В целях подготовки к этому событию ещё в июне 2013 г. было принято решение о совместном праздновании 500-летия Реформации, что было сделано по случаю опубликования Всемирной лютеранской федерацией и Ватиканом 90-страничного документа "От конфликта к общению", в котором они установили взаимную ответственность за произошедший раскол. Уже тогда команда Бергольо стала серьёзно готовиться к юбилею. В октябре 2016 г. в интервью, опубликованном в иезуитском журнале "Civilta Cattolica", Франциск заявил, что католики могут многому научиться у Мартина Лютера, так как тот "сделал большой шаг к тому, чтобы передать Слово Божие в руки людей". Лютер, по его словам, намеревался реформировать "сложную ситуацию" в церкви, но из-за политических соображений его усилия вызвали "состояние разделения, а не процесс реформы всей Церкви". То есть он дал понять, что Лютер всё делал правильно, и его дело необходимо продолжить. То, что Лютер стремился к "обновлению церкви", а не к её разделению, Франциск повторил и на встрече с экуменической делегацией из Финляндии, когда, призвав к искреннему покаянию за проступки и к дальнейшему сближению в вопросах богословия и этики, он подчеркнул, что в совместном свидетельстве они "как христиане больше не разделены, а соединены" и находятся "на пути к полноте общения".
В подтверждение этого Ватикан выработал совместные рекомендации в отношении празднования, нашедшие отражение в буклете "Общая молитва" ("Common Prayer"), в котором содержится чинопоследование экуменической службы, а также тексты молитв и гимнов, темы для проповедей, которые надлежит произносить в этот день католическим священнослужителям и протестантским пасторам. Создана и новая комиссия по ревизии критериев переводов литургических текстов с латыни на современные языки с целью максимального приближения к лютеранскому и англиканскому богослужению.
Непосредственной репетицией события стала вечерня в церкви святых Андрея и Григория на римском холме Целий в октябре 2016 г., которую папа римский отслужил вместе с архиепископом Кентерберийским Джастином Уэлби, после чего ими была подписана декларация о совместной "экуменической миссии" в отношении бедных и о признании друг друга "братьями и сестрами во Христе". За этим последовал папский визит в Швецию для открытия празднования 500-летия Реформации, в ходе которого понтифик принял участие в экуменическом богослужении с лютеранскими священнослужителями в соборе г. Лунда. Этим "форумом в Лунде" было положено начало торжествам.
При этом папа отклонил жалобы некоторых католиков, посчитавших этот визит отказом от католицизма, заявив: "Вы не можете быть католиками и сектантами одновременно… Прозелитизм является греховным отношением". На подмогу ему пришёл кардинал Кох, рассказавший на страницах "L’Osservatore Romano", что католикам и лютеранам есть чему поучиться друг у друга для обогащения собственной веры. По мнению Коха, публикация тезисов Лютера "не должна рассматриваться в качестве начала Реформации, приведшей к разрушению Церкви", а сами тезисы не являются "революционным документом". Лютер мечтал об "обновлении всего христианского духа в Евангелие", о глубокой реформе Церкви, а то, что эта идея не реализовалась, связано с политическими факторами. Поскольку же истинной целью реформы было "восстановление Вселенской Церкви", её разделение должно считаться не положительным результатом Реформации, а проявлением временного поражения. Видимо, именно это поражение и должен преодолеть Святой Престол, и кардинал Кох определил юбилей как "приглашение вернуться к первоначальной озабоченности Мартина Лютера" в свете трёх аспектов: благодарность за развитие диалога и его плоды; взаимное признание грехов и покаяние; возникшая надежда, что "совместное воспоминание феномена Реформации позволит сделать следующие шаги к единству".
26 феврале 2017 г. Франциск стал вторым после Иоанна Павла II папой, посетившим англиканский собор, и первым, посетившим его именно в Риме (церковь Всех Святых). Произошло это по поводу 200-летия присутствия англиканской общины в Риме. Здесь папа совершил совместную молитву с главой "Англиканской церкви в Европе" Робертом Иннесом и прочитал проповедь, призвав искать единства через "диалог, корни и таинства". А 13 марте 2017 г. было совершено первое в истории англиканское богослужение в соборе св.Петра. Его провёл представитель архиепископа Кентерберийского при Святом Престоле, директор Англиканского центра в Риме епископ Дэвид Моксон, а проповедь произнёс католический епископ из Англии Артур Роше, секретарь Конгрегации богослужения и дисциплины таинств.