Со стороны компании Браудера звучали обвинения, что преступления расследовали те лица, которых Магнитский обвинял в хищениях. Но, как уже было сказано, он никого в хищениях не обвинял. Что касается расследования, действительно, первая следственная группа включала в себя следователей, которые работали над делами в Калмыкии, Татарстане и Москве. Таков порядок: когда принимается решение об объединении дел, то поначалу все следователи остаются в группе, потому что они должны дела передать. Следователи передают дела руководителю следственной группы, которым был Сильченко.
В ноябре 2008 года поступает информация о том, что Магнитский собирается уезжать в Великобританию: он идёт в фотоателье, а на тот момент оперативники его уже опекали, фотографируется на британскую визу. Поступила также информация, что Магнитский заказал билет в Киев. То есть, может улететь, не дожидаясь в Москве паспорта, который ему передадут в посольстве Великобритании на Украине. Кроме того, Магнитский активным образом воздействовал на свидетелей по делу, склоняя их к даче ложных показаний.
ПОСКОЛЬКУ ВСЕ СОТРУДНИКИ фирмы Hermitage Capital уже выехали, а кто не выехал, умерли, у следователя иного выхода, кроме ареста подозреваемого, не было. Магнитского задержали, избирается санкция на арест, потому что это преступление относится к тяжким, наказание — до 6 лет. Он и был арестован, потому что сомнений в том, что сбежит, не было.
После ареста Магнитский замыкается, отказывается давать показания, и никаких заявлений от него не поступало. Серьёзных заболеваний, препятствий для заключения под стражу у него не было. Он действительно, о чём сейчас кричат правозащитники, переводился из изолятора в изолятор — в связи с ремонтом, на этот счёт имеется справка. Но ни в жалобах самого Магнитского, ни в обращениях адвокатов не говорится о том, что состояние его здоровья препятствует нахождению в следственном изоляторе. Последнее ходатайство следователю было в августе 2009 года о необходимости ультразвукового исследования. Ему неоднократно проводились и УЗИ, и исследования в связи с холециститом. Возможно даже, это обращение было умышленной провокацией. Ведь ещё с середины 90-х годов, о чём не мог не знать адвокат, следственные изоляторы выведены из системы МВД, переданы в систему минюста РФ, они не подчиняются следствию, и питание, медобслуживание полностью в компетенции следственного изолятора. Вопрос о назначении медицинской процедуры — этому подследственному провести УЗИ, у этого взять анализ крови — может решать не руководитель изолятора, а врач. Поэтому совершенно логично, не выходя за рамки своих полномочий, следователь на ходатайстве Магнитского о проведении УЗИ пишет: вам необходимо обратиться к руководству следственного изолятора. Сейчас правозащитники обвиняют следователя в том, что он отказал в удовлетворении этого ходатайства, якобы едва ли не это привело к смерти.
Смерть Магнитского связана по времени с некими обстоятельствами, что не может показаться случайностью. Был задержан один из трёх директоров, находившийся в розыске Маркелов. Осенью 2009 года он стал давать показания о том, что пакет документов, который представляли в налоговую ему и другим соучастникам — Курочкину и Хлебникову — передал Магнитский.
Следственная группа решала, предъявлять ли Магнитскому ещё и обвинение в участии в данном хищении. Раньше у следователей не было версии, что Магнитский участвовал и в этом хищении. Вообще, когда шли поиски людей по данному делу, получалось так: только найдут человека — он умирает. Только найдут — умирает.
В деле не было ясности, пока не был задержан Маркелов, который стал давать показания. Он не знал Браудера, а знал Гасанова, Коробейникова (к тому времени умерших) и Магнитского. Поскольку показаний одного Маркелова недостаточно, было решено продолжить поиски Хлебникова— третьего фигуранта по делу. А обвинений Магнитскому на основании показаний одного лишь Маркелова не предъявлять.
Магнитского дополнительно допросили по этим обстоятельством: ему было сказано, что задержан Маркелов, он даёт такого рода показания. И знаете ли вы Гасанова, который переназначал на основании доверенности директоров? Магнитский ответил категоричным отказом давать показания. Его образ рисуют как разоблачителя, чему не соответствует поведение: он постоянно отказывался давать показания, ссылаясь на 51 статью Конституции РФ. Но о том, что такие показания есть, стало известно Браудеру.
Тот наверняка понял степень опасности: появился некий Маркелов. Он жив. (А жив он, скорее всего потому, что пустился в бега, как и Хлебников. А Курочкин умер). И он даёт показания не на Браудера, с которым не имел дел, а на Магнитского.