Równolegle podejmowano misje chrystanizacyjne. Rozpoczął je w roku 1210 Godfryd, opat klasztoru Cystersów w Łeknie. Od roku 1212 inny Cysters, Chrystian, prowadził wiele podróży misyjnych, skłaniając niektóre wspólnoty pruskie do przyjęcia chrztu. Aby wzmocnić swoją pozycję, sprowadził w roku 1228, za zgodą Konrada Mazowieckiego, grupę rycerzy zwaną później braćmi dobrzyńskimi. Jednak, kiedy w roku 1234 Chrystian dostał się do niewoli pruskiej, misja się załamała. Niewielki efekt dała też misja podjęta przez dominikanów z Gdańska, wspierana przez księcia pomorskiego Świętopełka.
Dopiero Krzyżacy w latach 1232-1283 doprowadzili do całkowitego podporządkowania im terenów pruskich i częściowo jaćwieskich. Gdyby Krzyżaków nie było, dzieje Prusów potoczyłyby się inaczej. Nie doszłoby do zmniejszenia liczby ludności autochtonicznej, która bądź została wymordowana w trakcie podboju i późniejszych powstań, bądź uciekła na wschód. Nie byłoby też napływu kolonistów niemieckich.
Możliwe byłyby dwie drogi rozwoju. Plemiona pruskie w XIII wieku mogłyby się połączyć i stworzyć państwo obejmujące Prusy i być może Jaćwież. Sąsiedzi polscy nie byliby w stanie w tym przeszkodzić. Postępuj ące rozdrobnienie Polski piastowskiej i stałe konflikty między książętami czyniły granicę południową i zachodnią bezpieczną. Polska mogłaby jedynie pośredniczyć w chrystianizacji państwa Prusów, do której zapewne by doszło. Jeżeli zaś po zjednoczeniu władcy Polski staraliby się podporządkować te ziemie, możliwe byłoby jedynie narzucenie zależności lennej lub włączenie ich do Królestwa Polskiego jako odrębnego księstwa.
Inną możliwością mogłoby być podporządkowanie ziem pruskich organizującemu się państwu litewskiemu. W pierwszej połowie XIII wieku plemiona litewskie zaczynają się łączyć. Początkowo rządzi federacja pięciu książąt, ale około roku 1238 książę Mendog zjednoczył pod swoim panowaniem dwie głównie ziemie litewskie: Auksztotę i Żmudź, a także podbił Ruś Czarną (Nowogródczyznę). Wprawdzie w roku 1249 musiał walczyć z koalicją zbuntowanych książąt litewskich, wspartą przez księcia halickiego Daniela i arcybiskupa Rygi, ale zdołał opanować sytuację. Aby wzmocnić swoją pozycję, Mendog przyjął chrzest w roku 1251, czym skłonił biskupa do opuszczenia koalicji. Łatwo pokonał Jaćwingów, włączając przejściowo do swojego państwa ich ziemie, a następnie zbuntowaną Żmudź. W roku 1253 uzyskał od papieża koronę królewską, podobnie jak jego przeciwnik Daniel Halicki. Fakt koronacji próbowała wykorzystać strona polska. W Łukowie powstało biskupstwo dla Litwy, a krakowski dominikanin Wit został wyświęcony na biskupa przez arcybiskupa gnieźnieńskiego. Nie miało to zresztą skutków, nowe biskupstwo nie podjęło działalności. W następnych latach Mendog organizował kilka wypraw na Mazowsze, ale granica pozostała bez zmian, chociaż w roku 1262 zginął książę mazowiecki Siemowit, a jego syn dostał się do niewoli.
Litewską ekspansję na zachód jednak uniemożliwiali Krzyżacy. Gdyby ich nie było, Mendog mógłby opanować ziemie pruskie a bliskość języka i kultury ułatwiłaby integrację. W tym wypadku Prusowie nie wyginęliby, ale wtopiliby się w społeczeństwo litewskie, podobnie jak stało się z Jaćwingami. Wprawdzie Mendog został zamordowany wraz z synem w roku 1263 i przez kilka lat trwały na Litwie walki wewnętrzne, ale wkrótce Trojden (1269-1282) ponownie zjednoczył ziemie litewskie. Jego władza mogłaby również rozciągnąć się na Prusy. Inaczej potoczyłyby się też losy plemion łotewskich. Zakon Kawalerów Mieczowych założony w roku 1202 przez arcybiskupa Rygi nie miałby dość sił na skuteczne opanowanie Inflant wobec nacisku sąsiadów. Wystarczy wspomnieć wielką klęskę, jaką w roku 1242 zadał im na Lodowym Polu Aleksander Newski. Bez wsparcia Krzyżaków państwo Kawalerów Mieczowych nie utrzymałoby się, a plemiona łotewskie mogłyby trafić pod panowanie władców Litwy albo związać się z Pskowem lub Nowogrodem Wielkim.
Istnienie państwa krzyżackiego nie wpływało bezpośrednio na proces jednoczenia ziem polskich po rozbiciu dzielnicowym. Krzyżacy prowadzili podbój Prus i przed rokiem 1308 nie występowali przeciwko Polsce. Nie próbowali nawet przeszkodzić przejęciu Pomorza Gdańskiego przez księcia wielkopolskiego Przemysława II po wygaśnięciu rodu książąt pomorskich. Nie brali też udziału w walkach Władysława Łokietka z Wacławem II i nie protestowali przeciwko koronacji tego ostatniego na króla Polski w roku 1300. Można więc sądzić, że bez Krzyżaków proces jednoczenia Polski przebiegałby podobnie.
