В 2003 году активная фаза контртеррористической операции была завершена, основная масса частей и соединений, привлеченных к операции, покинули территорию Чечни. Большинство из них были укомплектованы на 100% военнослужащими по контракту. Буквально через 2-3 месяца после вывода военнослужащих основная масса "контрактников" уволилась по собственному желанию. Причиной этого стало два явления. Вывод из Чечни означал то, что военнослужащим прекращали платить надбавки за боевые действия, и в ППД, их денежное довольствие превращалось в жалкий мизер. Во-вторых, Министерство обороны не могло обеспечить всех, желающих продолжить службу по контракту, нормальным жильем (в лучшем случае, вернуться обратно в казарму), а также социально-бытовыми условиями семьи "контрактников". К 2004 году всё вернулось к тому, как было в 1999 году, перед началом войны. Но правительство РФ и руководство МО РФ получили положительный опыт, да и экономическая ситуация в стране значительно улучшилась.
Федеральная Целевая программа "Переход частей постоянной готовности на контрактный способ комплектования" началась в 2005 году. В соответствии с замыслом этой программы часть соединений постоянной боевой готовности, должны были быть укомплектованы не военнослужащими срочной службы, а военнослужащими по контракту. На территории этих частей и соединений создавалась новая инфраструктура, казармы перестраивались под систему общежитий, но не с отдельными комнатами, а с кубриками на 3-5 человек. Кроме этого, в программу было заложено улучшение не только бытовых условий жизни военнослужащих, но создание нормальных условий для жизни семей военнослужащих. В гарнизонах должны были быть построены школы, детские сады, дополнительные магазины, а также должно было начаться строительство жилья для военнослужащих по контракту и их семей. Первой на контракт должна была перейти 76 гв. вдд. В Сухопутных войсках первым соединением, которое вошло в ФЦП, стала 42 гв. мсд, дислоцировавшаяся в республике Чечне.
Казалось бы, что за 13 лет Министерство обороны получило достаточный опыт в том, что необходимо сделать для успешного перехода на контрактный способ комплектования. Как показали дальнейшие события, это было не так. В скором времени стало ясно, что денежное довольствие, которое платится военнослужащим по контракту, даже с учетом тех дополнительных выплат, которые были определены для частей постоянной готовности, комплектуемыми военнослужащими по контракту, оказались недостаточными. Руководство Министерства обороны спешило выполнить программу и отчитаться. Основным критерием успешности программы стала укомплектованность части личным составом. Для ЧПГ укомплектованность определена как не менее 95% личного состава, поэтому часть, которая успешно перешла на контракт, должна была быть не менее чем на 95% укомплектована контрактниками. Но учитывая, что за прошедшее время Министерство обороны, так и не смогло, кроме новых казарм, создать нормальные бытовые условия, контрактники побежали. Укомплектованность падала, а руководство Министерства обороны жестко требовало результатов от командования округа, а округ в свою очередь всеми способами добивался показателей от командования частей и военных комиcсариатов. Несмотря на утверждения министра обороны В. Иванова, который в то время занимал этот пост, что основу контрактников составляют военнослужащие по призыву, которые уже в частях заключили контракт, это было неправдой. Основу контрактников (более 75%) составляли граждане, ранее отслужившие и прибывшие из запаса, которые были призваны военными коммисариатами на основании их рапорта о желании служить по контракту. Видя, что программа на грани срыва, для создания видимого благополучия руководство МО РФ запретило увольнять военнослужащих по контракту из частей. Сложилась парадоксальная ситуация, когда хронический алкоголик, который не прибывает на службу, продолжает служить и получать деньги, а документы на его увольнение не подписываются.
2006 год был критическим для ФЦП, казалось, что программа закончится полным провалом, а деньги уйдут в никуда. К концу года ситуация начала радикально меняться. В начале 2007 года поток увольняемых стал снижаться. К этому времени, в основном, уже наладились бытовые условия у семей военнослужащих по контракту, кто-то получил служебное жилье, кто-то начал снимать его в городах. Кроме того, после отказа от выплат так называемых "пайковых денег" и внесение их в денежное довольствие военнослужащих, вырос и уровень доходов военнослужащих. Прошедшие зимой 2007 — весной 2008 года, в ряде частей и соединений батальонные, полковые и бригадные учения с боевой стрельбой показали, что боевая выучка военнослужащих по контракту находится на высоком уровне.