Дитерихс, убеждавший генерала Болдырева в том, что он всего лишь "чешский доброволец", человек, заслуживший у чехов уважение и авторитет, вышел из состава корпуса. После "омского переворота" в руководстве корпуса все большее влияние стали получать откровенно левые элементы, весьма негативно относившиеся к Колчаку и всем правым силам в Сибири… Дитерихс, с его прошлым "царского генерала", мог показаться слишком правым. К тому же, после того как в боях лета-осени 1918 г. погибли лучшие солдаты и офицеры корпуса, карьеру в нем стали делать свои прапорщики и поручики. Заметную роль сыграло и то, что чехословацкие части с января 1919 г. были сняты с фронта на охрану Транссибирской магистрали, где их задачи сводились, по существу, к административно-полицейским функциям. Чтобы руководить этими боями, хватало знаний младшего офицера, а не генерала-генштабиста. Война на Западном фронте закончилась. Антанта торжествовала победу, и отправляться за границу было бессмысленно. Для Русского Патриота, боевого, заслуженного генерала, абсолютно неприемлемым было бы желание отсидеться, переждать, посмотреть "чья возьмет", оставаясь с чехами и мирно "охраняя" Транссиб. Дитерихс считал, что его знания и опыт могут стать полезными для новой Русской армии, Армии Возрождающейся России.
Новый, 1919-й год Дитерихс встретил в штабе Западного фронта, планируя операции на Уфимском направлении. Но вскоре наступил подлинный поворот в его судьбе. 8 января 1919 г. он был исключен из списков Чехословацкого корпуса и переведен на службу в Российскую армию Верховного Правителя России и Верховного Главнокомандующего адмирала А.В. Колчака. Специальным предписанием Верховного Правителя от 17 января 1919 г. на Дитерихса возлагалось "общее руководство по расследованию и следствию по делу об убийстве на Урале Членов Августейшей Семьи и других Членов Дома Романовых".
Расследование обстоятельств гибели Царской Семьи началось сразу же после освобождения Екатеринбурга от большевиков летом 1918 г. С самого начала следствия, помимо сугубо юридических споров о причинах этого страшного преступления и о розыске виновных, возникли другие вопросы. Остался кто-либо в живых из Рода Романовых и может ли считаться легитимной любая власть, существующая на территории бывшей Российской Империи?
Почему руководить расследованием стал именно Дитерихс? С одной стороны, в связи с расформированием Западного фронта и созданием на его основе трех отдельных армий генерал оставил свои фронтовые должности. С другой – Верховному Правителю были хорошо известны не только монархические симпатии Дитерихса, но и его поразительное трудолюбие, стремление скрупулезно вникать во все детали любого дела, которое ему поручалось. Кроме того, за полгода производства следствия так и не было дано ответа на вопрос о том, что же все-таки произошло в доме Ипатьева в ночь с 16 на 17 июля 1918 г.
2 февраля 1919 г. после предварительного ознакомления с материалами следствия Дитерихс доложил Колчаку, что расследование необходимо систематизировать, разбить следственные действия на ряд отдельных направлений. В докладе отмечалось, что нужно не только собирать "вещественные доказательства", изучать места, связанные с актом Цареубийства, разыскивать свидетелей по делу и, самое главное, продолжать "розыски тел мученически погибших бывшего Императора, членов Его Семьи и состоявших при нем придворных и слуг", важно также "выяснение дела с юридической, исторической и национальной точек зрения"[51]. В качестве человека, способного расследовать обстоятельства дела, Дитерихсу был представлен недавно перешедший линию фронта судебный следователь по особо важным делам Омского окружного суда Н.А. Соколов. 2 февраля он был представлен Колчаку, и 6 февраля 1919 г. ему поручалась непосредственная работа по ведению расследования[52].
В ходе следствия Дитерихс пытался понять, прежде всего, причины свершившегося преступления. Он впервые, много раньше многочисленных российских и эмигрантских политиков и публицистов, пришел к выводу, что акт Цареубийства стал следствием глубокого раскола власти и общества, отсутствия чувства государственности и патриотизма у так называемой "общественности", у "бояр-западников". Эта антигосударственность привела к Февралю и Октябрю 1917 года, сделала возможным Цареубийство. При этом, в отличие от многих современных публицистов, Дитерихс отнюдь не стремился переложить всю вину на деятелей Временного Правительства, не искал корни некоего "масонского заговора". Трагедия Династии заключалась в том, что ей отказал в верности сам русский народ, нарушивший Крестное Целование, данное на Земском Соборе 1613 года. Русский народ оказался ослепленным демагогией, исходившей сперва от "бояр-западников", а затем от левых радикалов-большевиков. Если бы народ сохранил свою верность Клятве 1613 года, если бы оттолкнул от себя демагогов типа Ленина, Троцкого и Милюкова, то тогда можно было бы избежать революционных потрясений, избежать Цареубийства.