С севера англичанам помогала Добровольческая армия Деникина, при ставке которой постоянно находились английские военные представители — до февраля 1919 года генерал Пуль, затем генерал Бриггс и уже при передаче командования барону Врангелю — генерал Хольман. В свою очередь, в Баку у англичан находился представитель Деникина генерал Арнсгофен, так что взаимоотношения были самыми союзническими.
Но борьба продолжалась. 6 мая 1919 года бакинские рабочие объявили забастовку пол лозунгом "Да здравствует Советская Россия!" Они выступили одновременно и против англичан, и против деникинщины. Михаил, который несмотря на свои 14 лет мужал не по годам — война, кровь, страдания людей, голод, оккупанты — вновь в первых рядах демонстрантов, рядом с Анастасом Микояном, которого в очередной раз арестовывают. Но рабочие создают новый комитет. Большевики вооружали рабочих и готовили боевые дружины. В апреле 1920 года Азревком послал телеграмму Ленину с просьбой о помощи, и 25 апреля Реввоенсовет направляет в Баку 11-ю армию. 28 апреля в 4 часа утра в Баку прибыл бронепоезд "III Интернационал", а 1 мая в Бакинскую бухту вошли эсминцы Волжско-Каспийской флотилии. И нефть пошла в Советскую Россию.
Нас на грешной земле качало,
Нас качало в туманной мгле.
Качка в море берёт начало,
А кончается на земле.
Михаил объявил родным, что уходит в Красную Армию. Он стал красноармейцем 283-го полка 32-й дивизии 11-й армии. Бои шли непрерывные: голову поднимали то англичане, остававшиеся в Батумской области, то недобитые деникинцы, то исламисты Нури-паши. Однажды Михаила попросили зайти в штаб, и он помог чекистам, которые проводили свою операцию. Они были в чёрных кожанках, перекрещенных ремнями, на одном боку — наганы, на другом — полевые сумки, у всех — солдатские фуражки со звездой. Миша услышал их разговор и, зная местные условия, что-то подсказал. Совет им понравился, и его спросили: "Хочешь работать у нас?". Так Михаил Батурин стал чекистом.
Михаила назначили в Особый отдел 11-й армии, а в апреле 1921 года перевели в Особый отдел 1-го Кавказского корпуса. Когда Михаил прибыл в АзЧК за назначением, показал пропуск и предписание дежурному, то в ответ услышал: "К товарищу Берия, в СОЧ".
Секретно-оперативная часть (СОЧ) занималась охраной границы оперативными средствами и располагала, во взаимодействии с контрразведкой КРО, сетью осведомителей. Ей было известно, что в Ленкоранском уезде с территории Персии действовали банды крупных землевладельцев. Они получали деньги от англичан, которые вынашивали планы поднять восстание и присоединить этот район к Персии. Задача Михаила была познакомиться с обстановкой, местностью, завязать контакты с людьми. Но главное — искать пути на ту сторону, установить английских разведчиков и их агентуру. А это старая опытная секретная служба, и начинающему контрразведчику тягаться с ней непросто. Но всё же чекисты смогли подготовиться к вторжению банд.
Михаил приобретал опыт оперативной работы. Пули щадили его — единственное ранение он получил в бою от осколка гранаты. В 1929 году он оканчивает Высшую пограничную школу ОГПУ и направляется сначала в СОЧ 37-го Батумского погранотряда на турецкую границу, а в 1931 году — в разведотделение Управления пограничных войск Закавказского ГПУ в Тифлис, где ему разъяснили задачу: "Пограничная разведка должна вскрывать подготовку разведорганами сопредельных стран агентуры для переброски в нашу страну, устанавливать участки и время переброски, характер заданий… Разведка пограничных войск должна добывать и данные военного характера, чтобы командование знало о намерениях противника". Его работой остались довольны: в 1932 году Коллегия ОГПУ СССР наградила Батурина именным оружием, а затем нагрудным знаком "ВЧК—ГПУ. 1917-1932" (Почётный чекист) — этим знаком было награждено в общей сложности порядка 800 человек.
Но судьбе было угодно, чтобы свою пограничную эпопею Михаил Батурин завершил в родном Баку, куда в 1935 году был направлен начальником Отдельного Бакинского морского контрольно-пропускного пункта (ОБМКПП).
Я стою один, успокоясь,
Я насмешливо щурю глаз:
Мне Каспийское море по пояс,
Нипочём, уверяю вас!
В 1937 году Михаила Матвеевича Батурина направляют на учёбу в Москву в Институт востоковедения им. Нариманова, в турецкий сектор Особого факультета, а в 1939 году переводят в 5-й отдел ГУГБ НКВД СССР — во внешнюю разведку.