Большинству населения было свойственно двойное самосознание — принадлежность к своей республике (национальности) и к СССР как к «большой родине» (за исключением, пожалуй, собственно русских, что имело впоследствии большое значение). Антирусский (он же антисоветский, если так можно выразиться) бытовой национализм тлел лишь в республиках Прибалтики, но он никак не мог считаться чем-то таким, что могло препятствовать Центру в осуществлении каких-либо планов.
Горбачев же своей политикой спровоцировал кровавый водоворот, погубивший десятки тысяч жизней, сделавший миллионы людей беженцами и лишивший в конце концов его самого власти. Первый кризис возник буквально на пустом месте, в тишайшем Казахстане, где титульное население после освоения целины составляло меньшинство. Желая избавиться от первого секретаря ЦК Компартии Казахской ССР Динмухамеда Кунаева, которого он считал брежневским прихвостнем, Горбачев в декабре 1986 года направил на эту должность русского Геннадия Васильевича Колбина, прежде первого секретаря Ульяновского обкома. Мирные, в городах в массе своей обрусевшие казахи не выдержали такого унижения (в союзных республиках первые секретари традиционно принадлежали к титульной нации), и на улицы Алма-Аты с протестом вышли студенты. Демонстрацию разогнали, тысячи людей были задержаны. События в Алма-Ате, подобно Чернобылю, стали предвестием грядущих потрясений.
Стоит заметить, что даже там, где до публичных выступлений дело не доходило, недовольство из-за грубых действий Кремля исподтишка накапливалось. Так, в перестройку получило широкую огласку так называемое «Узбекское дело» — о всеохватывающей коррупции в этой среднеазиатской республике. Но в самом Узбекистане его воспринимали именно как антиузбекскую кампанию, направленную против национальных традиций и чувств народа.
Кремль еще при Андропове попытался раскручивать дела о коррупции, связанные с предыдущим руководством. Был арестован зять Брежнева — Юрий Михайлович Чурбанов, являвшийся первым заместителем министра внутренних дел Николая Анисимовича Щелокова, которого, в свою очередь, сняли с работы и исключили из партии, доведя до самоубийства.
На узбекском деле «поднялись» честолюбивые следователи Генпрокуратуры Тельман Хоренович Гдлян и Николай Вениаминович Иванов. Сперва официальные СМИ всячески расхваливали их работу, но затем, когда они стали фабриковать дела, их отстранили от расследования, Гдлян и Иванов обратились за поддержкой в прессу, пошли в политику и стали на время настоящими народными героями, в защиту которых проходили демонстрации. Их избрали народными депутатами, считая, что честным следователям не дает работать коррумпированная верхушка. Они же, в свою очередь, распространяли информацию о взяточничестве высших чинов государства, в том числе Егора Лигачева. Все это негативно отражалось на и так уже донельзя испорченном имидже перестроечной власти.
Настоящим «политическим Чернобылем» стал карабахский конфликт, разразившийся в феврале 1988 года и ставший возможным только потому, что националисты почувствовали, что при Горбачеве смогут безнаказанно проповедовать сепаратистские идеи и собирать под свои знамена народ. Конфликт быстро перерос в настоящую войну с кровавыми погромами, изгнанием сотен тысяч людей по национальному признаку. Однако Горбачев не предпринимал никаких решительных мер по пресечению хаоса и убийств. Более всего генеральный секретарь переживал за свой имидж миротворца. Запоздалые же шаги с привлечением армии, как в Баку в январе 1990 года или как в самом Карабахе в 1991-м в рамках операции «Кольцо», не приносили результата, зато дискредитировали и центральную власть и Горбачева лично.
Несмотря на негативный опыт Карабаха, показавший, к чему приводит в незрелом политически обществе, неспособном к самоограничению, свободное обсуждение радикальных идей и политическая активность (то, что не допустил Дэн Сяопин в Китае в 1989-м, разогнав митингующих на площади Тяньаньмэнь, спасши, таким образом, страну от страшных потрясений), Горбачев решил идти на резкие политические реформы, ибо его страх перед аппаратом был сильнее иных опасений. Он считал, что таким образом сможет создать широкое движение своих сторонников в поддержку перестройки, которую, де, партработники саботируют.