В "Крейсеровой сонате" подводная лодка именуется "Москвой". Это не просто боевая машина, направляющаяся с секретным заданием в акваторию противника. Это храм, монастырь, где экипаж — братия, молящаяся за Отечество: "Наш Бог — это Родина. Мы, мужчины, облачённые в чёрную форму подводников, — монахи и воины России". Град подводный идёт на заклание, чтобы искупить грехи града земного. Крейсер принимает на себя адский удар, заслоняет собой всю Россию и, погибнув, становится ковчегом спасения. Подводная "Москва" идёт на дно ради того, чтобы Москва земная просияла, как всплывший со дна озера град Китеж.
Но град земной настолько впитал в себя тьму, что свет подвига не может окончательно её развеять. Необходим посланец, вестник, что придёт из "вод многих" со словом, подобным огненному мечу Архангела.
Главный герой романа — подводник-акустик Плужников — пахарь, что возделывает не пашню плодородную, а глубины морские. Плужников — очарованный странник. Он заступает на вахту, словно отправляется в паломничество, погружается на лодке в воду, будто каждый раз принимает крещение. Он ищет в водном пространстве землю обетованную, ищет себя самого, вопрошая у небес: "Кто я?".
Плужникову внятен язык морских существ, язык стихий. Он слушает Крейсерову сонату и из её нот создаёт зримые образы проходящих мимо судов и подводных лодок. Но последняя нота этой сонаты оказывается смертоносной. Взрыв оглушает и ослепляет очарованного странника. Но именно его Богородица избирает проводником света и вестником спасения: "Верь в то, что я тебя никогда не оставлю. Знай, что смерти нет. А есть Любовь. Есть Жизнь бесконечная…". Вдохнув жизнь в истерзанное тело, тихий ангел вызволяет моряка из водного плена и переносит в уподобившуюся многоголосному Вавилону Москву.
Первое время Плужников нем и глух, он пребывает в забытье, не осознавая ни себя, ни окружающих. В его памяти разверзлась непреодолимая пропасть, подобная пробоине в торпедированном крейсере, и в неё стремительно уходят время и жизнь. Очарованному страннику чёрные духи города "сжимали мозг в безразмерную, моментальную точку, которая таила в себе угрозу взрыва, чудовищной вселенской катастрофы, где, вдребезги расшвыривая звёзды и галактики, могла взорваться Вселенная".
И только песня пращуров о том, как святой собирает в Раю берёзовые веточки, возвращает Плужникова к жизни, останавливает распад сознания. От спасительной мелодии проходит контузия, восстанавливается череда событий, обретается дар пламенного слова для проповеди.
Плужников стремится развеять тьму красотой, помня, что только она спасёт мир, но надо успеть спасти саму красоту, защитить её от уродства, боли и страдания. Нужно успеть омыть, отчистить от копоти лик Москвы, чтобы она вновь просияла как третий Рим, как Новый Иерусалим, а не сгорела от семи чаш гнева Божия. Нужно успеть найти главный источник зла, заглушить его живоносными смыслами, спаять эти смыслы в учение о Русской Победе: "Победа — это и дело, и время, и учение, и Дух живой, и Россия земная, и Россия Небесная, и Рай, который тоже — Россия. Не всякий это учение может сказать словами, но всякий им дышит, спасается и спасает других". Всё на свете враг может победить, и лишь Победа неодолима. В ней едины народы великой державы, в ней дух преодолевает материю, а подвиг — отчаяние.
Но до эпицентра зла добраться непросто, у него свои тайные организации и законспирированные агенты, своя дьявольская идеология, замаскированная под благо. В цитадели зла укрылись преемник первого президента Истукана Счастливчик — и его политтехнолог Модельер. Он по лекалам, присланным из-за океана, кроит русскую действительность, как чёрный маг управляет волей министров и олигархов. Именно он из первичного бульона демократии синтезировал Счастливчика, пропустил через него ток истории и оживил, как Франкенштейна, выдул из мутного стекла неказистый сосуд, который можно заполнять чем угодно. Модельер, как древний летописец, повёл родство гомункула от Рюриковичей, как коварный искуситель, посулил новоявленному правителю все царства земные.