В таких условиях любая болезнь, даже незначительное на первый взгляд недомогание, могли стать роковыми. В начале сентября случилась легкая простуда, которая, хотя и прошла довольно быстро, повлияла на обострение старых воспалений. Несмотря на это, Алексеев не собирался «уходить от дел», от решения острых политических вопросов.
Помимо разработки стратегических планов о направлении будущих операций и обсуждения моделей оптимальной организации гражданской власти, неожиданно возникла проблема, связанная с обострением отношений с Грузинской республикой. Ее правительство заявило о своем суверенитете и согласилось на ввод в Грузию немецких войск. Части Добровольческой армии, преследуя отступавших вдоль берега Черного моря красногвардейцев, вступили в Туапсе, где столкнулись с подразделениями Народной гвардии Грузии под командованием генерала Мазниева, под предлогом «освобождения Абхазии от большевиков» занявших значительную часть побережья. Возник т.н. «грузинский фронт», противостояние на котором для немногочисленной Добрармии, разворачивавшейся для наступления на Северный Кавказ и в Поволжье, было нежелательным.
Положение осложнялось тем, что Кубанская краевая рада еще в начале 1918 г. направила приветствие Закавказскому сейму, заявив о готовности к самому тесному сотрудничеству на основе признания суверенитета республик Кавказа. Взвесив все «за» и «против», Алексеев пришел к выводу о необходимости переговоров с представителями Грузии. Настаивать на военном способе возрождения Единой России генерал в данном случае считал преждевременным.
В августе 1918 г. Алексеев в письме к генералу Мазниеву отмечал: «Судьба поставила нас не только в близкое боевое соприкосновение, но сделала нас союзниками, борющимися пока за одно и то же дело и действующими в одном и том же направлении… убежден, что этот союз примет длительный и более широкий характер». Позицию Верховного руководителя Добровольческой армии вообще отличала подчеркнутая лояльность к Грузии, хотя новая республика и не собиралась уступать занятых земель.
В Екатеринодар для переговоров с представителями Кубани и Добрармии выехали Мазниев и заместитель председателя правительства Грузии Е.П. Гегечкори. 12 сентября состоялись Переговоры, ставшие последними в военно-политической биографии Михаила Васильевича. По воспоминаниям Шульгина, присутствовавшего на их открытии, генерал «был болен». «Стол был придвинут к кушетке, на которой он опирался на подушку. Но все же председательствовал. Голос его, уже более разбитый, чем скрипучий, звучал слабо. В сущности, он умирал. Мы этого еще не понимали, но скоро узнали. Он умирал на своем посту…»
Переговоры начались с предельно корректной фразы генерала: «Разрешите от имени Добровольческой Армии (помимо Алексеева и Шульгина се представляли генералы Деникин, Драгомиров и Романовский. — В.Ц.) и Кубанского правительства (его представлял глава краевого кабинета министров Л.Л. Быч. — В.Ц.) приветствовать представителей дружественной самостоятельной Грузии. Предстоящие переговоры, я надеюсь, приведут к удовлетворительным результатам. С нашей стороны никаких стремлений ограничить самостоятельность Грузии нет; я должен ожидать равноценного отношения Грузии к нам».
Во вполне «союзническом» духе начал доклад и Гегечкори, заявивший, что «борьба с большевиками — это вопрос нашей жизни и смерти». Но как только речь зашла о территориальных вопросах, грузинская делегация заявила о своем долге перед местным населением, «добровольно» пожелавшим войти в состав «демократической Грузии». Протесты руководства Добрармии в отношении Абхазии игнорировались. Переговоры продолжались уже в более резком тоне. Но «взорвала» Алексеева крайне вызывающая оценка Гегечкори Добровольческой армии,- которую он подчеркнуто назвал не выразительницей «всероссийской власти», а всего лишь «частной организацией», имеющей не больше прав, чем суверенная Грузия, в решении судьбы «спорных» территорий бывшей Российской империи. У генерала, крайне остро реагировавшего на любые попытки «умаления» роли Добрармии в «возрождении российской государственности», эти слова грузинского политика вызвали с трудом сдерживаемое возмущение.