В то время компанию "Ворнежавиа" возглавил новый генеральный директор Евгений Шабунин. Хозяйство ему досталось крепкое, масштабное. Одних только самолётов было больше 60 штук. Казалось бы, такое предприятие должно было легко вписаться в рынок, но не тут-то было.
За 9 лет из процветающей прибыльной компании "Воронежавиа" стараниями руководства превратилась в убыточное умирающее предприятие. Его буквально растаскивали по частям. Из 60 самолётов осталось всего 8 — остальные были распроданы. Были проданы новейший приаэродромный комплекс — хранилище ГСМ, аэродромное РСУ, само здание аэропорта сдано частями в аренду различным фирмам. За 10 лет такого "хозяйствования" не было закуплено ни одной единицы обслуживающей аэродромной техники, не проводился ремонт ВПП и стоянки, с 1987 года для гостиницы не было закуплено ни одного комплекта белья, ни одного стола или стула. Убытки "Воронежавиа" за 2003 год составили 6 млн. руб.
Фактически к 2003 году встал вопрос о полном закрытии Воронежского аэропорта и ликвидации его как такового. А после того, как в августе 2003 года, в Нягани совершил аварию пассажирский ТУ-134 "Воронежавиа", компания лишилась лицензии авиаперевозчика. По сути, предприятие осталось без работы и судьба его была фактически решена. Воронежу вполне "светила" перспектива потерять собственные воздушные ворота.
И, скорее всего, так оно и было, если бы в ситуацию не вмешался один из акционеров "Воронежавиа" компания "Полёт". Авиакомпания "Полет" специализируется на перевозках крупногабаритных грузов. "Полет" занимает 3 место по грузоперевозкам в мире. Все самолеты, а их сегодня у компании больше 40, не выработали даже пятую часть своего ресурса. Все они соответствуют мировым стандартам. Достаточно сказать, что в парке компании — семь Ан-124-100 "Руслан" — крупнейших транспортных самолётов в мире.
Трудно сказать, что двигало генеральным директором "Полета" Анатолием Карповым, когда он принимал решение вмешаться в почти безнадёжную ситуацию вокруг воронежского аэропорта, но явно не один только коммерческий интерес — компания без этого вполне благополучно и прибыльно занималась грузовыми перевозками. Но, наверное, не последнюю роль в этом решении сыграло чувство патриотизма, верности своей земле. Ведь сам "Полёт" когда-то создавался на базе всё того же воронежского авиаотряда и оставить миллионный Воронеж и полумиллионный Липецк, который после развала своего аэропорта переориентировался на Воронеж, было никак нельзя. И "Полёт", получив в срочном порядке лицензию на пассажирские перевозки, начал осуществлять авиарейсы из Воронежа.
Конечно, почти сразу встал вопрос о смене прежнего руководства "Воронежавиа". Почти год длилась тяжба за место генерального директора компании. Интересным образом за старую команду, которая, собственно говоря, и довела "Воронежавиа" до полного разорения и развала, горой встала областная администрация во главе с нынешним губернатором Кулаковым, которые делали всё возможное, чтобы не допустить смены руководства. Убыточное, растаскиваемое по кускам умирающее предприятие их странным образом устраивало больше, чем энергичный проект "Полёта" по реанимации почти угасшего аэропорта. Впрочем, убыточной "Воронежавиа" была лишь для простых людей, кто на нём работал, да для областной и федеральной казны, в которые не поступало ни копейки. Зато для тех, кто распродавал имущество, самолёты и инфраструктуру "Воронежавиа" это был Клондайк — золотое дно. Общая сумма, в которую было оценено экспертами распроданное имущество компании, составила сумму около 3 миллионов долларов и ещё примерно в 1 миллион оценивается то, что осталось — аэропорт, аэродромное хозяйство и инфраструктура. Кусок, согласитесь, не маленький! За него можно и повоевать. Тем более, когда у тебя в руках "властный ресурс".
За месяцы "войны" аэропорт чего только не видел. И приезды высоких областных чиновников и налёты купленных журналистов и пиар-атаки и "маски-шоу" с привлечением милицейских спецназов. Но "Полётовцы" были непреклонны. К тому же в самый напряжённый момент им протянула руку помощи партия "Родина". Лидер "Родины" Дмитрий Рогозин лично принял участие в судьбе "Воронежавиа", писал письма, отправлял запросы, встречался с правительственными чиновниками, разъяснял, убеждал. Не раз и не два встречался Дмитрий Олегович и с руководством "Полёта", трудовым коллективом "Воронежавиа".
И мы победили! В мае 2004 года на собрании акционеров гендиректором АО "Авиакомпания "Воронежавиа" был избран представитель ЗАО "Авиакомпания "Полет" в аэропорту Воронежа Владимир Малахов.