Разумеется, Дарвин был отнюдь не первым эволюционистом. Еще до его рождения эволюционные идеи развивали Этьен Жоффруа Сент-Илер, Жан-Батист Ламарк и некоторые другие ученые. Но до того, как Дарвину удалось объяснить, какие естественные механизмы могут лежать в основе эволюции, место эволюционных идей было среди известных, но спорных гипотез. Книга «Происхождение видов» убедила большинство биологов в реальности эволюции и открыла глаза систематикам на то, что же они, собственно, изучали уже больше ста лет. Стало ясно, что в основе систематики должно лежать исследование родства, и именно на основании представлений о родстве следует объединять организмы в систематические группы. При этом оказалось, что накопленные систематикой знания во многом уже отражают вероятное родство живых организмов. Как ни удивительно, еще Линней, книги которого пестрят восторженными похвалами Создателю, отнес человека к отряду приматов. Идея о происхождении людей от древних человекообразных обезьян, обоснованная Дарвином в 1871 г. в книге «Происхождение человека и половой отбор», произвела фурор в науке и далеко за ее пределами, но при этом не потребовала никакого переворота в систематике отряда приматов, в составе которого вид Homo sapiens и был описан Линнеем.
Диаграмма из «Происхождения видов», отражающая представления Дарвина о родственных отношениях между видами живых организмов. Прописные буквы обозначают предковые виды, строчные буквы — их вариететы и новые виды, возникающие на их основе. Римскими цифрами обозначены моменты времени, между которыми сменяется тысяча поколений. В пояснениях к этой схеме Дарвин обсуждает возможность выделения возникших в итоге видов в отдельные роды и подсемейства, подразумевая, что эти группы должны объединять всех потомков одного предкового вида. Впоследствии такие группы получили название монофилетических.
При том, что эволюционная теория наполнила биологическую систематику новым содержанием, она почти не сказалась на форме этой научной дисциплины. По крайней мере так было в первые сто лет после публикации «Происхождения видов», когда сам факт эволюции был уже в целом признан научным сообществом, но ее механизмы оставались предметом серьезных разногласий. Эволюционные идеи окончательно восторжествовали в науке лишь в середине XX в., когда стало ясно, что дарвиновское представление об эволюции путем естественного отбора хорошо согласуется с накопленными к тому времени данными генетики и палеонтологии. Примерно тогда же были сформулированы следствия эволюционной теории, наиболее существенные для систематики. Важнейшие обобщения в этой области сделали Эрнст Майр, родившийся в Германии и начинавший как орнитолог, а впоследствии эмигрировавший в США и переключившийся на эволюционную биологию, и западно-германский энтомолог Вилли Хенниг.
Схема Вилли Хеннига из статьи «Phylogenetic Systematics» (1965), показывающая три возможных разновидности систематических групп: монофилетические, полифилетические и парафилетические. Черными кружками обозначены виды, а деревья отражают их родственные связи. Хенниг убедил значительную часть систематиков в том, что следует стремиться объединять виды исключительно в монофилетические группы.
Немалым шагом вперед для систематики стала сформулированная Майром биологическая концепция вида. Дарвин в «Происхождении видов» указал на некоторую расплывчатость такого ключевого для систематики понятия, как вид, и доказывал, что виды есть не что иное, как достаточно обособившиеся формы (вариететы) других, предковых видов, настаивая на невозможности провести границу между вариететом и отдельным видом. Согласно Майру, видом следует называть прежде всего совокупность популяций, представители которых в естественных условиях способны скрещиваться и оставлять плодовитое потомство друг с другом, но не с представителями других популяций, от которых они таким образом репродуктив-но изолированы. Эта концепция в немалой степени способствовала наведению порядка в систематике, однако ее применение оказалось затруднено рядом трудностей. Важнейшая из них, теоретическая, состоит в том, что не у всех организмов есть половое размножение, т.е. у некоторых совокупностей популяций, которые систематики называют видами, о способности скрещиваться вообще говорить не приходится. Другая, практическая трудность состоит в том, что выяснение наличия или отсутствия репродуктивной изоляции в природе — часто очень непростая задача. Кроме того, не всегда ясно, какие условия считать естественными, а многие организмы (например, домашние и лабораторные животные) в любом случае существуют в условиях, которые естественными считать нельзя. Таким образом, во многих случаях систематикам не остается ничего иного, как называть видами условно выделяемые совокупности организмов, в той или иной степени обособленные от других таких совокупностей. Данное Майром строгое определение вида применяется сегодня везде, где это возможно, но во всех остальных случаях систематики по-прежнему исходят из представления о некоторой условности этого понятия, на которой настаивал Дарвин.