н., пообещавший передать власть в стране маршалу Жукову Г.К. (3). Итак, предположение, что Юдина готовили к процессу по делу Воронова и Жукова, подтверждается. Но дождаться сигнала на запуск этого дела Абакумову не довелось. 12 июля 1951 г. он был арестован, вскоре было арестовано руководство следственной части по особо важным делам, в том числе полковник Комаров.
Публикатор, кажется, искренне считает, что в протоколе допроса Юдина отражены факты и его действительные намерения, а не вымыслы следователя. Попробуем опровергнуть эту точку зрения примерами из практики МГБ и документами. Перед началом следствия по «ленинградскому делу» Комаров предложил план расследования дела Кузнецова, основанный на обвинении в шпионаже. От такого плана Абакумов категорически отказался, заявив: «Собственно, какой у этих арестованных шпионаж? Они давно на виду, постоянно находились под охраной МГБ, каждый их шаг был известен ..., начни мы ставить вопрос об их связи с заграницей, в ЦК будут смеяться» (2). Очевидно, проблем с получением признаний по любому виду преступлений не было. На допросах у К. Мокичева Абакумов показал: «Мы можем и бить арестованных - в ЦК ВКП(б) меня ...неоднократно предупреждали о том, чтобы наш чекистский аппарат не боялся применять меры физического воздействия к шпионам и другим государственным преступникам, когда это нужно» (2). И, наконец, ещё один документ - приказ от 4 апреля 1953 г. министра внутренних дел Л.П. Берия «О запрещении применения к арестованным каких-либо мер принуждения и физического воздействия» (4). Министр так характеризует методы работы следователей МГБ: «аресты невинных советских граждан, разнузданная фальсификация следственных материалов, широкое применение различных способов пыток».
Итак, теперь хирург С.С. Юдин и следователь В.И. Комаров одновременно оказались в тюрьме как подследственные. Но положение Юдина не меняется, он ещё долгих восемь месяцев будет ждать приговора. Новому министру С.Д. Игнатьеву было не до него. Надо разрабатывать «дело врачей», вести следствие по делу самого Абакумова, проводить кадровую чистку министерства, сопровождающуюся арестами и увольнениями. С июля 1951 г. по сентябрь 1952 г. было «вычищено» 42 тыс. чел. (2).
В конце концов дело Юдина отправляют в Особое совещание, но предварительно изымают все упоминания о том, что Юдину вменялись связи с крупными военачальниками, в том числе с Вороновым (1). Так что протокол, публикуемый С.А. Бондаревой, не является доказательством виновности Юдина, поскольку изъят их дела самими исполнителями. Он из документа превратился в эскизный набросок из творчества полковника Комарова. В ссылке Юдин возобновил лечебную деятельность, а спустя год и четыре месяца 29 июля 1953 г. решением того же Особого Совещания был реабилитирован. Хрущёв никакого отношения к этому акту не имел, в то время он - ещё не первый секретарь ЦК и, празднуя победу над Берия, не определился с основными направлениями своей политики, одним из которых вскоре станет «разоблачение культа личности». Полагают, что содействие в восстановлении справедливости оказал Н.А. Булганин, тогда Заместитель Председателя СМ СССР и министр обороны. В сентябре 1953 г. Юдин возвращается в Москву и возобновляет работу в медицинских учреждениях, но подорванное здоровье не позволяет ему в полной мере это делать. 12 июня 1954 г. С.С. Юдин в возрасте 62 лет умер.