Когда в 1934 г. И.М.Великанов в составе делегации Красного Креста прибыл в Японию (он был там с 15 октября по 5 ноября), то в Маньчжурии японцами уже проводились эксперименты по разработке средств биологического нападения и даже осуществлялись опыты над людьми. Военное руководство Японии в те годы рассматривало СССР как потенциального врага, а создаваемое БО предназначалось для ведения войны на его территории. Естественно японцы знали, какую организацию представляет профессор Великанов, хотя бы по его публикациям в русских, французских и немецких научных журналах. Экстраполируя свои собственные действия на действия потенциального противника, японское военное руководство, видимо, посчитало необходимым оказать Великанову "повышенное внимание", тем самым если не выведать у него какую-то информацию, то хотя бы этим его скомпрометировать и затем устранить как опасного противника. Заметим, что в начале 1930-х гг. Япония не считалась страной, способной создать БО. Такие опасения в Европе тогда вызывала только Германия, особенно в связи с появившимися сообщениями о секретных экспериментах немцев, проводившихся в 1932 г. (т.е. еще до прихода к власти в стране нацистов) по изучению распространения бактериальных аэрозолей в Парижском метро.
Дело И.М.Великанова было только небольшой частью масштабных репрессий, осуществленных Сталиным в рамках ликвидации так называемого "антисоветского военного заговора, подготовлявшего антисоветский вооруженный переворот с целью свержения советской власти". В 1993 г. В.И.Великанов выяснил некоторые подробности, почему третий пункт приговора военной коллегии его отцу гласил: "...Великанов в бытность свою в Японии в 1934 г. был завербован для шпионской и террористической деятельности японской разведкой и эту деятельность проводил вплоть до ареста..."
В показаниях члена исполкома Красного Креста Найды содержатся важные подробности повышенного внимания японского командования к И.М.Великанову. В Токио Найда и Великанов жили в одной комнате. Найда сообщил Раковскому (тогда известный советский дипломат), что "...как Великанов не конспирирует, он все же не может скрыть, что он ведет какие-то самостоятельные переговоры с представителями японского правительства, с военными сферами. Военный министр Японии генерал Араки выказывал Великанову особые знаки внимания. Он предложил Великанову сесть рядом с ним во время фотографирования". Араки не стал бы выказывать знаки внимания гражданскому члену делегации Красного Креста.
Раковский был арестован 27 января 1936 г. 8 сентября 1937 г. он показал: "Я ехал в одном купе в Москву из Владивостока с Великановым. Я его спросил, чего касались переговоры с Араки? Великанов уклончиво ответил, что он принял задание японского военного министра, связанное с его специальностью, о характере которого он воздержался говорить, в виду его особой секретности" (Х.Г.Раковский осужден на 20 лет).
Правду ли говорил Раковский, или его показания были "привязаны" к какой-то другой информации, сегодня уже не установить. В следственном деле Великанова есть пробел продолжительностью почти три месяца. Однако следствие по каким-то причинам постоянно отрабатывало "японскую версию". Вот выдержка из самого последнего протокола допроса от 10 марта 1938 г.:
Вопрос. Вы пытаетесь скрыть свою шпионскую деятельность. Сейчас, когда эта сторона ваших преступлений установлена, ваше отрицание следствие может расценивать не иначе как продолжение вашей провокационной шпионской работы.
Ответ. Я продолжаю отрицать обвинение меня в шпионаже.
Вопрос. Помимо тех показаний, ранее вам предъявленных, изобличающих вас в шпионаже, вам предъявляются показания Халепского (бывший министр связи СССР) в части, где он излагает ваш разговор с ним о вашей связи с японскими военными кругами. Имел место такой разговор?
Ответ. Нет. Подобного разговора у меня с Халепским не было. Это я отрицаю.
Вопрос. Вы хотите сказать, что Холепский вас оговаривает?
Ответ. Да, очевидно.
Вопрос. Чем же это объяснить? Разве Халепский с вами имеет личные счеты, в силу которых ему понадобилось вас оговаривать?
Ответ. Не знаю, чем это объяснять. Личных счетов у меня с ним не было никогда.
Вопрос. Разве Халепский не ваш сообщник по предательской деятельности?
Ответ. Нет, о его предательской деятельности мне ничего не известно.