Влияние науки на характер обсуждения усилилось в связи с тем, что к обсуждению присоединились врачи, интересовавшиеся сексуальностью и гендером и созданием околомедицинской специальности, которую впоследствии стали называть сексологией. Медицинские и медико-правовые истории послужили первоначальной основой исследования форм человеческой сексуальности как природного явления. Первый достославный образец такого исследования – книга Р. Крафт-Эбинга «Половая психопатия» (первое издание вышло в 1886 году, за ним последовало бесконечное число расширенных и дополненных изданий). Автор книги с внушающим ужас смакованием каталогизирует множество «извращенных» форм поведения, начиная с трансвестизма и гомоэротизма и заканчивая поеданием фекалий и любовью к пассивному бичеванию. Антропологию разнообразия половой жизни с гораздо большей приязнью изложил Хейвлок Эллис, который в 1897 году опубликовал книгу «Половые извращения» – первый том «Исследований психологии секса». Но центральной фигурой в этом движении мысли был, безусловно, Зигмунд Фрейд.
В частности, в своей работе «Три очерка по теории сексуальности» Фрейд развил аргументацию, которая разрушила представление о природных и раз и навсегда данных свойствах полов. Благодаря тому, что он подчеркнул «бисексуальность» человеческих эмоций и важность конфликта в эмоциональной жизни, рассмотрение характера полов как завершенной модели стало затруднительным. Более того, в своем анализе эдипова комплекса он показал, как модели эмоциональных проявлений во взрослом состоянии могут быть поняты через конфликты развития и как различные ситуации в детстве могли повернуть и перестроить каждый аспект эмоциональной жизни.
Значение Фрейда в истории идей связано не столько с популяризацией темы пола (этим занимались и многие другие исследователи), сколько с разработкой метода исследования самого «психоанализа», который породил массу новой информации об эмоциональной жизни и развитии человека и привел к пониманию того, что в качестве единицы анализа важнее история жизни, а не вид, тело или синдром. Психоаналитическая история жизни привлекла пристальное внимание к деталям взаимоотношений людей, конфигурации семей, короче говоря – к социальному контексту эмоционального становления человека. Таким образом, психоанализ предложил сложные и подробные объяснения фемининности и маскулинности как психологических форм, порожденных социальными процессами. По иронии судьбы, подобный результат не входил в намерения Фрейда: он надеялся, что сможет дать психологии биологическое объяснение, но логика его методов с неизбежностью привела к объяснению социальному.
Одним из средств объяснения гомосексуального влечения у Фрейда было понятие бисексуальности. Проблема гомосексуальности была камнем преткновения для объяснений гендера, основанных исключительно на биологии или на взаимном притяжении противоположностей. И эта проблема становилась все более острой, так как в конце XIX века социальное определение гомосексуалистов заключало в себе понимание их как особой группы. Отчасти это было обусловлено новыми формами криминализации (одной из ее первых жертв стал Оскар Уайльд), отчасти – медицинскими определениями гомосексуального поведения как патологии, и отчасти – политической и культурной реакцией на эти медицинские и правовые определения со стороны самих гомосексуалов. Карл Ульрихс в 1860 – 1970-х годах, Магнус Хиршфельд (еще более знаменитый исследователь) в 1890-х, а далее и другие авторы занимались научной сексологией и в то же время участвовали в движении за либерализацию общественного мнения и законодательства, связанного с гомосексуальностью. Прекрасным примером сочетания двух этих видов деятельности служит созданный Хиршфельдом Научно-гуманитарный комитет. Усилия многих людей привели к разработке натуралистической теории гомосексуальности, к идее «третьего пола». Полученный результат расходится с направлением, заданным Фрейдом, и эту теорию, поскольку она исходит из физиологических оснований гомосексуального выбора, в настоящее время можно считать опровергнутой. С политической точки зрения эта теория послужила защитной реакцией на обвинение гомосексуалов в безнравственности. Тем не менее еще в начале ХХ века она была единственным объяснением устойчивости гомосексуального желания на протяжении жизни. В этом смысле она укрепляла позиции тех, кто подвергал сомнению безусловность дихотомичного деления людей на две половые категории.