При этом само ГОУ уже два месяца было без руководства. Бывший начальник ГОУ генерал-полковник Александр Рукшин был в начале июня уволен за несогласие с планами Анатолия Сердюкова резкого сокращения Генштаба. Нового начальника ГОУ руководству Минобороны за это время найти было недосуг. Исполняющий же обязанности начальника ГОУ первый заместитель Рукшина генерал-лейтенант Валерий Запаренко был вынужден совмещать сразу несколько должностей, что не могло не отразиться на состоянии дел в ГОУ.
Всё это усугубилось тем, что к этому моменту ГОУ и ГОМУ оказались полностью отрезанными от войск. В очищенных под ремонт помещениях не только вся ЗАСовская связь, но даже и обычная, "эровская", были уже отключены, а в новом здании её ещё просто не провели. В итоге в самый драматичный момент цхинвальской драмы Генеральный штаб России потерял управление войсками.
При этом сам переезд никто не отменил, и разворачивать работу пришлось фактически на колесах. В качестве средства связи с войсками использовалось несколько обычных телефонов открытой дальней связи в тех нескольких кабинетах, которые были определены под временное размещение министерских советников. Но больше всего выручали обычные "мобильники", с которых за свои деньги офицеры и генералы вели переговоры с коллегами из СКВО.
Рабочие группы разворачивались в любых мало-мальски пригодных помещениях бывшего штаба Объединённых сил Варшавского Договора: в гримёрках, раздевалках, за сценой, в спортивном зале. Одно из направлений ГОУ вообще оказалось сидящим в оркестровой яме.
Только к исходу вторых суток удалось хоть как-то восстановить управление войсками и развернуть работу. Но эта неразбериха стала причиной больших человеческих потерь и ошибок.
Так, новый начальник Генерального штаба до последнего момента не решался отдать приказ войскам на начало военной операции. После того как грузины начали войну, командование миротворцев, дежурный генерал ЦКП и командующий СКВО неоднократно выходили напрямую на начальника Генерального штаба с докладами о том, что наши миротворцы несут потери, что идёт уничтожение города с мирным населением, что необходимы немедленная помощь и приведение в действие имеющихся на этот случай планов отражения агрессии, но НГШ всё тянул, непрерывно "уточняя" у высшего политического руководства, какими должны быть масштабы применения силы, хотя политическое решение к этому моменту уже было принято.
Именно с этим связана задержка с вводом войск, которая обошлась нашим миротворцам в несколько десятков убитых солдат и офицеров.
Первая директива, отправленная в войска, носила столь ограниченный характер, что почти сразу потребовала её дополнения новой. По первой директиве войска, вводимые в Южную Осетию, фактически оставались без прикрытия, так как директива касалась лишь частей и соединений СКВО…
По его же вине возникла несогласованность между видами Вооружённых Сил. Не имея опыта работы организации межвидового взаимодействия, в самый ответственный момент начальник Генерального штаба "забыл" о ВВС.
Директива войскам Северокавказского военного круга ушла, а директива командованию ВВС не была отправлена. О ней "вспомнили" лишь тогда, когда войска, пройдя Рокский тоннель, оказались под ударами грузинской авиации. И ВВС пришлось, что называется "с колёс", вступать в операцию. Это явилось одной из причин столь высоких потерь в самолётах.
Потом точно так же "вспомнили" о ВДВ, и директива ушла в штаб ВДВ. Именно этим объясняется то, что самые мобильные войска Российской армии оказались фактически в арьергарде военной операции.
Совершенно непонятно, почему в преддверии войны, когда непрерывно поступала информация об обострении обстановки вокруг Южной Осетии, руководство Генерального штаба не приняло решения о разворачивании центрального командного пункта, который имел все возможности управлять войсками в районе конфликта, в ходе переезда двух ключевых управлений, но всё время войны работал в обычном "дежурном" режиме, занимаясь лишь отслеживанием обстановки, в то время как ГОУ и ГОМУ были фактически отрезаны от войск?
Эта война показала, что "вкусовой" подход к выбору начальника Генерального штаба — ключевой фигуре для управления войсками в боевой обстановке — неприемлем. Азарт министра обороны Сердюкова, тыкавшего в карту пальцем с предложением разбомбить "вот этот мост", по-человечески понятен, но он не имеет ничего общего со стратегией и оперативным искусством, которые, собственно, и решают судьбу войны. В самый ответственный момент нужных профессионалов на месте не оказалось…
При этом господин Сердюков очень ловко всю ответственность за потери взвалил на тех, кого он сам же и поставил в катастрофическую ситуацию.
Так, на разборе в Генеральном штабе по итогам грузинской кампании он ничтоже сумняшеся всю вину за неразбериху начала войны возложил на сидящих перед ним в зале офицеров и генералов, которых сам же фактически выкинул в пустоту.