Много лет спустя В.Г. Белинский писал, что с «Оды на взятие Хотина» «по справедливости должно считать начало русской литературы».
В мае 1741 года Ломоносов отплывает в Россию.
В этот период русской истории на престоле находилась Анна Иоанновна, про которую В.О. Ключевский («Курс русской истории», М., 1910) пишет:
«Не доверяя русским, Анна поставила на страже своей безопасности кучу иноземцев, навезённых из Митавы и из разных немецких углов... При разгульном дворе, то и дело увеселяемом блестящими празднествами… вся эта стая кормилась досыта и веселилась до упада на доимочные деньги, выколачиваемые из народа... Недаром двор при Анне обходился впятеро-вшестеро дороже... чем при Петре I, хотя государственные доходы не возрастали... скорее убавлялись».
После переворота 25 ноября 1741-го года, приведшего на престол Елизавету Петровну, положение при дворе изменилось, но в Академии наук по-прежнему денег на содержание учёных отпускалось мало, выплаты задерживались. Хотя существовал президент Академии, но ею управлял советник Канцелярии Иоганн Шумахер, и при нём рядом с талантливыми учёными, нашедшими в России вторую родину, Академию наводнили стяжатели-иностранцы, а в числе академиков не было ни одного русского.
Шумахер тормозил подготовку русских национальных научных кадров, создавал тяжёлые условия для неугодных ему академиков. К моменту возвращения Ломоносова в Россию наиболее известные иностранные учёные ушли из Академии, в июне 1741 года выехал из Петербурга в Берлин и знаменитый Леонард Эйлер.
Первой работой Ломоносова стало описание камней и минералов, хранящихся в музее Академии, Кунсткамере; он начинает читать лекции студентам академического университета, при этом было объявлено, что он «физическую географию публично толковать будет», а желающим «наставления давать намерен» в химии, горном деле, а «також обучать в стихотворстве и штиле российского языка», пишет диссертацию «Физико-химические размышления о соответствии серебра и ртути», создаёт две похвальные оды.
Негладко шла личная жизнь великого учёного: М.В. Ломоносов продолжал испытывать нужду, и только через два года после возвращения из-за границы смог перевезти в Россию свою семью.
В январе 1742 года М.В. Ломоносову было присвоено младшее учёное звание –адъюнкта Академии по физическому классу. Тем временем напряжение в Академии росло, работавшие там русские и даже некоторые иностранные учёные, возмущённые самоуправством Шумахера, подали на него жалобу в Сенат, где писали: «Академия в такое несостояние приведена, что никакого плода России не приносит».
Была образована следственная комиссия, которая сначала взяла Шумахера под стражу, а затем его оправдали и приговорили жалобщиков к различным наказаниям. Ломоносова комиссия обвиняла в прерывании заседаний конференции непристойными выходками, в оскорблениях членов её, в бесчинствах в Географическом департаменте.
25 июля 1745 года последовал Высочайший указ о назначении Ломоносова профессором: с этого времени он стал полноправным членом Академии, первым русским академиком, и в качестве такового первый раз принял участие в заседании конференции 12 августа.
В 1746 году состоялось назначение первого русского президента Академии, им стал граф К.Г. Разумовский, это изменило положение Ломоносова, так как принятый новый устав открыл русским вход в Академию, где Ломоносов получил кафедру химии и ввёл популярный курс экспериментальной физики. В том же году он напечатал риторический трактат – первое научное сочинение, появившееся на русском языке.
Положение Ломоносова стало улучшаться, когда в нём приняли участие «люди сильные»: Иван Иванович Шувалов, граф Воронцов и другие лица, имевшие большую силу при императрице Елизавете Петровне, они довели до императрицы сведения об его учёных трудах, и она пожаловала Ломоносову усадьбу и деревню недалеко от Ораниенбаума.
Когда в 1762 году воцарилась Екатерина II, иностранцы, противники Ломоносова, начали на него новое наступление, считая, что положение его как «человека Елизаветы» должно пошатнуться. Враги оклеветали Ломоносова, и императрица даже подписала указ об отставке его от службы в Академии наук, но, благодаря заступничеству графа Григория Орлова, изменила своё мнение, отозвала из Сената указ об отставке и пожаловала Ломоносову чин статского советника, равнявшийся генеральскому.
Период с конца 1750 года по начало 1760 годов стал временем, когда особенно ярко проявился государственный уклон в деятельности Ломоносова. В 1760 году М.В. Ломоносов написал статью о необходимости преобразования Академии, где рекомендовал не допускать властвовать над наукой людей малоучёных, не давать власти чужестранцам, недоброжелательным к учёным россиянам, и т.д., а летом 1764 года Ломоносов написал «Краткую историю о поведении Академической канцелярии в рассуждении учёных людей и дел с начала сего корпуса до нынешнего времени».