Кратко основы этой теории изложены в журнале "Природа", издание РАН РФ №5, 1993 год, сс.28-70. В ней доказано, что ключ к центральной проблеме современной биологии — проблеме формирования трехмерных молекул белков — стереохимическая комплементарность аминокислотных остатков, кодируемых кодоном и антикодоном соответственно — один из шести частных кодов ОСГК. Разработана теория самоорганизации и функционирования трехмерных молекул пептидов, полипептидов и белков, согласно ОСГК. Ее применение иллюстрируется примерами построения моделей "промежуточных" (возбужденных) и "нативных" (основных) молекул тахиплезина, полипептида SH3 и репрессора cro фага l, полностью соответствующих результатам их физико-химического анализа, ЯМР-спектроскопиии и РСА. Демонстрируются возможности проектирования пептидных вакцин и разнообразных лекарств, исходя из данной теории.
Заявку на патент, согласно этому фолдингу, я подал в Израиле 27 января 1997 года, №120077. Однако в этой заявке изложена реализация только 1-й стадии процесса: формирования промежуточных структур биополипептидов по ходу их биосинтеза в клетках. Эта стадия реализуется согласно III частному коду ОСГК, о чем подробно рассказывается в упомянутой выше статье.
Вторая стадия этого процесса, которая пока не запатентована, — тоже ключевая. Она реализуется согласно IV частному коду ОСГК. В результате ее реализации модель трехмерной промежуточной возбужденной структуры данного биополипептида превращается в точную копию модели, которую получают в результате РСА или ЯМР-анализа.
Мое авторство в открытии III частного кода признано американцами. Например, в статье И. Чайкен, опубликованной в "PNAS USA" в 1990-м году; в статье Р. С. Рут-Бернштейна, опубликованной в "Journal Of Theoretical Biology" в 90-х годах; в патенте Е. Блалок на использование открытого мною III частного кода и открытого им в 1984 году, однако без ссылки на меня (в последующих патентах он меня цитирует).
Верность разработанной мной упомянутой выше теории фолдинга я подтвердил в пяти независимых слепых тестах:
— в Москве перед Комиссией АН СССР, о чем рассказано в упомянутом выше журнале "Природа";
— в Лаборатории структурной биологии Института Вейцмана (Реховот), где тест проводили временные сотрудники этого института Лидия Масюк и Евгений (?), составившие имеющиеся письменные протоколы этих слепых тестов;
— в Иерусалимском университете слепое тестирование проводил проф. А. Гольдблюм (тел.: 972-2-5758701 (?)) в присутствии бывшего посла Израиля в России г-на Арье Левина (дом. тел.: 972-2-5634473);
— профессором Отдела биологии клеток Тель-авивского университета Дж. Гершони (тел.: 972-3-6409011);
— в Первом международном конкурсе по фолдингу (США), который проводили профессора Дж. Маулд и Ф. Коэн. Однако эти ученые сознательно исказили представленный мной результат, засчитав мне модели промежуточных молекул данных полипептидов вместо конечных нативных рентгеновских, которые я посылал им также, ибо по условиям конкурса я обязан был рассказать, каким образом я получаю конкурсную построенную мной нативную модель. Я думаю, что причина такого их поведения кроется в том, что, одновременно построив такие модели прайонов, я сообщил об этом шефу Коэна, профессору Стэнли Прусинеру, чем стал, по-видимому, нежелательным конкурентом для Коэна. Поняв это обстоятельство, я через их голову, хотя это запрещалось условиями конкурса, послал представленные им модели также профессору Бусьеру (университет Сев. Каролины), автору РСА одного из этих белков (RTR). К упомянтутым выше моделям я добавил также модель димеро-RTR, которую я построил вне конкурсного задания, зная, что, согласно разработанной мной теории, этот белок обязательно образует димер. В ответ проф. Бусьер направил мне письмо, в котором особо подчеркнул, что верны не только конкурсные модели, но и модель димера, поздравив меня с полным успехом. После всего этого, убедившись в нечестности организаторов этого конкурса, я в дальнейшем перестал в них участвовать.
В данное время, в качестве очередного внутреннего экзамена для себя, я построил модель белка, опубликованную на обложке только что полученного мною журнала "Proteins", т.40, №1, 2000 год. Я построил, как всегда, сначала модель промежуточной молекулы этого белка, а затем преобразовал эту модель в модель нативного белка. Затем, обнаружив удивительную тождественность обоих трехмерных молекул, я, стараясь проверить неслучайность этих результатов, в качестве дополнения построил модели промежуточных и конечных молекул трех его гомологов: Ef (28% гомологии), Ec (48% гомологии), St (46% гомологии), — и убедился в полной структурной тождественности всех 4-х молекул!