"Малая конфронтация" России и США конца 1990-х гг. стала закономерным результатом разочарования друг в друге. Соединенные Штаты поддержали Бориса Ельцина в его противостоянии с Верховным Советом (1993) и КПРФ (1996). Отказ Ельцина от дальнейших сокращений вооружений в Вашингтоне восприняли как нарушение условий "большой сделки" начала 1990-х годов. Россия же усматривала в действиях Вашингтона попытку произвести революцию в системе мирового управления: снизить роль ООН за счет возвышения НАТО. Под воздействием этих процессов в документах 1997-2000 гг. СЯС стали рассматриваться как гарантия безопасности России от потенциально враждебных действий со стороны Соединенных Штатов.
Поддержка Москвой антитеррористической операции США в Афганистане несколько смягчила позицию республиканской администрации Джорджа Буша младшего (2001-2009) в отношении сохранения системы контроля над вооружениями. На встрече в Кроуфорде (12 ноября 2001 г.) президенты Владимир Путин и Джордж Буш договорились модернизировать систему стратегической стабильности. Москва согласилась с выходом Соединенных Штатов из Договора по ПРО (2002) и запустила совместные с НАТО программы по развитию систем ПВО и ПРО ТВД. Вашингтон подписал с Россией 24 мая 2002 г. Договор о сокращении стратегических наступательных потенциалов и Московскую декларацию о стратегическом партнерстве, в соответствии с которой США обязались консультироваться с российской стороной по вопросам развертывания ПРО.
Но технический механизм взаимного ядерного сдерживания изменен не был. Обзор ядерной политики США (2002) провозгласил возможность проведения объединенных операций с использованием ядерных и неядерных сил. В Доктрине совместных операций с применением ядерного оружия (2005) постулировалась допустимость превентивного применения тактического ядерного оружия (ТЯО) в региональных конфликтах. Это побудило Москву принять ответные меры. В июне 2005 г. в Военную доктрину РФ была внесена поправка о праве российской стороны на упреждающие ядерные удары по изготовившемуся к агрессии противнику.
В середине 2000-х гг. эти противоречия дополнились новыми тенденциями.
Во-первых, осенью 2004 г. Вашингтон осудил действия России после событий в Беслане, в частности отмену прямых выборов губернаторов. Конгресс США принял серию рекомендательных резолюций с призывом исключить Москву из "Группы восьми".
Во-вторых, на саммите в Братиславе (24 февраля 2005 г.) президент Буш предложил включить в стратегический диалог вопрос об оказании помощи России в процессе повышения надежности систем сохранности запасов расщепляющихся материалов. Российская сторона восприняла это как отказ Вашингтона видеть в лице Москвы равноправного стратегического партнера.
В-третьих, Соединенные Штаты осудили российскую концепцию "энергетической сверхдержавы". 4 мая 2006 г. вице-президент Ричард Чейни заявил в вильнюсской речи, что "энергетическое оружие" стало новым ресурсом России. Критика звучала накануне саммита "Большой восьмерки" в Санкт-Петербурге (июль 2006 г.), повесткой которого были проблемы мировой энергетики. Вашингтон возложил на российскую сторону ответственность за газовые кризисы с Украиной (2006; 2009) и Белоруссией (2007).
В-четвертых, США стали проводить активную политику на постсоветском пространстве. Концепция "расширения демократии" 1993 г. предусматривала возможность включения бывших советских республик (кроме России) в НАТО. В 1990-е гг. эти проблемы носили дискуссионный характер. Ситуация изменилась после поддержки администрацией Буша "цветных революций" в Грузии (2003) и на Украине (2004). В 2007 г. Конгресс принял Закон о поддержке стремления Грузии и Украины в НАТО. Как следствие, Москва стала опасаться, что Вашингтон намерен уменьшить российское влияние на территории бывшего СССР.
С НАЧАЛА 2007 Г. в российско-американских отношениях нарастала военно-политическая эскалация. Москва пыталась удержать Соединенные Штаты в режиме стратегического диалога по ПРО/СНВ. Но в мюнхенской речи 10 февраля президент Владимир Путин впервые после 1985 г. заявил, что Россия может принять меры военного характера, если американские системы ПРО появятся в Восточной Европе.
13 июля Москва ввела мораторий на исполнение Договора об обычных вооруженных силах в Европе. 17 августа Россия возобновила полеты стратегической авиации. Весной 2008 г. Кремль выступил против предоставления Украине и Грузии индивидуальных Планов действий по членству в НАТО. Поэтому в Стратегии национальной обороны США 2008 г. Россия квалифицировалась как стратегический соперник Вашингтона.