Strona polska miała więc za sobą wolę większości mieszkańców, przeciwko zaś - dwie największe potęgi średniowiecznej Europy: papiestwo i cesarstwo. Pierwsza z nich, papiestwo, traktowało zakon jako instytucję kościelną, bezpośrednio od siebie zależną. W jego to obronie Rzym rzucił klątwę na uczestników Związku Pruskiego. Związek ten, utworzony przez szlachtę i mieszczaństwo Pomorza Gdańskiego, stawiał sobie za cel wyzwolenie tej ziemi spod jarzma Krzyżaków. Klątwa objęła również wszystkich wspomagających go, a więc także i Kazimierza Jagiellończyka. Ten ostatni nie dopuścił do ogłoszenia bulli papieskiej w Polsce, Rzym z kolei nie uznał zawartego w 1466 roku traktatu. Także i cesarstwo starało się wszelkimi sposobami zapobiec klęsce zakonu. Na szczęście - i na tym m.in. polegała pomyślna
dla Polski konfiguracja międzynarodowa - dwie największe potęgi średniowiecznej Europy nie dysponowały takimi jak dawniej autorytetem moralnym i siłą militarną. Nie darmo epokę tę nazwano jesienią średniowiecza...
Podpisany w roku 1466 w Toruniu traktat nie zlikwidował problemu zagrożenia północnych ziem Polski. Z jednej strony, ustalone w nim granice nie odpowiadały Jagiellonom, w których interesie leżała całkowita likwidacja państwa krzyżackiego nad Wisłą. Z drugiej zaś, jego władcy nieustannie dążyli do odzyskania straconych na mocy traktatu toruńskiego terytoriów. Kilkakrotnie więc wszczynali walki z monarchią Zygmunta I Starego; kolejna z nich toczyła się w latach 1519-1521. Po niej nastąpił tzw. kompromis toruński, zawieszający działania wojenne na lat dziesięć, przedłużony w roku 1531 na następną dekadę. W jej trakcie zmarł wszakże Zygmunt I Stary i wyobraźmy sobie, że wcześniej, jak to faktycznie miało miejsce, nie doprowadził do sekularyzacji państwa krzyżackiego w 1525 roku. Na opustoszałym tronie zasiadł jego młodziutki syn, Zygmunt II August, obwołany także Wielkim Księciem Litewskim. W przeciwieństwie do ojca, będącego zwolennikiem pokojowych rozstrzygnięć, nowy władca wypowiadał się jednoznacznie za ostateczną likwidacją państwa zakonnego. Pragnął w tym celu wykorzystać groźny dla wielkiego mistrza ferment, jaki zaistniał w podległym mu państwie. Wyrażał się on, po pierwsze, w rozruchach społecznych, które miały miejsce zarówno na wsi, jak i w miastach. Wprawdzie powstanie chłopskie w Sambii udało się stłumić stosunkowo łatwo, ale mieszczaństwo nadal ciążyło ku Polsce, gdzie nie dawałby mu się we znaki tak duży jak w Prusach krzyżackich ucisk fiskalny. Znajdowało ono oparcie i zrozumienie w znacznej części rycerstwa, pragnącego uzyskania takich przywilejów, jakie posiadała szlachta polska.
Równie groźne były rosnące wpływy reformacji, której propaganda docierała poprzez Prusy Królewskie na ziemie krzyżackie. Prym wiedli luteranie, prowadzący ją poprzez masowo rozpowszechniane ulotki i broszury, pisane po niemiecku, a więc w zrozumiałym dla większości krzyżackich poddanych języku. Wejście na tę samą drogę poprzez sekularyzację zakonu i przyjęcie nauki Mistrza z Wittenbergi doradzało Albrechtowi jego najbliższe otoczenie. Podobne rozwiązanie, połączone z oddaniem się Polsce w wieczyste lenno, było rozważane również i na dworze Zygmunta II Augusta. Znajdowało ono zwolenników także wśród wyższej hierarchii Kościoła katolickiego. Tak na przykład biskup płocki Andrzej Krzycki przypominał, iż w Rzeczypospolitej z dawien dawna obok zwolenników Rzymu zgodnie ze sobą żyją wyznawcy prawosławia, judaizmu, a nawet islamu. W tej wspólnocie jest miejsce również dla luteranów, gdyby ich wyznanie zapanowało w Prusach krzyżackich.
