Спутник военной связи "Милстар" стоимостью 600 миллионов долларов, запущенный 30 апреля 1999 г., не вышел на расчётную орбиту из-за невыявленной ошибки в программном обеспечении, загруженном в память бортового компьютера. Использование этого спутника в дальнейшем для каких-либо полезных целей оказалось невозможным. Единственным утешением является то, что спутник вышел на малонаселённую орбиту, на которой он не представляет серьёзной опасности для космических полётов.
Связной спутник "Орион-3", запущенный 5 мая с помощью РН "Дельта-3", не вышел на расчётную орбиту из-за того, что двигатель второй ступени вместо положенных 180 секунд проработал всего 1 секунду. Это уже не первый случай отказа двигателя, разработанного фирмой "Боинг" и установленного на этой РН, используемого также на РН "Титан-4". Один взрыв этого двигателя прогремел ранее на полгода при первых лётных испытаниях новой ракеты-носителя "Дельта-3".
Не успели отгреметь громы и молнии в адрес НАСА и МО и просохнуть чернила на распоряжении президента, как выведенный на орбиту 17 мая 1999 года малый научный спутник для исследования ионосферы "Терриерс" оказался неработоспособным. Через 1,5 часа после выведения было установлено, что аппарат из-за отказа системы ориентации не может выполнять свои функции, а через 8 часов связь с ним из-за разряда аккумуляторных батарей, не получающих необходимого тока заряда от неправильно ориентированных солнечных батарей, была потеряна, а с ней была утрачена и надежда на восстановление управления спутником.
Сильный удар по программам НАСА нанесла гибель нескольких аппаратов, направленных в последние годы к Марсу и на Марс.
В 1993 г. за три дня до посадки утрачен КА "Марс обсервер". Наиболее вероятная причина — взрыв из-за перегрева неудачно спроектированного топливного бака.
В 1998 г. при подлёте к Марсу утрачен межпланетный космический аппарат "Марс Обсервер".
11 декабря 1998 года был запущен межпланетный космический аппарат "Марс Климат Орбитер". Он был предназначен для исследования поверхности, атмосферы и климата Марса с высоты 405 км и ретрансляции сигналов станции "Марс Полар Лендер", запущенной 3 января 1999 г. с конечной целью посадки на Марс. Стоимость этого аппарата составляла 125 млн.долл. В конце года аппарат погиб из-за халатности программистов, забывших при подготовке программы полёта перевести дюймы в миллиметры.
Межпланетная космическая станция "Марс Полар Лендер" стоимостью 165 миллионов долларов, запущенная в начале 1999 года, погибла при посадке, причём место её посадки, несмотря на длительные поиски её самой или её тормозного парашюта, обнаружить так и не удалось.
В августе 1999 г МО США утратило новейший секретный ИСЗ разведки стоимостью около 1 миллиарда долларов.
В ноябре 1999 г. из-за отказа 4 из 6 бортовых гироскопов потерял ориентацию и вышел из строя космический телескоп "Хаббл" стоимостью около 3 миллиардов долларов, ремонт которого вследствие его огромной стоимости стал первоочередной задачей НАСА.
В октябре 1999 г. в Москве состоялась встреча руководителей Российского авиационно-космического агентства и НАСА, на которой НАСА проинформировала российскую сторону, что запланированные на конец 1999 года 3 полёта МТКК "Спейс Шаттл" не состоятся по техническим причинам. Причиной задержек является низкое качество проводов, использованных в бортовой кабельной сети "Шаттлов".
Неблагополучно обстоят дела и с аппаратом Х-33, который должен послужить прототипом одноступенчатого корабля для обслуживания международной космической станции. Серьёзный инцидент произошёл с этим аппаратом при наземных испытаниях. На нём из-за низкого качества изготовления и последовавшего вследствие этого отслоения защитного покрытия произошёл взрыв топливного бака, что привело к значительному затягиванию сроков испытаний.
Главное контрольно-финансовое управление США в 1999 году провело ревизию программы Х-33 и признало ход выполнения этой программы неудовлетворительным, так как программа не соответствует первоначально утверждённой смете и не решает поставленных задач. Расходы на программу уже превышают 1,23 миллиарда долларов при плановой стоимости 941 миллион долларов (по данным на май 1999 г.).
НО ТЕХНИЧЕСКИЕ НЕПОЛАДКИ — не единственная причина пробуксовки отдельных американских космических проектов. Например, намечавшийся на декабрь 1999 г. запуск двух космических аппаратов "Иридий" с космодрома "Плесецк" российской ракетой-носителем, что сулило компании существенную экономию, далеко не лишнюю в её сегодняшнем финансовом положении, отложен из-за противодействия правительства США, оказавшего давление на мюнхенскую компанию "Даймлер Крайслер Спейс" под предлогом защиты технологий, имеющих военное значение. Подобная политика стала в последнее время для США нормой и фактически является способом подавления зарубежных конкурентов.