Учеба в академии подходила к концу. 1 мая 1929 года Н. Ф. Ватутин был в числе участников военного парада на Красной площади. Выпускной курс по традиции шел впереди остальных батальонов академии. После прохождения мимо Мавзолея им разрешили остаться па Красной площади и посмотреть парад боевой техники и демонстрацию трудящихся столицы.
А вскоре начались выпускные экзамены. Н. Ф. Ватутин сдал их блестяще и был назначен на должность помощника начальника оперативного отделения 7-й стрелковой дивизии, штаб которой в то время находился в Чернигове. Поскольку Ватутин был единственным человеком в соединении, имеющим академическое образование, командование поручило ему проводить со штабными работниками дивизии и полков занятия по тактической подготовке. Николай Федорович успешно справился с этим заданием.
Через полтора года Н. Ф. Ватутина переводят в штаб Северо-Кавказского военного округа на должность помощника начальника одного из отделов штаба. И на этой работе Николай Федорович зарекомендовал себя с самой лучшей стороны. Его ценили за то, что, выезжая в войска, он всегда искал повое, поучительное, глубоко изучал и грамотно обобщал опыт передовых частей и соединений. Так, в одном из приказов по штабу СКВО отмечалось, что «проведенные под руководством Ватутина Н. Ф. опытные учения дали богатый материал по организации управления войсками». В другом ему объявлялась благодарность «за добросовестное и вдумчивое инспектирование войск и за ряд ценных предложений».
Однако Николай Федорович мечтал о самостоятельной работе. Просил отправить его в войска. Ему пошли навстречу, назначив начальником штаба 28-й горнострелковой дивизии.
В те годы в стране быстрыми темпами развивалась социалистическая индустрия. В армию поступали новейшие по тому времени отечественная боевая техника и оружие. Совершенствовались тактика, оперативное искусство. Все это предъявляло повышенные требования к командному составу, к руководству войсками. И в 1934 году Н. Ф. Ватутин снова переступил порог Военной академии имени М. В. Фрунзе, чтобы продолжить учебу на курсах усовершенствования командного состава.
Учиться было интересно, тем более что рядом были такие сокурсники, как Ф. И. Толбухин, А. И. Антонов, И. С. Конев, прекрасно подготовленные в военном отношении командиры, имеющие богатый опыт армейской службы. Ватутину, находившемуся на стороне то «синих», то «красных», не раз приходилось меряться с каждым из них силами, водя условные полки и дивизии в наступление, организуя прочную оборону.
По окончании курсов на каждого слушателя были написаны характеристики. Их лично просматривал и утверждал начальник академии Б. М. Шапошников — прекрасный педагог, человек глубокой эрудиции, ставший впоследствии Маршалом Советского Союза. Когда дошла очередь до характеристики на Н. Ф. Ватутина, Б. М. Шапошников вписал в нее такую строку: «По всем вопросам имеет свое самостоятельное суждение». По свидетельству очевидцев, это был его наивысший отзыв о человеке.
Некоторое время Ватутин продолжал службу в своей горнострелковой дивизии. Но вскоре его назначили начальником отдела штаба Сибирского военного округа. Здесь он принимает деятельное участие в инспектировании войск, в подготовке и проведении учений. Воочию видит, как неузнаваемо изменилась наша армия. На вооружение поступали новейшие танки, увеличилось количество автоматического оружия, артиллерия переводилась на механизированную тягу. Словом, армия вступала в машинный период, который конечно же стал предъявлять к командирам и штабам более высокие требования. И хотя за плечами у Ватутина были уже академия и курсы усовершенствования, все равно он чувствовал, что знаний ему подчас не хватает.
Словно разгадав душевное состояние молодого начальника отдела штаба, командование Сибирского военного округа в 1936 году посылает его на учебу в Академию Генерального штаба. Но закончить академию Н. Ф. Ватутину не довелось. После успешной сдачи экзаменов за первый курс он, получив отпуск, поехал вместе с Татьяной Романовной на курорт. А через неделю получил телеграмму, в которой ему предлагалось срочно вернуться а Москву.
В поезде мучался в догадках — почему такая спешность? Обстановка прояснилась в Москве: начальник академии объявил, что его, Ватутина, и еще нескольких слушателей приказано отозвать из академии и направить в войска.
В Главном управлении кадров Н. Ф. Ватутину вручили предписание и предложили в этот же день убыть в столицу Украины и вступить там в должность заместителя начальника штаба Киевского военного округа[1].