Другим важнейшим теоретическим достижением в этой области была концепция филогенетической систематики (т. е. систематики, отражающей филогенез — эволюционную историю), детально разработанная Хеннигом. Предложенная Хеннигом совокупность терминов и понятий широко используется систематиками в наши дни. Согласно одному из принципиальных положений его концепции, систематика должна, по возможности, стремиться к выделению только монофилетических групп, т. е. таких, которые включают всех без исключения потомков некоторого предкового вида и, таким образом, составляют одну отдельно взятую ветвь эволюционного древа. Эта идея вызвала в биологической систематике больше перемен, чем сама теория эволюции. Вместе с тем полной перестройке системы живой природы в соответствии с принципом монофилии мешает наличие ряда давно признанных систематических групп, которые никак не могут быть мо-нофилетическими (например, рептилий, которых традиционно рассматривают в ранге класса Reptilia, но не относят к нему ни птиц, ни млекопитающих, хотя те и другие и происходят от древних представителей этого класса). Однако на уровне групп более низкого ранга, таких, как семейства и роды, большинство современных систематиков стремятся последовательно применять этот принцип.
Примечательно, что еще в «Происхождении видов» Дарвин, хотя и не сформулировал этот принцип так же отчетливо, как это сделал впоследствии Хенниг, но интуитивно, пусть не вполне последовательно, исходил из него, обсуждая гипотетическое эволюционное древо неких неназванных организмов. В пространных пояснениях к этому древу он неизменно исходил из того, что представители каждого возникающего в ходе эволюции нового рода или подсемейства являются потомками единственного предкового вида. Тем не менее, он был готов отнести несколько гипотетических видов, давших начало разным новым родам, к одному общему, более древнему роду. Тем самым он отступал от принципа монофи-лии, хотя и указывал, что этот род объединяет представителей единственного предкового вида, ведь,по Хеннигу, все потомки этого вида должны составлять одну систематическую группу и не могут быть разделены на несколько групп одного ранга (в данном случае — родов). Таким образом, Дарвин уже на самом первом этапе развития эволюционной биологии приблизился к этому широко востребованному в современной систематике принципу, хотя и не сформулировал его строго, как это сделал впоследствии Хенниг, и, в отличие от Хеннига, не предлагал последовательно применять его во всех случаях.
Помимо огромного вклада в развитие теории систематики Дарвин заслуживает отдельной похвалы за ряд публикаций, в которых он выступил в роли систематика-практика. Две главные его работы в этом направлении: двухтомная монография, посвященная современным усоногим ракообразным всего мира, и двухтомная же монография, посвященная ископаемым усоногим. Подготовке этих трудов по систематике усоногих Дарвин посвятил несколько лет в конце 40-х и начале 50-х годов, на время отложив дальнейшую разработку своей эволюционной теории, основную идею которой он сформулировал еще в 1838 году. Только закончив эти две монографии, он вернулся к работе, итогом которой стали книги «Происхождение видов» и «Происхождение человека и половой отбор».
Читая «Происхождение видов», можно подумать, что и другим работам Дарвина свойствен литературный, научно-популярный стиль. Именно так, вероятно, думал О.Э. Мандельштам, который в эссе «Вокруг натуралистов» сообщал, что поставил Дарвина «на воображаемой этажерке рядом с Диккенсом», а в заметке о литературном стиле Дарвина писал, что «Дарвин избегает выписывать весь длинный « полицейский» паспорт животного со всеми его приметами». В «Происхождении видов» это действительно так, но этого никак нельзя сказать о стиле Дарвина в описаниях усоногих, которых Мандельштам упомянул в стихотворении, посвященном Ламарку. Но он, должно быть, не был знаком с работами Дарвина по систематике этих животных. Их стоит поставить на воображаемой этажерке никак не рядом с Диккенсом, а с другими профессиональными систематиками. Полицейский паспорт каждой систематической группы выписан в них по всей форме. Нестрогий стиль «Происхождения видов» объясняется не тем, что нестрогость была свойственна Дарвину как ученому (это отнюдь не так), а тем, что он стремился донести результаты своих вполне строгих исследований до широких кругов читателей. И это ему удалось.