В полемических схватках проходил 1829 год. Но впереди была приятная перспектива: осенью Гегель решил предпринять новое каникулярное путешествие. Как обычно, заблаговременно он подал прошение о вспомоществовании, не преминув опять напомнить Альтенштейну о невыполненных обещаниях относительно повышения оклада. Речь шла об Академии наук, которая упорно не желала открывать свои двери перед Гегелем. Академия, хотя и существовала на государственные деньги, все же сохраняла относительную независимость. Здесь не было, как в университете, государственного надзирателя, не было даже президента, ответственного перед правительством. Она управлялась по очереди секретарями отделений. Шлейермахер и Александр Гумбольдт играли решающую роль. Альтенштейн в течение одиннадцати лет настойчиво добивался избрания Гегеля. Академики его выслушивали, но решали по-своему. Последний раз вопрос рассматривался летом 1830 году. К этому времени Гегель уже помирился с Шлейермахером, и богослов настаивал на принятии философа в число членов академии. Но теперь на пленарном заседании воспротивились физики и математики. Их слово оказалось решающим, Гегелю было не суждено занять место в Прусской академии наук.
Альтенштейну ничего не оставалось, как в утешение компенсировать Гегелю путевые расходы, когда философ напоминал министру о несбывшихся надеждах. Так было и на этот раз. В конце августа 1829 года Гегель отправился в Прагу, провел там несколько дней, затем поехал в Карлсбад. Чешский курорт уже тогда пользовался мировой славой. Гегель не страдал каким-либо недугом, требующим в Карлсбаде специального лечения. Любопытства ради он пил, правда, целебную воду, но ванн .не принимал. Приятным сюрпризом была встреча с Шеллингом. Узнав, что друг его юности находится в Карлсбаде, Гегель отправился его разыскивать и застал во время процедуры в ванна. Они сердечно обнялись и не расставались в течение пятидней, пока Гегель но уехал. Вместе обедали, вместе лазали по горам, окружающим город, говорили о политике, о чем угодно, но только не о философии. На обратном пути Гегель заехал в Веймар. Это была последняя встреча с Гёте.
В октябре Гегеля выбрали ректором университета. Ректор избирался из числа профессоров сроком на один год. Одновременно правительство в соответствии с карлсбадскими постановлениями назначало для контроля своего уполномоченного. Гегель впервые совмещал в одном лице обе должности. Это свидетельствовало о высоком доверии, которым он пользовался не только у Альтеншьейна, но также и у органов безопасности Прусского государства.
18 октября Гегель произносит традиционную латинскую речь ректора, вступающего в должность. Тема выступления — академическая свобода. Университет, говорил он, обращаясь к профессорам и студентам, —. живое зеркало вселенной. Это сообщество, своего рода государство, где свобода и закон слились воедино. Наши законы мы выработали сами, они являются законами дела, которому мы служим. Академическая свобода учения è обучения, развертывания всех ценностей жизни представляет собой образец и источник всех других свобод. Она далека как от слепого подчинения авторитету, так и от необоснованного релятивизма мнений и поступков. Университет покоится на прочной основе истины, которая и яляется его конечной целью, он соединяет в себе теорию и практику, религиозное и светское, всеобщее и индивидуальное начало в человеке.
В качестве ректора Гегелю пришлось произвести речь на латинском языке и 25 июня 1830 года, в день трехсотлетия кульминационного пункта Реформации, передаче лютеранами императору в Аугсбурге принципов новой веры. На этот раз Гегель говорил о религиозной свободе, которую завоевал протестантизм, преодолевший в отношениях между человеком и богом пропасть, вырытую католической церковью. На пороге своего шестидесятилетия Гегель еще раз воздал хвалу лютеранству как высшей ступени развития религиозного сознания.
К юбилею ученики Гегеля заказали памятную медаль. На лицевой стороне был выбит профиль философа, на оборотной — символическое изображение: в центре гений; справа от него женская фигура с крестом, олицетворяющая веру; слева — ученый, склонившийся над книгой, а над ними сова — олицетворение мудрости.