В феврале 1992 г. президенты Ельцин и Буш заявили о переходе к "стратегическому партнерству", но не уточнили, на чем оно будет основано. 23 мая 1992 г. Соединенные Штаты помогли России подписать Лиссабонский договор к Договору СНВ-1, по условиям которого Белоруссия, Украина и Казахстан обязались вывезти советское ядерное оружие (ЯО) на территорию Российской Федерации. Джордж Буш-старший заявил в рамках "Вашингтонской хартии" (17 июня 1992 г.) о поддержке демократических реформ в России. На практике это означало поддержку Бориса Ельцина.
Предоставляя помощь, Вашингтон стремился заручиться уступками российского руководства по стратегическим проблемам. Договор СНВ-2 (1993) содержал диспропорции в пользу США: принцип "возвратного потенциала" и приоритет сокращения межконтинентальных баллистических ракет, оснащенных разделяющимися головными частями с боеголовками индивидуального наведения, которые составляют основу российских стратегических ядерных сил (СЯС). 18 января 1993 г. заключено соглашение по высокообогащенному — низкообогащенному урану (ВОУ-НОУ): Россия обязалась по коммерческим ценам поставлять американцам разобогащенный уран, изъятый в процессе реализации СНВ-1. 23 сентября 1997 г. последовало двустороннее соглашение о намерении остановить реакторы-наработчики оружейного плутония. В 1998 и 2000 гг. оно было дополнено соглашениями о партнерстве в сфере захоронения плутония. Еще больших уступок демократическая администрация Билла Клинтона (1993-2001) предполагала добиться в рамках обсуждавшегося с осени 1994 г. проекта Договора СНВ-3.
Россия, однако, не стремилась радикально и тем более в одностороннем порядке сокращать свой стратегический потенциал. Москва отказалась от первоначального варианта Договора СНВ-2 (1997) и американского проекта СНВ-3 (1999). С 1994 г. Кремль все более жестко возражал против американской политики на Балканах и возможного расширения НАТО на Восток.
С середины 1994 г. начался психологический кризис российско-американских отношений. На официальном уровне стороны отрицали его наличие. Однако Москва и Вашингтон занимали противоположные позиции по большинству международных проблем. Американские СМИ все чаще писали о "провале демократического транзита в России" и возвращении ее к "имперским традициям"; российские — о "системной несовместимости российской и американской культур".
В таких условиях администрация Клинтона выработала в 1994-95 гг. новую систему приоритетов в отношении России. 5 января 1995 г. министр обороны США Уильям Перри озвучил доктрину "взаимно-гарантированной безопасности" (mutually assured safety), которая увязывала американскую ядерную политику с продолжением в России демократических реформ. В случае их провала боезаряды, складированные по условиям СНВ-1 и СНВ-2, должны были быть возвращены на боевое дежурство. Это позволило бы быстро восстановить американские СЯС до более высоких количественных потолков, чем было предусмотрено Договором СНВ-1. Параллельно администрация Билла Клинтона поставила вопрос о переходе к новой системе стратегических отношений с Россией. В ее основе должно было лежать превосходство Соединенных Штатов в стратегической сфере. Закон о противоракетной обороне США 1991 г. свертывал программу СОИ и провозглашал приоритетом создание ПРО театра военных действий (ТВД). Но с 1995 г. Пентагон приступил к реализации программы "3+3": создание пограничных систем "заатмосферного перехвата" как компонентов стратегической ПРО. С начала 1999 г. Белый дом ставил перед Россией вопрос о трансформации Договора по ПРО (1972), угрожая в противном случае выйти из него.
Соединенные Штаты применяли и новые формы воздействия на Москву. Инициирование публичных коррупционных скандалов против российских бизнесменов и чиновников. Резкая критика военной операции в Чечне. Требование отказаться от поставок технологий "двойного назначения" в Иран и Индию. Периодическое появление информации об опасности утечки расщепляющихся материалов из российских научно-исследовательских центров. Эти шаги смягчались интеграцией России в "Группу семи", но доказывали, что в Вашингтоне не рассматривают Москву как стратегического партнера.