После распада СССР и создания Российской Федерации командование вновь созданных Вооруженных Сил РФ столкнулось с тем, что для содержания такой громоздкой учебной системы нет достаточного количества финансовых средств. Поэтому произошло повальное сокращение училищ и академий. Помимо сокращений самих учебных заведений, в оставшихся академиях сокращались сроки обучения, чтобы как можно больше сократить расходы на обучение офицеров-слушателей. В 1994 году началась война в Чечне. Из-за больших неоправданных потерь среди личного состава, привлеченного к проведению операции, от поступления в военные училища отказались многие абитуриенты. ВС РФ столкнулись с кризисом в системе военного образования. Оказалось, что если не набрать в необходимом количества будущих (после выпуска из военных училищ) лейтенантов, то в ВС РФ просто не хватит офицеров. Для того, чтобы решить эту проблему, руководство Минобороны решило, что необходимо сделать военное образование привлекательным для граждан. Поэтому было решено, помимо военной специальности, давать выпускникам военных училищ и академий еще и гражданскую. Пришлось изменить программы обучения, а также переименовать военные училища в военные институты.
Но проблемы это не решило, — офицеров, особенно звена "взвод/рота", всё равно не хватало. Поэтому пришлось, как в годы Великой Отечественной, создать курсы младших лейтенантов, на которых военнослужащие по контракту и прапорщики после шестимесячного обучения получали воинское звание "младший лейтенант" и становились офицерами. Резко упал уровень подготовленности старшего офицерского состава. Основными проблемами военного образования стали:
— низкий уровень подготовки у выпускников военных институтов (лейтенантов), которые прибывали на первичные офицерские должности. Но ставить это полностью в вину профессорско-преподавательского составу ВС РФ не стоит. Причина такой ситуации банальна — отсутствие финансирования на нужном уровне, а также низкий престиж карьеры офицера среди населения Российской Федерации. Всё это привело к тому, что из-за недофинансирования денежное довольствие преподавателей ВВУЗов оказалось значительно ниже, чем у преподавателей гражданских ВУЗов, а это вызвало резкий отток преподавательских кадров из системы военного образования. Выпускники ВВУЗов, в своем большинстве, поступали туда только с одной целью — получить бесплатное образование, плюс при этом быть на полном обеспечении, а, завершив обучение, сразу уволиться из ВС РФ, либо по выпуску перейти в другое силовое ведомство. Так что Минобороны оказалось заложником своего же решения давать выпускникам военных институтов гражданские специаль- ности. Вернуть же все обратно руководство МО РФ уже не могло. Это бы привело к тому, что в военные институты просто не стал бы никто поступать;