Inaczej natomiast mogłaby wyglądać sytuacja po śmierci Wacława II (1305) i ostatecznym zakończeniu rządów Przemyślidów tak w Czechach, jak i w Polsce. Nowy władca Czech Jan Luksemburczyk od początku panowania starał się zdobyć koronę polską, a w tych dążeniach naturalne oparcie zyskiwał w zakonie krzyżackim, zainteresowanym utrzymaniem zagarniętego w roku 1309 Pomorza Gdańskiego. W przypadku braku zakonu musiałby szukać sojuszu ze znacznie słabszą Brandenburgią, która w tym okresie nie była zainteresowana sporem z Polską. Świeżo zjednoczona Polska posiadałaby Pomorze Gdańskie, a przede wszystkim nie groziłyby jej wojny z lat 1326-1332. Słabsza pozycja króla czeskiego dawałaby możliwość przynajmniej częściowego odzyskania Śląska, o co zabiegał Kazimierz Wielki.
Następną godną uwagi kwestią jest odpowiedź na pytanie, czy sprawa krzyżacka była główną przyczyną unii polsko-litewskiej w 1385 roku i czy bez niej do unii mogłoby dojść. W czasach Władysława Łokietka i Kazimierza Wielkiego stosunki z Litwą były na ogół poprawne. Doszło nawet w roku 1325 do sojuszu, przypieczętowanego małżeństwem królewicza Kazimierza z Aldoną Anną Giedyminówną. Giedymin deklarował też zamiar przyjęcia chrztu. Dalszy przebieg wypadków wskazuje jednak, że współpraca militarna przeciwko Krzyżakom była bardzo słaba. Dla obydwu państw ważniejsza była ekspansja na południowy wschód, na dawne ziemie Rusi Kijowskiej, a zwłaszcza bezpośrednia rywalizacja o ziemie Rusi Halickiej, Podola i Wołynia. Dyplomacja polska zainteresowana była także włączeniem Litwy do polskiej prowincji kościelnej. W tej sprawie Kazimierz Wielki złożył w roku 1357 suplikę do papieża.
Objęcie tronu polskiego przez Jadwigę Andegaweńską w roku 1384 wydobyło na światło dzienne kwestię znalezienia właściwego małżonka dla młodej królowej. Zaplanowane wcześniej małżeństwo z Wilhelmem Habsburgiem spotkało się w Polsce ze sprzeciwem, obawiano się uzależnienia od polityki austriackiej. Jedno z działających stronnictw forsowało kandydaturę księcia mazowieckiego, aby pozostawić tron w ręku dynastii zwanej przez Długosza „naturalnymi panami Polski". Większość jednak uznała za korzystniejszą unię personalną przez małżeństwo z władcą innego kraju.
Z perspektywy litewskiej objęcie tronu polskiego przez Wielkiego Księcia Jagiełłę oznaczało uregulowanie spornych interesów na Rusi i ogromny wzrost znaczenia rodu Giedyminowiczów i jego samego. Dla Polski też było to dostatecznie atrakcyjne, niezależnie od tego, czy dynastia litewska byłaby wcześniej ochrzczona, czy stałoby się to dopiero w momencie małżeństwa. Te okoliczności pozwalają przypuszczać, że niezależnie od istnienia państwa krzyżackiego doszłoby w roku 1385 do unii. Pozostaje jednak pytanie, czy ten związek byłby trwały. Akt krewski nie był w istocie umową międzypaństwową. Był to jednostronny dokument Jagiełły, skierowany do Elżbiety, wdowy po Ludwiku Węgierskim, zawierający prośbę 0 rękę Jadwigi w zamian na szereg zobowiązań, wśród nich przyłączenie swego państwa do Królestwa Polskiego. Odpowiedzią strony polskiej był dokument wyboru Jagiełły na tron polski. Wieloznaczność terminu łacińskiego „applicare" użytego w dokumencie Jagiełły doprowadziła wkrótce do sporu, jaki w istocie ma być charakter tego związku. W szczególności dokument nie regulował w ogóle sprawy następstwa tronu w Polsce. Po śmierci Jadwigi w roku 1399 podniosły się nawet głosy, że tym samym wygasają prawa Jagiełły do tronu polskiego. Zawarta zaś w roku 1413 unia w Horodle była w istocie związkiem dwóch odrębnych państw, połączonych osobą monarchy, ale prowadzących odrębną politykę, również zagraniczną. Warto przypomnieć, że wspólne wojny z Krzyżakami toczyły się tylko za panowania Jagiełły (1409-1411,1414,1422). Następne (1454-1466 1 1519-1521) rozgrywane były bez udziału Litwy, tak jak strona polska nie brała udziału w wojnach Litwy z Księstwem Moskiewskim i Tatarami. Związek Polski z Litwą mógł więc istnieć bez zagrożenia krzyżackiego, najlepszy dowód, że przetrwał likwidację zakonu w Prusach w 1525 roku.