Продолжением событий, разыгравшихся в январе в наших больших городах, явилось убийство Великого князя Сергея. Возмутительно, но событие уже не поражает. Нужна крепкая рука, нужны умение и знающие сотрудники, чтобы вывести Россию из тех тенет, которыми она себя, при добром содействии друзей, опутала. Все это тяжело…» В то же время игнорировать уже свершившиеся события нельзя. И Алексеев признавал, что при насущной потребности в сильной государственной власти нельзя управлять прежними — сугубо административными — методами, подавляя инициативу и новаторство там, где это требуется.
С 27 сентября 1906 г. Михаил Васильевич принял должность 1-го обер-квартирмейстера в переформированном Главном управлении Генерального штаба (ГУГШ). Теперь в его ведении находились проблемы, связанные с разработкой общего плана будущей войны в Европе. В организационном отношении нужно было бы, в частности, предоставить больше самостоятельности Генеральному штабу, вывести его из военно-административного подчинения Главного штаба и усилить роль Гешнтаба в выработке стратегии будущей войны. Важно было не просто осмыслить боевой опыт Русско-японской войны, но и провести насущно необходимые преобразования во всех областях военного дела. Очевидно, что это не могло не быть связанным также и со значительными переменами во всех областях военной, политической, экономической жизни тогдашней Империи.
По воспоминаниям работавшего с Алексеевым в то время в ГУГШ 2-го обер-квартирмейстера (разрабатывался план развертывания сил на Западном фронте — от границ со Швецией до Румынии), его сослуживца еще по Казанскому полку, генерал-майора В.Е. Борисова, «Алексеев, состоявший до этого назначения Начальником оперативного отделения Главного штаба, а во время Русско-японской войны — генерал-квартирмейстером штаба 3-й армии, знал ход всего стратегического делопроизводства и историю всех стратегических, организационных и военно-административных начинаний». Богатый опыт штабной работы на самых различных должностях, знания по истории военного управления, полученные во время проведения курсов истории военного искусства, — все это содействовало Алексееву в разработке и обосновании его проектов эффективной перестройки системы командования войсками.
Не оставались забытыми и «полевые выходы». На время лагерных сборов под Красным Селом (со 2 мая по 4 сентября 1907 г.) Алексеев принял командование над 1-й бригадой 22-й пехотной дивизии (85-й пехотный Выборгский Императора Германского Вильгельма II полк, 86-й пехотный Вильманстрандский полк, 87-й пехотный Нейшлотский полк и 88-й пехотный Петровский полк). 13 июля 1907 г. бригада была поднята по тревоге и прошла Высочайший смотр. В последующие дни бригада выполняла различные вводные задания, но, по собственному признанию Алексеева, далеко не самым лучшим образом. Мешали проливные дожди летнего петербургского сезона. Кульминацией стали маневры 31 июля. Как описывал их Михаил Васильевич, «нам выпала незавидная доля. 22-я дивизия маневрировала против кавалерийского корпуса, начальство над которым принял не кто иной, как сам (Великий князь) Николай Николаевич. За это на разборе вечером того же дня, после Царского обеда, и досталось же нам! Секли все, кто только мог, изрекая такие замечания, которые в наших трактатах не найдешь… А в общем ушел я с этого разбора с каким-то дрянненьким осадком и, вернувшись домой около 12 часов ночи, отказался даже от чая и улегся спать для восстановления равновесия в настроений». В начале августа маневры закончились. «Маневренный сезон приходит к концу, — писал Алексеев, — и, с Божией помощью, благополучному в смысле здоровья, ну а в отношении оценки — дело их, то есть здешнего высокого начальства».
1907 год стал не только последним годом первой русской революции. В 1907 г. Россия вступала в эпоху реформ, связанных с именем П.А. Столыпина, в период серьезных перемен во всех сферах государственной и общественной жизни. В ГУГШ Алексеев выступал с предложениями реформ военного аппарата. Не случайно он, а также новый начальник Академии Генерального штаба генерал от инфантерии Ф.Ф. Палицын, считались несомненными авторитетами среди участников кружка молодых генштабистов, иронично называвшихся в среде петербургской политической элиты «младотурками» (по аналогии с деятелями революционно-демократических перемен в Османской империи). В эту группу входили вернувшиеся с фронтов Русско-японской войны будущие известные лидеры Белого движения, соратники Алексеева — полковник Л.Г. Корнилов (бывший ученик Алексеева в Академии Генштаба), капитаны С.Л. Марков, И.П. Романовский, А.А. Свечин. Талантливая молодежь проявляла завидную активность: «Писались доклады, читались сообщения, устраивались взаимные собеседования; образовался тесный кружок людей, задавшихся целью привить армии новые тактические идеи, усилить в техническом отношении, создать из нее настоящее боевое оружие». Были установлены контакты с членами 3-й Государственной думы, в частности с А.И. Гучковым, пользуясь поддержкой которого надеялись на успешное прохождение через новообразованный российский «парламент» разрабатываемых Генштабом законопроектов.