С одной стороны, были уже изданы приказы Сталина, пересматривавшие линию первых военных лет, были распоряжения - кормить немцев, оказавшихся в советской зоне контроля, обеспечивать им относительно мягкий режим оккупации. Строгие приказы о недопустимости насилий над мирным населением были отданы советским командованием (в частности, Жуковым).
Христианский демократ Эрнст Леммер (федеральный министр ФРГ) в 1968 году в своей книге «Кое-что всё-таки было иначе. Воспоминания немецкого демократа» писал о деятельности первого коменданта: «Берзарин настолько серьезно относился к своему поручению и воспринимал его так естественно, как будто он должен был его проводить в своей стране».
16 июня 1945 года Берзарин погиб в автокатастрофе на перекрёстке Шлоссштрассе и Вильгельмштрассе (ныне Ам-Тирпарк и Альфред-Ковальке-Штрассе) в берлинском районе Фридрихсфельде, передвигаясь на мотоцикле в составе конвоя грузовиков. Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.
Николай Берзарин всего 54 дня возглавлял советскую военную администрацию в Берлине, но за это короткое время заслужил благодарность берлинцев, которых в первые недели после капитуляции спас от голодной смерти. Уже в приказе №1, сразу после вступления в должность, он распорядился выдавать молоко больным детям и новорожденным. 9 сентября «Дойче Театер» показал первую премьеру - драму Лессинга «Натан Мудрый». О том, как относились к генералу сами берлинцы, свидетельствует то, что в последний путь генерала провожали свыше 10 тысяч горожан. Нужно ли говорить, что это был 1945 год и поражение Германии. Какая «сталинская» пропаганда могла собрать такое количество берлинцев? Оказывается, у Сталина были такие генералы!
Н.Э. Берзарин — почётный гражданин города Берлина. Это звание было присвоено ему посмертно правительством ГДР в 1975 году. В Берлине была установлена мемориальная доска в его память. После объединения Германии в 1992 году Берзарин был исключён из списков почётных граждан вместе с рядом других советских военачальников.
11 февраля 2003 г. берлинский Сенат, депутатами которого были преимущественно члены социал-демократической партии Германии (СДПГ) и партии Демократического социализма (ПДС), решил вернуть Берзарину звание почетного гражданина города. Имелись многолетние разногласия в понимании роли Берзарина в послевоенной истории Германии. Одни учитывали его заслуги для инфраструктуры, культуры и религии в разрушенном Берлине непосредственно после конца войны. А противники отбрасывали эти заслуги в должности городского коменданта «диктаторского» режима Сталина. После ожесточенных прений Сенат Берлина по инициативе правящего бургомистра Клауса Воверайта всё же вернул Берзарину звание почётного гражданина города на основании дополнительного изучения материалов. Можно отметить, что при штурме Берлина 5-й Ударной армии под командованием Берзарина была поручена боевая задача особой важности — овладеть районом правительственных кварталов, расположенных в центре города, в том числе имперской канцелярией, где находилась ставка Гитлера, он имел среди наград и медаль «За взятие Берлина». И, тем не менее, был восстановлен в ранге почетных граждан Берлина. Можно добавить, что находятся и другие представители России в этом списке, а именно император Николай I, Михаил Горбачев и Валерий Быковский, совершивший космический полет с гражданином ГДР Зигмундом Йеном.
В берлинском районе Фридрихсхайн его именем названа площадь (Bersarinplatz); с апреля 2005 года в административном округе Берлина Марцан-Хеллерсдорф имя Берзарина носит мост (Nikolai-Bersarin-Brucke). Имя Н.Э. Берзарина носит улица в Москве.
1 апреля 2003 г. в газете «Красная звезда» опубликована статья, посвященная 100-летию со дня рождения прославленного генерала. В ней описан такой эпизод. Повар одной из частей пригрел немецкого мальчика, одел его в полную советскую солдатскую форму.
«Простите, товарищ генерал, если допустил оплошность, – волнуясь, заговорил повар. – Только это я... Словом, сынок у меня дома остался - Петрушка, то есть Петя. А это малец – Петер, вроде тот же Петя. Приветливый он такой, все к моей кухне жмётся. Я не просил – смотрю, охапку дощечек на подтопку принёс. Родных – мне перевели с ихнего, немецкого – у него нет: отец погиб на фронте, мать завалило насмерть при бомбёжке Кюстрина... Куда же ему деваться? Тянется ко мне, как к батьке... Ежели я провинился, то тогда...».