Принципиальная позиция характеризовала А. А. Епишева во всем, что касалось военно-исторической науки. Он принимал самое непосредственное участие в создании и становлении Института военной истории Министерства обороны СССР. Много раз встречался Алексей Алексеевич с научными работниками института, ориентируя их на комплексное исследование актуальных проблем развития армии и флота. В выступлении на партийном собрании коммунистов института в феврале 1977 г. начальник ГлавПУ подчеркивал: «Институт становится головным военно-теоретическим научно-исследовательским центром Вооруженных Сил. Неизмеримо расширяется круг его задач, фактически охватывающий основные проблемы советского военного строительства, исследование важнейших оперативно-стратегических, социально-политических и военно-исторических проблем».
К слову, уже когда А. А. Епишева не стало, в Институте военной истории проводилось совещание военных, историков, посвященное повышению качества военно-исторической работы в Советских Вооруженных Силах. Участники его обменивались мнениями о том, как повысить теоретический уровень исследований, как добиться, чтобы в военной истории полностью восторжествовали правдивость, объективность. Встал вопрос и о причинах застойных явлений, затронувших и военно-историческую науку. Генерал-лейтенант в отставке Н. Г. Павленко попытался связать эти причины с деятельностью отдельных руководителей, в том числе был назван и А. А. Епишев. Ряд присутствующих товарищей, возражая против такой трактовки вопроса, попросили выступающего привести хотя бы один-два конкретных факта в подтверждение своих слов. Как и следовало ожидать, весомых фактов товарищ Павленко не привел.
От А. А. Епишева, понятно, многое зависело, и то, чтобы военная история развивалась и писалась правдиво, объективно. Многое, но не все. Думается, он сам имел свое твердое мнение по ряду вопросов нашего прошлого, имел, высказывал его, но дело дальше не двигалось. Так было, скажем, в 1966 г. На заседании редакционной комиссии шеститомного издания «История Великой Отечественной войны» высказывались предложения о ее переиздании. Алексей Алексеевич в принципе поддержал предложение, но высказался за то, чтобы содержание томов предварительно было самым серьезным образом разобрано с позиций научного анализа, выяснения истины, правды. Как известно, переиздание труда задержалось.
А. А. Епишев был членом Главной редакционной комиссии двенадцатитомного труда «История второй мировой войны 1939 — 1945», а также заместителем председателя Главной редакционной комиссии восьмитомной Советской Военной Энциклопедии. Многие его предложения вносились в содержание этих изданий и получали одобрение. Так было с периодизацией Великой Отечественной войны, когда отдельные военные историки хотели отойти от устоявшейся периодизации. В центре полемики оказался вопрос о рамках коренного перелома в ходе Великой Отечественной и всей второй мировой войны. Алексей Алексеевич отстаивал утвердившуюся оценку. Большое теоретическое и методологическое значение имело обоснование актуальных военно-исторических проблем в названных трудах, как и четкое определение категорий теории военного искусства, военного строительства, обучения и воспитания. За активное участие в подготовке и издании многотомного труда «История второй мировой войны 1939 — 1945» А. А. Епишев вместе с другими военачальниками и учеными был удостоен Ленинской премии.
Конечно, двенадцатитомный труд создавался долго, не в полной мере был использован и архивный материал, и, естественно, он не во всем отвечает возросшим требованиям к исследованию истории второй мировой войны. В нем получили освещение события, процессы, характеризующие стратегический уровень войны. Что же касается действий оперативно-тактического порядка, то они раскрыты слабо, излишне много внимания в труде уделено отдельным операциям, всесторонне не проанализированы причины поражений, особенно в первый период войны.
В последнее время в пылу полемики о ликвидации «белых пятен» в истории минувшей войны отдельные историки, писатели склонны считать двенадцатитомный труд слабым в научном отношении, односторонним в исследовании прошлого. Такая точка зрения, думается, не соответствует истине. Названный труд может служить и ныне методологической основой для дальнейшего исследования причин возникновения второй мировой войны, ее характера, хода и исхода, для использования в интересах военно-патриотического воспитания.