Преобладание в армии армян ставило на повестку дня определение их позиции к мусульманскому населению. Главнокомандующий Бакинскими вооружёнными силами Г.Н. Корганов докладывал Ленину, что преобладание в армии солдат-армян «неизбежно приводит в отдельных случаях к эксцессам, жестокостям и насилиям». Однако «с национализмом боремся непрерывно и уже многого добились», продолжал он[165]. Прежде всего «во имя торжества интернационализма» было предписано расформировать армянские национальные части и влить армянских военнослужащих в Красную армию по отдельности. Однако на деле эта мера реализована не была и армянские части вошли в Кавказскую Красную армию целиком. Шаумян заявлял о развёртывании в частях интернациональной пропаганды: «Пусть скажет кто-нибудь, что наш военный руководитель в каждый отряд не посылал специального комиссара, который должен был удержать солдат, чтобы они не обижали мусульманского населения, чтобы не было мародёрств и убийств мусульманской бедноты…»[166]
Однако за то историческое мгновение, которое просуществовала Бакинская коммуна, интернациональная воспитательная работа, как и дело насаждения твёрдой воинской дисциплины в целом, конечно, не могли дать глубоких результатов. Само руководство коммуны, очевидно, относилось к этой работе как к перспективной. В масштабах «текущего момента» гораздо более эффективна была ставка на вражду между армянами и мусульманами. В донесениях в Москву оно не скрывало тесных контактов с представителями дашнакской партии, главной целью ставившей спасение армян в Закавказье.
Между тем над Бакинской коммуной всё более сгущались тучи: 28 мая 1918 г. в Елизаветполе (Гяндже) была провозглашена Азербайджанская демократическая республика, ставившая целью освобождение своей столицы — Баку. Для этого азербайджанское правительство немедленно призвало на помощь единоверцев-турок, которые не заставили себя долго ждать, имея на Баку собственные виды. Уже в мае 1918 г. в Елизаветполе началось сосредоточение турецких частей, а также было приступлено к формированию азербайджанской национальной армии — так называемой Армии ислама. 6 июня 1918 г. главнокомандующий турецкой армией Энвер-паша прибыл в Батум в сопровождении начальника своего Генштаба генерала фон Секста. 9 июня был издан приказ: 3-й армии (командующий Эссад-паша) в составе 3, 11, 36 и 37-й дивизий ставилась задача занять район Батум, Карс. 9-я армия под руководством Якуб-Шефки-паши (9, 10, 15, 5 и 12-я пехотные дивизии) должна была защищать Кавказ от большевиков.
5-я кавказская дивизия Нури-паши должна была отправиться в район Елизаветполя для организации азербайджанской армии. Правда, её создание сильно затянулось. По многочисленным свидетельствам современников, собственно азербайджанцы воевать ни с кем не желали. Принудительные мобилизации давали лишь горстки людей, да и те по ночам уходили в казённой экипировке и с оружием[167]. По данным русских офицеров, докладывавших в Добровольческую армию, за две недели удалось собрать лишь 300 человек; «население бежит от мобилизации в горы, в леса, даже к армянам»[168]. Поэтому основу Армии ислама составили турецкие офицеры и солдаты. Присутствие азербайджанских войск было лишь имитацией, прикрывавшей турецкую оккупацию.