В 1957 году в докладе службы генерального инспектора отмечалось: "Должны быть приняты меры предосторожности не только для защиты операций от воздействия сил противника, но и чтобы скрыть эту деятельность от американской общественности в целом. Знание того, что агентство участвует в неэтичной и незаконной деятельности, будет иметь серьезные последствия"
Однако исследования в рамках проекта MKULTRA продолжались до 1973 года, когда директор ЦРУ Ричард Хелмс, опасаясь, что факты станут известны общественности, закрыл проект и дал приказ уничтожить все файлы. Известно, что сотрудники не выполнили приказ шефа и сохранили ряд важных результатов. Позже этими файлами занималась Комиссия Рокфеллера, созданная при президенте Джеральде Форде в 1975 году для расследования деятельности Центрального разведывательного управления и других спецслужб Соединенных Штатов в связи с подозрениями в их причастности к убийству президента Кеннеди и другим преступлениям, но полной ясности по всему объёму проведенных ЦРУ исследований мозга нет до сих пор.
С 1964 по 1968 годы, по заказу армии США, профессоры Альберт Клигман и Герберт Копелан проводят эксперименты с психотропными препаратами на заключенных тюрьмы "Holmesburg". Целью исследования было определение эффективной дозы каждого такого препарата.
Методы пыток и допросов, разработанные в рамках MKULTRA, позже применялись в США в секретных военных тюрьмах ЦРУ, развернутых по всему миру, в тюрьмах Гуантанамо-Бэй и Абу-Грейб, при администрациях Клинтона, Буша и Обамы, однако методы упростились - вместо химии, скажем, часто применялась замена пресной воды солёной, лишение сна на срок до семи суток и прочие, более чем классические методы. К новым подходам относятся попытки "откалибровать уровень болевых ощущений задержанных во время допросов и определить, использование каких определенных видов техники (пыток) ведет к увеличению восприимчивости к сильной боли."
С 1961 по 1965 годы при администрациях Кеннеди и Джонсона на средства Комиссии по Атомной энергии в Массачусетском технологическом институте испытуемым был введен радий-224 и торий-234. Добровольцев для эксперимента завлекали в "научно-исследовательский проект по проблемам старения и долголетия".
1958-1964 годы, администрации Эйзенхауэра и Кеннеди. Доктор Сол Кругман (Saul Krugman) в Виллобрукской школе (Willowbrook State School in Staten Island, N.Y) вводит детям вирус гепатита А и В в рамках эксперимента по заказу Эпидемиологического совета армии США и с одобрения медицинских властей штата Нью-Йорк. В частности, в ходе исследований кал инфицированных детей с гепатитом добавлялся в молочные коктейли, которые доктора давали принимать вновь поступившим здоровым детям, а также вводят им инъекции зараженного материала от больных. Позже доктор Кругман за исследования гепатитов получил в США премию Ласкера по медицине и стал президентом Американской ассоциации детских врачей. Поскольку дети для эксперимента подбирались из наиболее неблагополучных семей и согласие родителей на "вакцинацию" было получено, их заболевание и дальнейшая смерть не вызвали судебного преследования.
Начиная с 1963 года в ходе Проекта судовой обороны (Project SHAD также известен как Проект 112, закончен в 1973 году) армия США провели распыления биологических материалов и боевых химических отравляющих веществ, не предупреждая команды своих кораблей о предстоящей атаке. Инициатором проекта были администрация Кеннеди и лично министр обороны Роберт Макнамара. Всего было проведено 46 внезапных испытаний. В ходе исследований распылялись нервно-паралитический газы VХ, Зарин и Зоман и возбудитель ку-лихорадки, вызывающий поражение легких. До 1998 года министерство обороны США официально заявляло, что "Проекта SHAD" не существовало в природе, а все рассказы о нём - выдумка журналистов. Существование проекта было признано лишь в 2002 году, на слушаниях в Конгрессе США.