Президент Д.Медведев, прервав поездку по Поволжью, тоже выехал в Москву, где провел заседание Совета Безопасности РФ, на котором только через 14 часов после начала боевых действий, когда уже были десятки убитых и сотни раненых, но главное — при соблюдении всех юридических формальностей, невзирая на кровь и гибель сотен людей, наконец, было объявлено о вмешательстве России в югоосетинский конфликт. После чего началась череда громких заявлений российских должностных лиц. Президент Медведев утверждал, что Грузия пыталась присоединить Южную Осетию путем уничтожения целого народа, что такая же участь ждала и Абхазию, но мы не допустим безнаказанной гибели наших соотечественников, а виновные понесут заслуженное наказание. Грузинские войска совершили акт агрессии против миротворцев России и мирных жителей. То, что происходит, — это грубейшее нарушение международного права и мандатов, которые были выданы России мировым сообществом по мирному урегулированию. Миротворцы Грузии стреляли по миротворцам России. В зоне конфликта — варварство, гуманитарная катастрофа и геноцид. При разговоре с президентом США Медведев еще раз подтвердил, что в Южной Осетии Грузия проводит агрессию, осуществляет геноцид осетинского народа, в регионе налицо гуманитарная катастрофа, что президент Грузии Михаил Саакашвили проводит преступную политику при поддержке внешних покровителей, надеясь на безнаказанность.
Путин вылетел во Владикавказ разбираться с ситуацией и встречаться с беженцами, которых на тот момент было уже более 30 000 человек, т.е. около половины негрузинского населения Южной Осетии. Путин был шокирован услышанным: как грузинские танки давили детей, как грузины расстреливали и совершали насилия против женщин, детей и стариков, убивали наших миротворцев. Вернувшись в Москву, на встрече в Медведевым Путин подтвердил, что это — геноцид и предложил издать указ, чтобы военная прокуратура всё задокументировала и виновные понесли уголовную ответственность.
Тут же в работу включился Следственный комитет при Прокуратуре России во главе с председателем Александром Бастрыкиным. Медведев поставил Бастрыкину задачу: "Были совершены тягчайшие преступления. Людей убивали, жгли, давили танками, резали горло. И я считаю, что мы должны предпринять все усилия для того, чтобы собрать и задокументировать доказательства этих преступлений с тем, чтобы впоследствии у нас была необходимая база и для уголовного преследования лиц, виновных в совершении этих преступлений, и для международной оценки этих действий.
Бастрыкин заверил Медведева: "Мы сделаем всё необходимое, чтобы в установленном законом порядке, в соответствии с действующим законодательством, в полном объеме и в полной мере закрепить преступные деяния грузинской стороны, грузинских военнослужащих с тем, чтобы, как вы сказали, у нас была полная объективная доказательная база, основа для будущего уголовного преследования виновных по закону". Более двухсот следователей и тридцати прокуроров-криминалистов, не покладая рук, трудились в Северной и Южной Осетии, задокументировав многочисленные преступления против населения и миротворцев, собрав доказательств более чем достаточно. Бастрыкин, находясь во Владикавказе, заявил, что в рамках уголовного дела, возбужденного по факту убийств в Южной Осетии мирных граждан и российских миротворцев, Следственный комитет при Прокуратуре России намерен допросить грузинских военнослужащих, оказавшихся в плену, а грузинская сторона понесёт ответственность согласно российскому уголовному праву также за преступления международного характера, в том числе за военные преступления при проведении военных операций. Допросы задержанных пленных подтвердили, что задача, поставленная президентом Грузии, была конкретна: всеми силами освобождать грузинскую территорию: "Цхинвальский регион", "Самачабло", — от осетин.
По итогам работы Бастрыкин на пресс-конференции в РИА "Новости" в Москве добавил к ранее сделанным заявлениям, что на стороне Грузии воевали американские, турецкие, чешские, украинские наемники. Война велась против осетинского народа, и её целью был геноцид осетинского народа. По данным Следственного комитета, 4 тысячи жителей Южной Осетии признаны потерпевшими. А уголовные дела расследуются по статье 105 УК РФ "Убийство" и по статье 357 УК РФ "Геноцид".