Albrecht Hohenzollern pozostawał wszakże głuchy na podobne argumenty. Wpływało na to jego przywiązanie do starej wiary której wyznaniowe interesy podległy mu zakon od przeszło trzystu lat reprezentował na tych ziemiach. Zdawał też sobie sprawę z tego, iż przejście z pozycji wielkiego mistrza na tron wielkiego księcia poważnie osłabi jego pozycję i znaczenie. Co ważniejsze, jako kacerz zostanie pozbawiony opieki i protekcji ze strony papiestwa i cesarstwa, a więc potęg konsekwentnie wspierających go w konfliktach z Polską. Dlatego też Albrecht bezlitośnie posyłał na stos luterańskich predykantów, krytykujących Kościół katolicki. Pod topór kata szły też głowy przywódców szlacheckiej opozycji, domagających się przyłączenia do Polski ziem zakonnych. Dwór królewski wielokrotnie interweniował w ich obronie. Na ogół czynił to bezskutecznie; miara królewskiej cierpliwości przebrała się jednak, gdy w Królewcu został ostentacyjnie ścięty Ludwik von Kalkstein. Zaprzyjaźniony z Zygmuntem Augustem dał głowę „za zdradę stanu", przez którą Albrecht Hohenzollern rozumiał chęć zamiany jego panowania na rządy polskiego monarchy.
Tym razem Rzym zareagował wyjątkowo ostro, potępiając w specjalnej bulli wojnę wydaną katolickiemu zakonowi przez państwo z pozoru już tylko katolickie. Dwóm ostatnim Jagiellonom miano za złe tolerowanie w Rzeczypospolitej rozlicznych herezji oraz zgodę na tworzenie w szlacheckich i magnackich dobrach różnowierczych świątyń, szkół i drukarń. Wezwany do stolicy papiestwa prymas Jakub Uchański odmówił przyjazdu, obawiając się, poniekąd słusznie, że zostanie postawiony przed sądem inkwizycji. Pomawiano go zresztą o sympatie dla Kościoła narodowego. Nie był im obcy i sam Zygmunt II August, który już w roku 1556 posłał do Rzymu Stanisława Maciejowskiego. Przekazał on papieżowi Pawłowi IV opinię swego władcy, iż by załagodzić nastroje w Polsce, konieczne jest wprowadzenie komunii pod dwiema postaciami, języka polskiego do nabożeństw, zniesienie celibatu księży oraz zwołanie soboru narodowego. Na żadne z tych żądań papież nie przystał, wyraził tylko żal, że król polski dał się nakłonić do ich wysunięcia.
Tenże sam papież zagroził wręcz Polsce interdyktem (zakazem odprawiania nabożeństw i udzielania sakramentów) w przypadku, gdyby jej wojska nie wycofały się z zajętych już terenów Prus krzyżackich. Zygmunt II August polecił jednak kontynuowanie wojny, która doprowadziła do zajęcia Królewca. Sam wielki mistrz ratował się pośpieszną ucieczką do Niemiec. Na mocy uchwały sejmowej z roku 1567 dawne władztwo zakonne zostało przyłączone do Prus Królewskich, uzyskując dla luteranów takie same gwarancje swobód religijnych, jakie uprzednio przyznano im w Gdańsku, Toruniu czy Elblągu. Co więcej, obie części polskiego parlamentu, a więc zarówno izba poselska jak i senat, obsadzone w większości przez jeśli nie zwolenników, to sympatyków ruchu reformacyjnego, wypowiedziały się za powołaniem w Rzeczypospolitej, Kościoła narodowego. Stało się to na wniosek samego króla, który został obwołany jego głową. Uchwała stanowiła w pełni zrozumiałą reakcję na papieskie groźby i monity, stale biorące w obronę Krzyżaków.
Zygmuntem II Augustem powodowały także pobudki natury osobistej: już od paru bowiem lat zabiegał daremnie w Rzymie o unieważnienie swego małżeństwa z chorą na epilepsję Elżbietą Habsburżanką, z którą zresztą pozostawał w faktycznej separacji. Jeszcze bardziej zniechęciła króla, bezpłodność narzuconej mu małżonki. Marzeniem Zygmunta II Augusta było pozostawienie męskiego potomka, który zająłby po nim tron polski. Rozwód potrzebny był mu, aby poślubić ukochaną Barbarę Radziwiłłównę i zrealizować swe sukcesyjne marzenia.