Как глава собственной «Организации», действовавшей под эгидой ЦРУ, Гелен оказался в куда более выгодном для себя положении. Поначалу американская армейская разведка G-2, а затем ЦРУ и тот же Даллес, с большим вниманием относились к полученной от него информации. Правда, при всей благодарности за деятельность Гелена, их ужасно раздражали его жалобы на недостаточную секретность. Более того, эта навязчивая идея секретности не раз приводила к серьезным разногласиям между ним и американцами. Гелен придерживался мнения — кстати, вполне обоснованного, — будто американцы в первые годы их сотрудничества слишком беззаботно обращались с секретными материалами. Из штаб-квартиры ЦРУ неоднократно случались катастрофические утечки информации, а в ряде случаев на ведущие посты в американской армии удалось проникнуть советским и восточногерманским агентам, которые получали доступ к самым сверхсекретным документам, в том числе донесениям самого Гелена. Последнего это возмущало до глубины души — среди его коллег в Пуллахе ходила презрительная шутка Гелена об американцах: «В американской разведке «секретное» — значит «известно всем», «сверхсекретное» — «только для сведения противника». По мере того как ЦРУ набиралось опыта, а военная разведка Германии начинала лучше разбираться в советских методах шпионажа, положение с секретностью значительно улучшилось, и у Гелена почти не осталось поводов для подобных язвительных комментариев.
Во вверенном ему ведомстве Гелен сумел создать и поддерживать на протяжении многих лет воистину поразительную секретность. Штаб-квартира в Пуллахе, под Мюнхеном, работала под вывеской представительства промышленной компании, а различные отделения, такие как шпионские школы и центры подготовки кадров, действовали как филиалы и мастерские фирмы. Всю свою жизнь Гелен намеренно создавал вокруг себя завесу секретности, скрывающую от посторонних глаз как его профессиональную деятельность, так и личную жизнь.
Газетчикам так и не удалось проникнуть за стены его ведомства, ни одного раза в жизни Гелен не дал интервью. Когда где-то в 1950 году в американской и немецкой прессе начали появляться истории о «секретной шпионской» организации Германии под крылышком у американцев, разузнать что-либо значительное о ее главе так никому и не удалось. Даже самые упорные из репортеров не смогли выведать, где он живет, имеет ли семью, детей. Те немногие фотографии, которые все-таки увидели свет, изображают его молодым офицером с майорскими (военных лет) нашивками. В немецкой прессе его называли не иначе, как «Человек в тени» («Ди вельт»), «Человек тысячи тайн» («Ди цайт»), «Теневой генерал» («Вестдойче цайтунг»), а одна штутгартская газета охарактеризовала его так: «Никому не известный глава шпионского ведомства». Даже такое сведущее издание, как журнал «Тайм» было вынуждено признать, что «Гелен неизменно находится в тени». Цюрихская «Вельтвохе» назвала его «Человеком без лица». За двадцать один год своей-работы в Пуллахе Гелен лишь раз побывал за границей: по приглашению Даллеса после долгих уговоров он согласился-таки нанести краткий визит в США с целью инспекции «шпионской школы» ЦРУ в Монтерей, штат Калифорния. Возможно; он стал единственной особо важной персоной, на чей след так и: не сумели выйти американские Газетчики.
Для человека; едва ли не помешанного на идее тотальной секретности, в 1961 году поистине ударом ниже пояса, от которого он так и не смог оправиться, явилось известие о том, что в его штаб-квартире в Пуллахе, в этой Святая святых, действовал предатель. Человек, которому он всецело доверял, которого поставил во главе отдела контрразведки, был разоблачен как советский агент. Гелену тогда было под шестьдесят, и сорок лет службы сказывались на его здоровье. Тем не менее он отказался уходить в отставку и проработал еще семь лет.