В ходе первой кампании (1994-1996гг.) именно Генеральный штаб, вмешавшись в нарастающий на фронте хаос и развал, перехватил управление у полностью деградировавшего, потерявшего управление и авторитет командования Северокавказского военного округа, и за короткое время смог выправить ситуацию. Из деморализованных, необученных и малоуправляемых частей усилиями Генштаба были сформированы боеспособные группировки. Штаб СКВО был укомплектован грамотными и волевыми командирами и смог переломить ход боевых действий. Армия выполнила задачу, и не её вина, что все жертвы были напрасны. Под улюлюканье либералов и окрики Запада Ельцин и его окружение просто "сдали" Чечню.
Между войнами именно Генеральный штаб, несмотря на крайне негативную ситуацию с финансированием, невыплаты зарплат, смог сохранить боеспособность округа и с началом второй чеченской кампании в 1999 году уже наголову разгромить чеченских боевиков и в течение шести месяцев фактически взять Чечню под контроль.
На протяжении последних 13 лет, несмотря на все деградационные процессы, несмотря на развал и угасание, Вооружённые Силы России сохраняли самое главное — способность объективно оценивать внешние угрозы и своевременно блокировать их маневром и концентрацией тех немногих сил, которые оставались в распоряжении России. И ключевым элементом этой системы безопасности всегда был и остаётся российский Генеральный штаб. Именно здесь находятся "сердце" русского сопротивления и главная силовая точка нашей безопасности.
Казалось бы, нужно только поддерживать и сохранять те государственные механизмы, которые работают эффективно и слаженно. Но не тут-то было. К 2001 году дошла очередь "реформирования" и до Генерального штаба.
К этому моменту в кресле министра обороны уже плотно сидел странный маленький человек — Сергей Иванов. Один из "любимцев" Путина, бывший секретарь Совета безопасности, бывший офицер КГБ — ФСБ, Иванов с первых месяцев своего пребывания в ранге министра обороны развил бешеную административную активность. "Любимца" сразу не устроил существующий статут министра.
Дело в том, что из-за бесконечной чехарды министров обороны (а их за 9 лет сменилось четверо) должность министра, ставшего к тому же ещё и гражданским человеком, превратилась в чисто административную чиновничью должность. Сменявшие друг друга с бешеной скоростью министры иногда даже не успевали толком войти в курс дела, как их уже меняли. Уровень компетентности министров неуклонно снижался, их влияние и положение падали.
На этом фоне ключевой фигурой в Вооружённых Силах стал начальник Генерального штаба, а главным органом управления, который непосредственно командовал Вооружёнными Силами, стал Генеральный штаб. Начальник Генштаба замыкался непосредственно на президента, и в качестве полноправного "силовика" участвовал во всех решениях по военным вопросам и по вопросам применения Вооруженных Сил.
Конечно, амбициозный любимец президента долго терпеть такое соперничество не мог. И с первых дней начал бороться за единоличное право командовать Вооружёнными Силами. И с 2001 года начинается фактически "крестовый поход" команды Иванова против Генерального штаба.
В это время его возглавлял генерал армии Анатолий Квашнин. Фигура далеко не однозначная и не бесспорная. Человек амбициозный, часто жёсткий и нетерпимый. Но говоря о сильных сторонах Квашнина, нельзя умолчать о его блестящих организаторских способностях. Именно Квашнин, став в конце декабря 1994 года командующим увязшей в Чечне несущей потери группировки, смог спасти Российскую армию от полного позора.
В короткий период им был сформирован дееспособный штаб, налажена работа центра боевого управления. Группировки войск были усилены пополнениями и свежими частями. Именно Квашнин заметил и поддержал полководческий талант таких генералов, как командарм Трошин, генералы Шаманов, Пуликовский, Рохлин, Наумов, Булгаков, Макаров, ставших в последующем героями чеченской войны…
Но к 2001 году Квашнин оказался на пути Иванова к единоличной власти. И началась война на уничтожение.
Итогом её стали печально знаменитые поправки к закону об обороне от 29 апреля 2004 года, по которым Генеральный штаб лишился большинства своих функций и был поставлен в полную зависимость от аппарата Министерства обороны. Начальник Генштаба не только потерял право прямого выхода на президента, но практически отстранён от участия в принятии любых государственных решений по применению Вооружённых Сил. По новому закону ему отведена лишь роль исполнителя этих решений. У Генштаба предельно урезаны функции ГОМУ (главного организационно-мобилизационного управления). То есть отобраны не только ключевые кадровые вопросы, но и собственно право заниматься совершенствованием организации Вооружённых Сил. У Генерального штаба отобраны почти все финансовые и бюджетные функции. И что особенно важно — право заказывать и принимать на вооружение новые типы оружия и боевой техники.