Лично для Горбачева реализация предложенной ему идеи Съезда обернулась новыми, еще более сложными проблемами. В партийных массах окончательно утвердилось мнение, что генсек — предатель. На этой антигорбачевской основе начался процесс самоорганизации партии снизу, получивший свое выражение в стремлении учредить Российскую республиканскую компартию. Потенциально она могла объединить в своих рядах до 60% всего состава КПСС. В июне 1990 г. Горбачев как генсек потерпел свое самое крупное с марта 1985 г. поражение. Несмотря на все ухищрения, ему не удалось воспрепятствовать учреждению Российской компартии и избранию её лидером Ивана Полозкова. Любопытно было наблюдать, как при открытии Российской партконференции в её президиуме самозванно уселись плечом к плечу: Горбачев, Ельцин, Лукьянов, Рыжков, Силаев. Их общей тогда задачей было не допустить учреждения компартии, но они проиграли. Зато спустя пару недель, на ХХVIII-м съезде КПСС, эта компания одержала убедительный реванш. Совместными усилиями этих руководителей съезду были навязаны качественно новые программные и уставные документы, в результате чего в июле 1990 г. КПСС де-юре прекратила свое существование как единая централизованная политическая организация. Были коренным образом подорваны источники самофинансирования партии. По новому Уставу с чрезвычайно большим трудом, но Горбачев всетаки был переизбран прямым голосованием на пост генсека, уйдя таким образом изпод контроля Пленума ЦК. Заместителем генсека, также прямым голосованием, был избран представитель Украины Ивашко, человек крайне осторожный, умело косивший на публике под фольклорного хохла-балагура. Съезд, под диктовку Горбачева, сформировал абсолютно недееспособные символические ЦК, его Политбюро и Секретариат. Правда, в какой-то момент оппонентам Горбачева удалось провести решение о включении в состав ПБ республиканских президентов, что несколько повысило авторитет этого органа. На съезде, с подачи Горбачева, членом ПБ и Секретарем ЦК был избран первый секретарь Красноярского крайкома партии Олег Шенин. В своем первом выступлении в новом качестве перед аппаратом ЦК 29 августа 1990 г. Шенин сказал: "Обстановка будет усложняться. Нам надо ориентировать себя и партийные комитеты на чрезвычайную ситуацию".
О характере отношений, установившихся после съезда между генсеком-президентом и партийными структурами говорит такая деталь. 25 июля Горбачев и Рыжков разослали по закрытым каналам партийным комитетам директиву оказать содействие местным властям в организации уборки урожая, который выдался в тот год очень большим. Ответная реакция райкомов оказалась почти дерзкой. В ЦК поступили несколько вызывающих телеграмм, в которых генсеку напомнили его демагогию о недопустимости вмешательства партийных органов в дела производства.
В обстановке тотального разгрома партийных структур и полной утраты Горбачевым (уже как Президентом СССР) контроля над ситуацией нарастала волна наглого экономического саботажа, прилавки магазинов пустели, а товарные ресурсы вывозились на свалки. Вот строчки о тогдашнем положении в СССР из французского еженедельника "Революсьон": "Советский Союз подвергается подлинной идеологической "шоковой терапии". Она весьма своевременно подкрепляется неожиданными и довольно странными дефицитами (табак, хлеб), которые, несомненно, являются частично следствием саботажа, но в любом случае — объектом манипуляций. На этом этапе речь идет о том, чтобы привести людей в шоковое состояние и насадить ту мысль, что ничто, уже абсолютно ничто не может быть для них хуже, чем ситуация сегодняшнего дня. А этот сегодняшний день называется социализм". В номере за 14 ноября 1990 г. "Правда", которую редактировал горбачевский порученец Иван Фролов, выдала информацию о достигнутой Горбачевым и Ельциным договоренности запретить коммерческую деятельность парторганизаций. Эта мера окончательно затянула на шее КПСС финансовую удавку. Ведь и без того из-за финансовых трудностей к этому времени были ликвидированы все платные должности на уровне первичных парторганизаций, на 70% сокращены штаты райкомов и горкомов партии. В аппарате ЦК КПСС на 1 января 1988 г. было 1922 ответственных сотрудника. На 1 января 1991 г. их осталось не более 400, причем работали они в основном на Горбачева как президента.