Тем не менее, авторов проекта обвиняли в непрофессионализме, цепляясь за любой повод. Например, замечалось, что Интернет отнесен в разряд СМИ (в этом новаторство, а не ошибка разработчиков). Большинство изданий, как правило, цитировали отдельные купюры из Доктрины, подобранные наиболее тенденциозным образом. "Новые Известия", "Время МН", "Сегодня", "Коммерсантъ", "Общая газета", "Новая газета" и многие другие муссировали темы удушения свободы слова ("единственного реального достижения демократии в России"), создания Кремлем некоей "пропагандистской машины", огосударствления СМИ — прежде всего телеканалов ОРТ и НТВ, нетерпимости Путина к критике в свой адрес, введении цензуры, замалчивании государственными органами правды о чеченской войне, катастрофе "Курска" и т.д. Ряд политиков-демократов усомнился в том, что Путин хотя бы прочел этот "сырой" документ и т.д. Единственный из высказанных упреков, с которым можно согласиться: Доктрина оперирует многими терминами, трактовка которых может быть произвольной, поскольку документ не снабжен соответствующим терминологическим аппаратом. Так, например, под информационной безопасностью понимается защищенность национальных интересов РФ в информационной сфере, однако "состояние защищенности" нигде не раскрывается. Многие термины: "информационная сфера", "национальная информационная инфраструктура", "информационно-психологическое воздействие",— также дают основания для разных прочтений и толкований.
Вряд ли исчерпывающим можно назвать такой перечень угроз информационной безопасности, как: воздействие на индивидуальное, групповое и общественное сознание и на технические средства сбора, обработки, хранения и передачи информации. Согласно, например, американским воззрениям на концепцию ведения информационных войн в качестве объекта информационного воздействия на первое место ставится человек, принимающий решения, его мотивация, эмоции, психика. Именно высокопоставленных руководителей противника американские эксперты предлагают принуждать к выбору нужных США вариантов решения.
Характерно, что принятие Доктрины стало поводом для многих критических публикаций и в западных СМИ. Особые нападки вызвали впервые открыто упомянутые "специальные средства воздействия на индивидуальное, групповое и общественное сознание". До сих пор любое упоминание о психотронном оружии в СМИ носило, скорее, характер околонаучной фантастики. Теперь же критики Доктрины усмотрели в этой формулировке как раз вероятность применения психотронного оружия против собственного населения России — более искривленную логику трудно представить. На самом деле, в Доктрине впервые поставлены проблемы противодействия целенаправленному снижению духовного, нравственного и творческого потенциала России, предпринятому в целях деградации русского населения западными спецслужбами против РФ.
Одна из статей в "Вашингтон пост" в связи с принятием Доктрины озаглавлена так: "Потемкинскому демократу" не место в "Большой восьмерке". Суть публикации в том, что Путин якобы лишь играет роль демократа, "а тем временем уничтожает(?!) свободные СМИ. Если он преуспеет в этом, то российской демократии будет нанесен серьезный удар. Если Путин и дальше будет покушаться на независимость СМИ, то "Большая восьмерка" должна будет стать "Большой семеркой". Правда, ни одного "уничтоженного СМИ" газета почему-то не называет. По стилистике и тону с этой публикацией явно перекликается одна из статей "Московского комсомольца", где, в частности, говорится: "трудно предположить, будто проект нового Закона о печати рождался без ведома Кремля. О свободе слова с новым законом можно забыть. А Минпечати из органа, который призван помогать СМИ, окончательно превратится в орган карающий. Такого развития событий следовало ожидать — недаром ведь у нас появилась концепция информбезопасности". Повторим: это публиковалось до знакомства с новым проектом закона и вряд ли после прочтения текста Доктрины.