Результаты своих исследований Марат отсылает на отзывы известным ученым и в академии европейских стран. Но ему не удается добиться признания, хотя первые отзывы и кажутся довольно благоприятными. Комиссия, назначенная Парижской академией наук для проверки 120 опытов с огненными флюидами, находит работу Марата интересной, опыты добросовестно поставленными и ожидает благоприятных результатов от их продолжения. Берлинская академия наук так же вежлива, как и Парижская, и тоже думает, что последующая работа внесет свой вклад в науку. Но Марат не из тех людей, от которых можно отделаться туманными комплиментами. Он пишет настойчивые письма, торопит, требует новых комиссий. Он просит знакомых печатать о нем хвалебные отзывы, вставляет в свои анонимные статьи ссылки на выдающегося физика Марата. Вскоре уже геометр Лаланд и астроном Байи обвиняют Марата в шарлатанстве [3]. У него устанавливается репутация человека скандального и неразборчивого в средствах. Это вовсе не смущает Марата и никак не влияет на оценку, которую сам он даёт своим работам. «После двух тысяч лет бесплодных исканий, что такое огонь, предстал перед Академией я: я укрепляю солнечный микроскоп на внутренней ставне темной комнаты. Я помещаю в световой конус добела раскаленное ядро я прошу академиков подойти к экрану, я заставляю их видеть и осязать новое начало, о котором они не имели ни малейшего понятия. Я заставляю их видеть его свойства и способы действия. Я им доказываю, что оно не находится в лучах солнца и т.д. и т.д. Наконец, после этого легкого и забавного анализа я освобождаю теорию об огне от всего гипотетического, от всего предположительного, от всяких мудрствований. Я ее очищаю от ошибок. Я ее делаю очевидной, и я ее излагаю в маленьком томике» [2, с. 37].
Марат не признал той революции, которая совершилась на его глазах в химии. Фундаментальные работы Лавуазье, его закон сохранения материи, количественный анализ, кислородная теория горения и дыхания были в то время хорошо известны. Марат, выступивший соперником прославленного химика, отверг их без колебаний. Знаменитую французскую школу химиков, работавшую над новой теорией и установившую новую номенклатуру химических соединений, он позже определит как «группирование паразитов вокруг Лавуазье», которого они «превозносят до небес» [4, с. 156].
Тот же способ, каким Марат изучал горение, он применил для исследования электричества. «До меня все, что появилось об электричестве, представляло кучу разрозненных и запутанных опытов, рассеянных по сотням томов. Дело заключалось в том, чтобы извлечь истину из этого ужасного хаоса. Я запираюсь в свою темную комнату, я прибегаю к моему методу наблюдения, я делаю видимой электрическую жидкость, я ее сравниваю с жидкостью огня и с жидкостью света, с которыми ее смешивали до сих пор. Я наблюдаю ее свойства, ее действия, явления, которые получаются от воздействия на нее воздуха, света, огня. И с этого момента нет больше гипотез. Все становится очевидным, и наука прогрессирует» [3, с. 109]. Флюиды света, огня, электричества Марат видел собственными глазами.
Особенно большие надежды Марат возлагал на работы в области света. Из многочисленных опытов он вывел, что разложение солнечного луча на цветные лучи происходит вовсе не от преломления призмой, как полагал Ньютон, поскольку луч отклоняется еще до вхождения в призму. Это довольно туманным образом следовало из поведения тех флюидов и жидкостей, которые предполагались в основе света, так же как огня и электричества. Избавленная от сложных и ненужных теперь расчетов, новая оптическая теория должна была найти, по мысли Марата, обширное применение — в астрономии, физике, химии, часовом производстве, навигации и военном деле [3].
На этот раз ответ Академии был совершенно определенным. Поскольку опыты чрезвычайно многочисленны, свидетельствует протокол от 10 мая 1780 г., они не могли быть проверены все с надлежащей тщательностью, но в этом и нет необходимости, так как они «вовсе не доказывают того, что устанавливается ими, как это воображает автор», а кроме того, противоречат общеизвестным положениям оптики, и нет необходимости «входить в подробности» [2, с. 192]. Марат, однако, уверен, что опроверг Ньютона и только низкая зависть и ложное самолюбие мешают столпам официальной науки признать это. Он продолжает борьбу с прежней силой. Он отдает все этой борьбе, не жалея ни средств, ни даже здоровья. Но враги многочисленны и могущественны, они разрушают все планы Марата. Лучшая из его надежд — получить место президента Мадридской академии наук — гибнет из-за недоброжелательных отзывов французской академической среды. «Принять истинность моих опытов значило признать также и то, что они работали в течение 40 лет на ложных принципах — признание, которое касалось, в частности, геометров и астрономов. Вот они и организовали против меня ужасный заговор..., после опубликования моих открытий о свете преследование стало не только сильнее, но и преступно таинственным» [2, с. 29].