Но, вопреки надеждам и расчетам, «11-го японцы сами начали наступление на противоположном фланге. Решительный, смелый и искусный полководец, сдерживая здесь возможно малыми силами неприятеля, собрал бы грозное количество войск и атаковал бы там, где он приготовился». Из состава 3-й армии постоянно выделялись полки и батальоны для подкрепления 1-й и 2-й армий, создавались отдельные отряды для отражения японских охватов. Это бесконечное формирование отдельных отрядов, «сборных» и разрозненных по своему составу, беспорядочное введение их в бой, вместо нанесения сосредоточенных фронтальных ударов, являлось, по мнению Михаила Васильевича, одной из главных причин неудачного исхода Мукденской «битвы». Не лучшим было положение и в соседней, 2-й армии. «По куропаткинскому обычаю, она деспотически расколота на две части равные, разметена, разбросана. Везде — растопыренные пальцы, нигде нет кулака, которым можно бить, вспоминая выражение Драгомирова».
В своих письмах он неоднократно отмечал эти тактические ошибки, это «лоскутное одеяло», делаемое в условиях «забвения всех основных правил и законов организации». «Пройдет еще месяц, — с горечью писал генерал, — прежде чем мы восстановим наши растерянные полки и батальоны… И ведь все эти лоскутки шли на то, чтобы затыкать дыры, прорехи». Главком «не имел понятия о нанесении ударов. Он почитал возможным лишь парировать удар равносильного, а то и более слабого противника… Во все время войны все сводилось к неудачному воскрешению Куропаткиным старинного, другими забытого и, казалось, давно погребенного способа — вытягивания всего в нитку».
Вместо этого требовалась тактика сосредоточения «ударных сил», обязательное выделение резерва, способного отражать, при необходимости, фланговые охваты японцев. «Раз мы не знаем, куда неприятель хочет идти, — писал Алексеев, — мы должны на важнейших пунктах и направлениях иметь сильные авангарды, а остальные войска держать сосредоточенно. Позиций можно готовить много, но заранее не располагать на них войск до рот включительно». Эти отмеченные еще при Мукдене приемы ведения боевых действий будут позднее использованы Алексеевым при составлении военно-стратегических планов накануне Второй Отечественной войны.
Сражение завершилось отступлением русских войск. Штабная работа была напряженной и требовала постоянных контактов с действующими войсками, поэтому Алексеев периодически отправлялся на позиции контролировать боевое состояние обороняющихся частей. Связь между многочисленными отрядами и отдельными подразделениями постоянно нарушалась, и единое командование было чрезвычайно затруднено. Во время решающих атак японской армии на русские позиции, 23—24 февраля, Алексеев и его помощники оказались на передовой «линии огня», и генералу пришлось лично командовать воинскими подразделениями. Под угрозой фланговых обходов части 3-й армии вынуждены были отойти с занимаемых рубежей.
В генеральской переписке отразилось примечательное описание положения, в котором оказались отступающие русские войска. «В четыре часа утра 25 февраля, — вспоминал Алексеев, — я заехал… к северным воротам Мукдена. Море — море! — повозок выливалось потоками с разных боковых дорог. Беспорядочно, в несколько рядов, все это тянулось к северу и тянулось до десяти часов утра. Только в одиннадцать часов могли тронуться наши ничтожные но силе войска 3-й армии. Но в это время горами между отдельными колоннами, успели уже протиснуться небольшие части японцев и начали артиллерийским огнем обстреливать густые массы обоза. Понятно, что произошло в этой недисциплинированной толпе. Все наши батальоны ушли в заслоны, но японцы продвигались к северу и продолжали огонь по обозам.
Уничтожение наших складов собственными руками повело к тому, что спирт попал в солдатские руки, и половина солдат оказалась пьяной. Результат оказался плачевным. Расплывшаяся на широком фронте, эта сволочь повалила назад, уже вполне беспорядочной толпою. Ни увещевания, ни шашки, ни угроза револьвером не могли сдержать мерзавцев, потянувшихся в узкое пространство, еще не замкнутое неприятелем. Бегство обозов, стихийное отступление в одиночку полков представляло картину глубоко возмутительную. Поле усеяно было брошенными повозками, любители наживы бросали ружья и занимались грабежом, и, в общем, каждая каналья искала спасения. Офицеров вообще мало, а в эти минуты и наличные куда-то исчезли, попрятались. Инертные, непредприимчивые, утратившие уже лучших своих представителей, они предпочли последовать примеру своих подчиненных.