Зимой 1996 года в районе границы Чечни с Ингушетией вместе с тремя сослуживцами (Александром Железновым, Андреем Трусовым, Игорем Яковлевым) попал в плен к боевикам.
Находился в плену в селе Бамут в течение ста дней, на протяжении которых подвергался избиениям и пыткам.
В день своего рождения, в праздник Вознесения, вместе с тремя пленными товарищами был выведен в лес. Всем четверым было предложено перейти в ислам и присоединиться к банде.
Имеющему нательный крестик Родионову было предложено сорвать с себя символ Христа и тем самым сохранить себе жизнь. После отказа два пленника были убиты выстрелами в темя, Евгению и еще одному солдату боевики перерезали горло, а затем отрезали головы.
Вскоре после пленения пограничников мать Евгения, Любовь Васильевна, приехала в Чечню на поиски сына, как считалось, дезертира. Командир Евгения сообщил ей, что ее сын в плену, но не проявил никакого участия к его судьбе. В конце концов, она была вынуждена заплатить боевикам выкуп за информацию о месте захоронения сына. Тело Евгения мать опознала по нательному кресту.
Погребен Евгений Родионов близ деревни Сатино-Русское Подольского района Московской области, возле церкви Вознесения Христова. Надпись на кресте гласит: "Здесь лежит русский солдат Евгений Родионов, защищавший Отечество и не отрекшийся от Христа, казненный под Бамутом 23 мая 1996 года"
Многими православными людьми в России и за ее пределами Евгений Родионов почитается как святой воин-мученик.
Из статьи в электронной энциклопедии
ДУХОВНИК ГАЗЕТЫ "ЗАВТРА" священник Дмитрий Дудко всегда выражал свои мысли просто и коротко: "Евгений Родионов принял мученическую смерть за Христа, за Веру Православную. Это подвиг редчайший. С одной стороны, его смерть вызывает скорбь, с другой, вселяет бодрость. Константин Великий увидел крест и сказал: сим победиши, так и мы, видя то, что свершилось, говорим: только Верой мы победим. Потому что если оглянуться вокруг — ничто нас не спасет. Действительно, человек жил среди нас в очень трудное время, пожалуй, более трудное, чем советское, когда было безбожие. Безбожие вынести легче, развращение — труднее. Но он в развращенное время сохранил Веру. Казалось бы, от него требовали немного — снять крестик. Всенародно отказаться от Христа…"
В одной короткой фразе отца Дмитрия сказано многое. Например, то, что советское "безбожие" было менее опасным и тягостным для души человека, чем нынешнее "развращение". Ведь первое, невзирая на "материализм", тянуло вверх, а последнее предполагает открытое главенство низменных инстинктов, бытовой цинизм и торжество эгоизма. Речь идет об обществе, в котором не принято жертвовать хоть чем-то во имя других людей, но, напротив, приветствуется вырвать больше и больше благ из рук ближнего своего. Уж какие там идеалы, высшие принципы, вечные ценности?! Все это в развращенном обществе считается пустыми глупыми фразами, "разводкой для лохов", далекими, полузабытыми абстракциями. Главное здесь и сейчас продвинуться, закрепить за собой как можно больше конкретных материальных благ и ресурсов. Духовное развращение — это примат сиюминутного, принципиальный отказ от вечности.
В одной из статей о подвиге Евгения Родионова написано следующее: "Он пришел к нам в кромешную пору всеобщего разложения и предательства, во времена великой народной беды и народного падения."
И если эпохи побед и восхождений имеют своей высшей точкой некую сияющую вершину, расположенную на определенном кратком отрезке истории, то эпохи распада и обрушения отмечены особыми впадинами. Именно такой дымящейся впадиной русской истории, черным чудовищным кратером был 1996 год, наполненный до краев дьявольским бредом. Это год предательства, когда в ходе необъявленной Чеченской войны российское телевидение превозносило убийц русских женщин и детей, плевало в спину воюющей армии. А затем в Хасавюрте был подписан позорный мир — российские власти на глазах у всего мира капитулировали перед шайкой бандитов. Затем последовали чудовищные по степени цинизма и фальсификаций "выборы Ельцина", сопровождаемые бесовскими плясками и шквалом информационного насилия над населением. После такого стало ясно: с народом можно делать всё, что угодно!
И в недрах этого вращающегося кратера, среди потоков гноя и серы явился новый христианский мученик — воин Евгений. Неузнанное, непознанное в невыносимом, мучительном и страшном обличье — случилось чудо Божье!