В октябре 1918 г. Дитерихс приехал в Уфу, где начинало свою работу первое Всероссийское правительство антибольшевицких сил – Уфимская Директория. Здесь он встретился с военным министром Директории генерал-лейтенантом В.Г. Болдыревым. Встал вопрос об объединении всех антибольшевицких воинских контингентов под общим командованием. В своих воспоминаниях, написанных и изданных в СССР, Болдырев так вспоминает об этом: "Наибольшим осложнением в вопросе объединения вооруженных сил было подчинение чехов Русскому Верховному Главнокомандованию… Решительное совещание по этому поводу состоялось в моей квартире, в присутствии прибывшего в Уфу генерала Дитерихса. Раньше я не встречался с Дитерихсом… Прибытию его в Уфу предшествовали слухи о его больших связях с французами и о возможности его кандидатуры на высшее командное положение в Сибири. Дитерихс перед этим руководил чешскими войсками при ликвидации большевиков в Приморье, а потому пользовался известным значением и среди чешского командования, находившегося на Урале и в Западной Сибири… Но Директория твердо стала на точку зрения абсолютной недопустимости возглавления русских войск иноземцами или даже русскими генералами, являвшимися ставленниками союзников.
Я предлагал Дитерихсу принять то или иное участие в работе. Он отказался, заявив, что не хотел бы отрываться от чехов. За время нашего совещания Дитерихс усиленно подчеркивал свою близость к чехам. Подчеркивание это было настолько ярким, что вызвало даже мой невольный вопрос: считает ли он себя русским генералом; на что Дитерихс ответил: "Я прежде всего чешский доброволец". На это указывала и чешская нашивка на его рукаве…"[50].
Никоим образом не стоит понимать этих слов Михаила Константиновича как выражение некоей "антирусской позиции". Для него участие в боевых действиях вместе с чехами было тогда гораздо важнее подчинения "демократической", эсеровской по своему партийному составу Всероссийской Директории.
Но ее время оказалось недолгим. 18 ноября 1918 г. Омский Совет Министров призвал вице-адмирала А.В. Колчака к власти Верховного Правителя России. Директория была свергнута, и высшая власть в России принадлежала теперь одному лицу. Военные и общественные круги по-разному отнеслись к смене власти. Представители кадетской партии, правые организации, большинство военных поддержали Колчака. Представители "революционной демократии", эсеры, меньшевики, руководство Чехословацкого корпуса осудили "омский переворот", а эсеры призвали к вооруженному сопротивлению.
По свидетельству ген. Болдырева, известия о приходе к власти Колчака Дитерихс встретил скорее негативно, разделяя, тем самым, взгляды чехословацкого руководства, считавшего адмирала "узурпатором". Но, с другой стороны, Дитерихс, учитывая опыт 1917 года, понимал, что для фронта единоличная власть, как и единоначалие вообще, явление положительное. После объединения вооруженных сил в ноябре 1918 г. был создан Западный фронт, включавший в себя Екатеринбургскую, Камскую и Самарскую группы белых армий, а также союзные им чехословацкие, сербские и другие части, воевавшие на Урале. Дитерихс с января до середины февраля 1919 г. был Начальником штаба фронта, а затем вр.и.д. ГлавноКомандующего фронтом. А в ноябре-декабре 1918 г. Дитерихс возглавлял располагавшуюся в Челябинске генерал-квартирмейстерскую часть. Он перестал числиться по Чехословацкому корпусу, и хотя на рукаве его кителя еще сохранялся чешский нарукавный щиток, но на шинель вернулись русские погоны генерал-лейтенанта. Он активно работал над составлением планов наступательных операций.
Интересная историческая деталь. Адъютант Дитерихса поручик Людвик Свобода стал впоследствии известным генералом, Президентом Чехословацкой Советской Социалистической Республики, Героем Советского Союза. А в 1918 году он, впрочем, как и многие из будущих чешских политиков и генералов, воевал против советской власти, был дисциплинированным адъютантом генерала-монархиста. Другой помощник Дитерихса, поручик Владимир Войцехович Клецанда был в 1917 году переводчиком в штабе Юго-Западного фронта. Арестованный "по делу Корнилова", он стал в январе 1917 г. генерал-квартирмейстером Западного фронта, а в 1924 г. – военным атташе во Франции.