Тщательность следствия была максимально возможной в тех условиях. Малейшие имеющие хоть какое-либо отношение к Цареубийству предметы, свидетельства скрупулезно собирались и анализировались. Все документы сохранялись в трех экземплярах (для Дитерихса, Соколова и английского журналиста Р.А. Вильтона, наблюдавшего за ходом следствия и готовившего информацию на Запад, копии с наиболее ценных материалов отправлялись также Министру юстиции проф. Г.Г. Тельбергу). В прессе материалы о ходе следствия не публиковались, и лишь изредка, в виде слухов, в некоторых правых газетах появлялись указания на то, что Государь жив, укрыт в надежном месте и рано или поздно заявит о себе.
Отъезжая на фронт, получив новое назначение, Дитерихс продолжал контролировать ход следствия. При его содействии Соколов получил специальный вагон, в котором жил и работал на станции в Екатеринбурге. К работе периодически подключались офицеры Контрразведывательного отделения Восточного фронта, под непосредственным наблюдением главного начальника Военно-административных управлений Восточного фронта генерал-майора С.А. Домонтовича, раскопки в лесу и их охрану выполняли солдаты Сибирской армии. Всего в следствии принимало участие более 1 000 человек. По инициативе Дитерихса в начале июня начались раскопки непосредственно на Коптяковской дороге, в урочище Ганина Яма. Раскопки шли вплоть до сдачи Екатеринбурга красным войскам (она произошла почти через год после гибели Царской Семьи, 15 июля 1919 г.).
Еще в феврале 1919 г. адмирал Колчак приказал Дитерихсу все собранные вещи, принадлежавшие Царской Семье и не имеющие непосредственного отношения к следствию, отправить в Англию, для передачи близким родственникам Николая II, в частности – его сестре Ксении Александровне. Собранные вещи – одежда, украшения, предметы домашнего обихода, книги, многочисленные иконы, а также части вырезанных пола и стен в подвале, где произошло убийство – были тщательно упакованы в 50 ящиков и отправлены специальным поездом во Владивосток, откуда на английском крейсере "Кент" они должны были быть доставлены в Лондон. Однако по прибытии в порт оказалось, что ящиков всего 29. Остальные исчезли. 18 марта 1919 г. они были сданы командиру корабля, но по прибытии в Англию обнаружилась новая пропажа. После вскрытия ящиков обнаружилось, что большая часть вещей пропала и заменена разным мусором[53]. Так людские страсти продолжали окружать Августейшую Семью и после ее гибели.
Из всех реликвий Царственных Мучеников сохранилась лишь Библия с пометками Государя и Государыни. Обнаруженная в комнате Ипатьевского дома, она находилась у самого Дитерихса, почитавшего ее как Святыню. После его кончины София Эмильевна передала Библию "Обществу ветеранов Великой войны" в Сан-Франциско, где она хранится до сих пор в красном углу Суворовского зала "Общества".
Участие в расследовании Цареубийства стало для Дитерихса и неким Актом Покаяния. Гражданская война становилась для Дитерихса не просто противостоянием белых и красных, а противостоянием Христа и Антихриста, борьбой Добра со Злом, борьбой, которая должна идти под Знаменем Православной Веры. Не случайно штабной вагон генерала был украшен многочисленными иконами, бережно хранимыми позднее в Зарубежье.
Ни в коем случае нельзя отрицать духовное содержание Белого движения. Верховный Правитель России адмирал Колчак был Православным христианином, в нем была убежденность в правоте Белой борьбы. Примечательно, что официальным гимном Белой России был признан "Коль славен наш Господь в Сионе" Д. Барятинского и М. Хераскова. Но… По словам С.П. Мельгунова, "…Колчак жаловался, что мнения Дитерихса всегда шли наперекор его мнениям, и что ему приходилось напоминать своему начальнику штаба, что лицом решающим все-таки является он, Колчак… Может быть, здесь играла роль политическая антипатия. Колчак для Дитерихса – демократ, следовательно, политический антипод. "Мистика" Колчака весьма мало сближалась с "мистикой" Дитерихса: у Колчака на первом плане была Россия, у Дитерихса – монархическая Россия…"[54].