Постепенно государство расширяло свои прерогативы и сферы своего влияния. Вспомним, что уже Иоанн III хотел свести с престола митрополита Геронтия, но не решился этого сделать. При его сыне, Василии III, был сведен с престола митрополит Варлаам (1511-1522; +1533). Но разительные перемены наблюдаются при Иоанне Грозном. Можно говорить, что все митрополиты времени Иоанна Грозного, за исключением святителя Макария, скончались и были погребены не в Успенском соборе, традиционном месте упокоения Московских Первосвятителей. В малолетство Грозного из-за боярских нестроений были сведены с престола митрополиты Даниил (1522-1539; +1547) и Иоасаф (1539-1542; +1555). На эпоху святителя Макария (1542-1563) приходится период незрелого возраста первого русского царя и начала его самодержавного правления.
Митрополит Макарий скончался в преклонном возрасте после тяжелой болезни. "И государь, слышав отшествие к Богу отца своего Макария, Митрополита всеа Русии, и воздохнув из глубины сердца своего глагола: "Благодарю Господа Бога и Пречистую Богородицу и великих Чюдотворцов, яко благоволи мне Бог таковаго Святителя погребсти в свое царство". Совершенно противоположна судьба и погребение последующих митрополитов. Митрополит Афанасий (1564-1566) сам оставил престол, скончался и был погребен в Чудовом монастыре. Митрополит Кирилл (1568-1572) был погребен в Новинском монастыре, митрополит Антоний (1572-1581) — в Новоспасском. Эту череду продолжил последний Всероссийский митрополит — Дионисий (1581-1586), сосланный царем Борисом Годуновым в Спасо-Хутынский монастырь. Более всех из Предстоятелей Русской Церкви времени Иоанна Грозного пострадал святитель Филипп (1566-1568; +1569), который был причтен к лику святых. Конечно, за судьбу митрополитов Даниила и Иоасафа в силу своего малолетства Иоанн Грозный отвечать не может, однако судьба митрополитов после святителя Макария полностью на его совести. Кроме того, маргинальность погребений митрополитов Афанасия, Кирилла и Антония привела к утрате первосвятительских могил и забвению их памяти. А в целом их судьба достаточно убедительно характеризует личность первого русского царя.
Используемая В. Г. Манягиным источниковедческая база весьма слаба. Например, он называет выпущенную в 1982 году издательством "Наука" в научно-популярной серии "Из истории нашей Родины" книгу А. А. Зимина и А. Л. Хорошкевич "Россия времени Ивана Грозного" — монографией.
Приведем несколько цитат из рассматриваемой нами книги: Н. Карамзин сочинил "вместо Истории России очередной сентиментальный роман"; Н. Карамзин "повторяет измышления Курбского"; "Здесь снова не обошлось без мифотворчества. Карамзин в свойственной ему сентиментальной манере пишет...". Для того, чтобы очернить автора знаменитого "Домостроя", который так поносила либеральная печать XIX века и терпеть не могли советские историки, В. Г. Манягин приводит следующую цитату польского историка К. Валишевского о православном священнике: "ловкий Автор вполне разобрался с браками царя. Их было всего четыре, причем "третья супруга царя, Марфа Собакина, тяжело заболела еще невестой и умерла через неделю после венца, так и не став царской женой. Для установления этого факта была созвана специальная комиссия, и на основании ее выводов царь получил впоследствии разрешение на четвертый брак". В Соборном приговоре говорится: "...и толико быша за ним царица Марфа две недели и преставися". При вступлении царя в брак в четвертый раз Собор Русской Церкви назначил ему епитимию. О царевиче Димитрии В. Г. Манягин просто не упоминает.
Автор старается преподнести опричнину как нечто духовное. В уходе из Москвы перед началом опричнины автор видит желание царя принять монашество. Кстати, хотел царь "облещися во иноческий образ" и перед вступлением в четвертый брак.
Далее В. Г. Манягин пишет об опричнине: "Согласившись вернуться к власти, Иоанн отложил пострижение в монахи, но зато создал опричнину, которая многим походила на монастырское братство". Между тем известно отношение к опричнине Предстоятелей Русской Церкви того времени. Против нее выступал не только святитель Филипп, который, согласно житию, стремился во всем следовать стопам митрополита Макария. Митрополит Макарий предвидел наступление опричнины и молился, чтобы это было по крайней мере не при нем.
"Нельзя замалчивать одни исторические факты и намеренно подчеркивать другие, нельзя клеветать", — пишет В. Г. Манягин. Однако в связи с трагической судьбой митрополита Филиппа он называет "подлинных" виновников: "Имена недругов святителя хорошо известны историкам. Это новгородский (sic! — а. М.) архиепископ Пимен — второе лицо в заговоре 1569 года, епископы Пафнутий Суздальский и Филофей Рязанский". Рассуждая о судьбе митрополита Филиппа, автор не цитирует историков и поэтому вполне "оригинален" в изложении этой проблемы, представляя царя единомышленником митрополита Филиппа. В данном фрагменте книги встречаются следующие выражения автора: "заговорщики епископы", "тщеславные и честолюбивые интриганы", "ликвидация Грозного", "изменники", "взяли курс", "политическая неблагонадежность", "заговорщики сменили тактику", "поиски компромата", "участники заговора". Кроме того, по убеждению автора, гибель святителя Филиппа произошла не во время новгородского похода, а явилась "последней каплей, переполнившей чашу царского гнева. Иоанн двинулся к Новгороду", где "для искоренения сепаратизма на 1/3 территории страны", по мнению автора, пострадало только "полторы тысячи" человек.