В апреле 1962 года в Восточном Берлине состоялась еще одна пресс-конференция, на которой выступил очередной перебежчик из «Организации» Гелена, Осип Верхун, бывший офицер «ягдкоммандо» — диверсионного подразделения Скорцени, который во время войны работал вместе с Геленом, а затем стал одним из ответственных сотрудников «Организации». Он также обвинял Гелена, повторяя, что Сташинский является «подсадной уткой» Пуллаха, однако не привел никаких весомых доказательств.
Процесс над Сташинским начался 8 октября 1962 года. Подсудимый повторил признание в двух убийствах и рассказал о своей продолжительной службе в КГБ. Приговор ему был на удивление мягким — восемь лет, из которых вычли пятнадцать месяцев содержания под стражей в ходе предварительного следствия. Пошли слухи, что в этом деле на бочку выложили не все карты. 24 сентября 1962 года закончилось рассмотрение дела одного из сообщников Фельфе, бывшего государственного прокурора доктора Петера Фурмана. Процесс проходил почти полностью за закрытыми дверями. Фурману дали дееять лет. Суд учел шантаж, которому он подвергся, как смягчающее обстоятельство.
Однако расследование дела Фельфе продвигалось очень медленно. Наконец после нескольких отсрочек, когда со времени арестов прошло уж полтора года, Фельфе, Клеменс и Тибель предстали перед судом. Это случилось 8 июля 1963 года. Сразу же после того, как зачитали обвинение, суд объявил процесс закрытым. Представителей СМИ и общественности допустили в зал заседаний лишь три дня спустя. В качестве свидетелей обвинения перед судом представали один за другим чиновники из Пуллаха с постными физиономиями, но Гелена среди них не было. Во время перекрестного допроса на открытых заседаниях Фельфе отвечал односложно, но не отрицал факта своей измены. Он сказал, что руководствовался идеологическими мотивами. Фельфе якобы пришел к заключению, что союз Гелена с американским ЦРУ «не соответствует интересам германского народа» и что политика'Аденауэра препятствовала объединению Германии.
Когда Фельфе спросили о его предыдущей работе на британскую разведку, то есть о том, как это он умудрился, несмотря на службу в СС и РСХА, пройти денацификацию и получить категорию «непричастен», он ответил, что это было сделано по требованию офицеров британской разведки. Реакцией председателя суда в этот момент было: «Доннерветгер!» — «черт возьми». Показания Клеменса внесли некоторое оживление в строгую атмосферу судебного заседания. Он сказал, что его интересовали только деньги. Когда судья упомянул о его прошлом «Ужаса Пишена» и «Тигра Комо», Клеменс с широкой ухмылкой ответил: «Да, я никогда не был размазней». Он сказал, что в Пуллахе ему платили только восемьсот марок в месяц, а русские — в четыре раза больше, «плюс приличные командировочные». Повествуя о своих встречах с сотрудниками КГБ, он заявил, что это были по-настоящему щедрые ребята и что «шампанское лилось рекой». Фельфе, имевший чин правительственного советника, получал в БНД 1680 марок в месяц. Он признал, что русские платили немалые деньги, что и позволило ему приобрести загородный дом.
Прокурор описал обвиняемых как «самых опасных и бессовестных предателей, которые когда-либо сидели на скамье подсудимых немецкого суда», и добавил, что они выдали «очень много агентов и едва не уничтожили всю систему германской разведки». Он попросил суд наказать их так, чтобы другим неповадно было. Однако суд приговорил обвиняемых к срокам более коротким, нежели те, которые требовало для них обвинение. Фельфе получил четырнадцать лет, Клеменс — десять, Тибель отделался тремя годами, причем ему зачли восемнадцать месяцев до предварительного заключения.
Этот процесс вызвал политический фурор в ФРГ, хотя гласности была предана лишь очень небольшая часть деятельности Фельфе. В прессе появились яростные нападки на Гелена. Ведущие газеты, такие как «Зюд-дойче цайтунг», «Франкфуртер рундшау» и «Ди цайт», задавали вопрос: как получилось, что бывшие гестаповцы смогли пробраться на высокие посты в БНД — и требовали отставки Гелена. Поднялся шум и в бундестаге, где представители оппозиции выступили с аналогичным требованием. Гелен переживал тревожное время, и однажды наступил момент, когда его отставка казалась неминуемой. Однако на спасение к нему поспешил прийти его старый друг доктор Глобке. Ведомство федерального канцлера выступило с заявлением, в котором говорилось, что «лишь один процент сотрудников БНД ранее служил СД при гитлеровском режиме, причем все они были незаменимыми специалистами, и никто из них не занимал руководящих должностей» — все это было наглым рраньем. Ранее Аденауэр попытался задобрить бундестаг и общественное мнение созданием по подобию Совета Национальной Безопасности США Федерального совета безопасности, возглавляемого видным христианским демократом доктором Генрихом Кроне, бывшим узником нацистского режима. Кроне в ранге министра должен был контролировать деятельность БНД и других спецслужб и инициировать реформы.