В 1983 году — командир бригады спецназа в ограниченном контингенте советских войск в ДРА. В 1983 г. В.Квачков получает контузию и проходит длительный период лечения и реабилитации в Крыму. Награжден орденом Красной Звезды. В 1984-1986 годах служит в бригаде в Пскове. В 1986-1989 гг. — начальник штаба бригады в ГСВГ, а с 1989 года командует бригадой в ТуркВО. Участвует в боевых действиях в "горячих точках": Азербайджан (1990 г.), Таджикистан (1992 г.). Награжден орденом Мужества. В 1992 году на базе соединения проводятся съемки знаменитого фильма "Черная акула", в которых вместе с Квачковым снимается командовавший в ту пору воздушно-десантной дивизией Герой Советского Союза генерал-майор Востротин (СвСВУ).
С 1994-го года — на ответственной должности в Главном разведуправлении.
С 1999 года — ведущий научный сотрудник Центра военно-стратегических исследований Генерального штаба.
Участник рабочей группы Министерств обороны Республики Беларусь и Российской Федерации по унификации законодательства в области обороны.
Кандидат военных наук, докторская диссертация по теории специальных действий Вооруженных Сил Российской Федерации в современных условиях была представлена на защиту.
В так и не защищенной диссертации Квачкова была обоснована необходимость создания в Вооруженных Силах самостоятельных войск специального назначения — и это тот самый момент, после которого Квачков, человек, уважаемый в войсках, практик и теоретик спецназа, становиться смертельно опасен для осуществления некоторых сценариев развития военно-политических ситуаций на территории Северной Евразии в течение ряда последующих десятилетий.
Не для того лучший немец и нобелевский лауреат сдавал СССР, чтобы в начале века у России появилось гибкое, точное и беспощадное оружие XXI века — Войска Специального назначения. Судя по тому, что мы сейчас видим, по замыслу заокеанских архитекторов реформ русские в конце своей истории должны выходить в чистое поле с табуретками против "Абрамсов" или "тип98".
По Квачкову же, которого зарубежные аналитики, между прочим, по уровню понимания проблематики ставят наравне со Стариновым и Донованом, а по изощрённо-расчётливой дерзости проведённых операций — рядом с Судоплатовым и Скорцени; ну так вот — по Квачкову же выходило, что Войска Специального назначения, действуя как отдельный вид Вооружённых Сил, способны практически полностью дезорганизовать или уничтожить управление частями и логистику снабжения войск любого вероятного противника при военном конфликте любой интенсивности в течение считаных дней. При таком подходе к делу конец русской истории, разумеется, отодвигается в неопределённо далёкое будущее.
До такой степени понимания роли спецназа в войнах ХХI пока что поднималось только военное руководство КНДР, где существуют целые дивизии спецназа, общей численностью личного состава от 80 до 200 тысяч человек. Именно эти части, оснащённые специализированными образцами оружия с повышенными характеристиками, личный состав которых имеет высочайшую боевую, огневую, физическую и психологическую подготовку, и ориентирован на решение специфических боевых задач в чрезвычайно экстремальных условиях, являются настоящей "атомной бомбой" Ким Чен Ира. Необходимо также отметить, что содержание и подготовка подобных частей обходится на порядки дешевле, чем сооружение десятков авиабаз и авианосцев, сотен и тысяч самолётов и крылатых ракет, — при сопоставимом разрушительном потенциале.
Могла ли "мировая закулиса" смириться с таким интеллектуально-организационным мятежом отдельно взятого полковника?
Разумеется, нет.
И тогда возникает дело о так называемом "покушении на Чубайса".
Мог ли столь опытный специалист-диверсант так по-крупному ошибиться, так непрофессионально сработать? Занимался бы Чубайсом Квачков, он бы однозначно не промахнулся — так гласит официальная версия защиты, и она логична и непротиворечива.
Но Квачков принимает бой и переводит его в другую плоскость. Он мог бы отсидеться, проявить покладистость и со временем по-тихому уйти от обвинений.
Но он вообще отрицает наличие события преступления, поскольку в его представлении уничтожение одного из высших чиновников "оккупационного режима" никаким преступлением считаться не может — это "первейшая обязанность и священный долг каждого воина и гражданина".
Поэтому Квачков даже не рассматривает вопрос о собственной виновности: виновен в чем, простите?
Из смертельно опасного для "нового мирового порядка" военного теоретика, он мало-помалу превращается в неконтролируемую системой политическую фигуру, в неучтённую цифру большой игры.