Представляя проект в правительство, Минтранс изъял согласованный Перечень и приложил к проекту другой, где значилось всего 7 портов. Несогласованный проект был возвращен в Минтранс России на доработку, и Миноброны России, Госкомрыболовство России, МАП России вновь подтвердили ранее согласованный Перечень портов (22 порта).
Однако Минтранс в очередной раз направил в те же ведомства новый проект Постановления и новый Перечень, который состоит только из 15 портов, а не 22, как было согласовано.
Главная цель Минтранса России при уменьшении количества портов с 22 до 7 или 15 состоит в том, чтобы ликвидировать в этих портах существующие лоцманские службы в форме некоммерческих лоцманских организаций, входящих в АМЛР.
Грузооборот в морских портах страны обеспечивают ныне лоцманские службы разных форм собственности: в составе морских администраций портов, в госпортах, в госгидрогеографических предприятиях, в организациях Госкомрыболовства.
Самоуправляемые лоцманские организации, учрежденные АМЛР, обслуживают более 81 % грузооборота морских портов.
Единственное и принципиальное отличие так называемых "государственных" лоцманских организаций от так называемых "негосударственных" — это то, куда поступают лоцманские сборы, как и на какие цели они расходуются. В "государственных" — лоцманский сбор поступает на счета МАПов или на счета государственных портов или госпредпряитий (по принадлежности лоцманской службы). В "негосударственных" — поступает на счет самой организации.
Расходование лоцманского сбора в "негосударственных" некоммерческих лоцманских организациях по закону идет исключительно на содержание лоцманской службы, ее развитие в целях безопасности мореплавания. И малейшее нарушение этого положения приведет к немедленному лишению лицензии и ликвидации предприятия (это один из самых проверяемых вопросов всеми контролирующими органами).
В то же время все организации, имеющие в своем составе так называемые "государственные" лоцманские службы (МАПы, ГП, государственные порты), большую часть получаемого лоцманского сбора используют не по назначению, для покрытия расходов, не связанных с деятельностью лоцманских служб, или вообще объявляют его своим "доходом", как морские администрации портов. Этот факт неоднократно подтверждался сертификационной Комиссией департамента безопасности мореплавания Минтранса России и отмечен Счетной палатой при проверке Минтранса России.
Как следствие — все так называемые "государственные лоцманские" организации имеют недостаточную укомплектованность, и в особенности плавсредствами, наземным транспортом и средствами связи, лоцманы не имеют возможности проходить тренажерную подготовку.
Основная причина так называемого "конфликта" между Минтрансом России и АМЛР — это желание некоторых чиновников Минтранса России получить возможность бесконтрольного распоряжения лоцманскими сборами для направления их (в том числе с нарушением самим же Минтрансом России установленного порядка использования портовых сборов!!!) на цели, абсолютно не связанные с безопасностью мореплавания.
Решение этой задачи возможно только путем ликвидации лоцманских организаций, управляемых лоцманами, "загнав" лоцманов в состав морских администраций портов. Поэтому и появилось противопоставление "государственных" и "негосударственных" лоцманских организаций, поэтому и пересогласовывает Минтранс России вышеуказанный проект Постановления правительства Российской Федерации, всеми правдами и неправдами пытаясь исключить из согласованного ранее Перечня портов, где разрешена деятельность негосударственных лоцманских организаций, порты, в которых лоцманские организации АМЛР существуют и успешно работают уже более 9 лет.
В АМЛР на сегодняшний день обеспечена лучшая управляемость, эффективность использования лоцманского сбора и качество работы лоцманских организаций. В АМЛР у лоцмана средний стаж работы лоцманом 14 лет. В силу большей социальной защищенности в стажеры лоцмана приходят молодые опытные капитаны 35-40 лет. В других организациях, как правило, в стажеры лоцмана приходят судоводители, вышедшие на пенсию, что в силу длительного периода становления лоцмана значительно уменьшает наиболее эффективный период его работы.