За короткое время службы в Афганистане Лебедь получил несколько наград, к которым в последующие годы добавятся другие ордена и медали: орден Красного Знамени, орден Красной Звезды, орден «За заслуги перед Отечеством» II и III степени, медаль «За отвагу» и крест «За защиту Приднестровья».
Служба в Афганистане была для офицера не только боевым крещением: она изменила отношение Лебедя к советскому режиму. Позже он напишет: «Эта война была бессмысленной политической авантюрой. Эта попытка экспортировать революционную идеологию, которая оказалась несостоятельной, была началом конца. И затем отсутствие каких-либо мер в отношении возвращающихся домой солдат. «Не мы вас посылали в Афганистан!» — говорилось потом компетентными властями. Служащий существует для государства — а не государство для служащего. Однако у нас менталитет тех, кто наверху, остается одинаковым, под коммунистическим ли знаменем он или под демократическим. Только когда кто-нибудь это осознает, можно попытаться что-то в этом изменить».
По прибытии Лебедя домой его ожидает особый «сюрприз». В его документы о переводе — случайно или со злости — закралась веская ошибка: при печатании вместо «убыл» там стоит «убит». Понятия, которые в русском языке различаются лишь двумя буквами. В то время, когда Лебедь после прощания со своим батальоном еще неделю находился в Фергане, бумаги в его военное училище в Рязани и родной город Новочеркасск пришли раньше, чем он прибыл туда. Жена Инна не поверила извещению и ждала официального подтверждения… Будучи матерью детей десяти, восьми и трех лет, она просто не хотела признать, что ее мужа больше нет в живых. Бывший командир батальона, в котором учился Лебедь в Рязанском военном училище, полковник Владимир Николаевич Степанов сначала получил ложное извещение, но, к счастью, не решился повергнуть в шок и печаль семью Лебедя таким сообщением, так как и Степанов интуитивно был убежден в том, что Лебедь не погиб — он очень хорошо знал его…
А Афганистан? Война продолжалась десять лет — от Брежнева, при Черненко и Андропове до Горбачева. При последнем, с 1985 по 1989 год, она вошла в самую кровавую фазу. Почему? Прежде всего Советы просто недооценили противника и никогда не мобилизовывали достаточно сил и ресурсов, чтобы суметь контролировать страну. Если американцы во Вьетнаме (пятая часть площади Афганистана) имели полмиллиона человек, в Афганистане было 100 000 российских солдат, которые составляли четыре дивизии, пять отдельных бригад и три отдельных полка. Даже территории, очищенные от врага, они не могли удержать или защитить.
По мнению генералов, таких как Борис Громов и Мохаммед Навроз, — оба участники этой войны, — чисто технические причины также имели решающее значение для результата. Советская Армия не была готова к партизанской войне в незнакомой горной стране. К тому же моджахеды получали из США и некоторых исламских государств через свои базы в Пакистане материальную, военную и политическую помощь. Но и после ухода советских войск страна не обрела покоя. По сей день она представляет собой поле битвы между соперничающими исламскими державами.
Последствия для самого Советского Союза были драматичны. Всеобщая деморализация и потеря веры не только в методы, но также в успех режима, под знаменем которого осуществлялся с такими большими потерями экспорт идеологии государства, уничтожили без остатка самоотверженность советского народа. Советский Союз все больше становился колоссом на глиняных ногах, крах которого был больше только вопросом времени.
В конце июля 1982 года, оправившись после ранения, Александр Лебедь начинает учебу в Военной академии имени Фрунзе. Он переезжает в Москву со своей семьей — женой Инной и детьми.
Вначале интенсивность обучения и экзаменов была очень высокой. Лебедь, как и другие, принимает участие в преподавании вооружения и военной техники. При этом большая часть времени проходит за зубрежкой цифровых кодов систем вооружения, которые он еще никогда не видел. Занятия автоматическими системами управления он считает намного интереснее.
С особым удовольствием Лебедь окунается в науку о военном искусстве: оперативное искусство, стратегию и тактику. Ему не мешает и то, что приходится работать и в неучебное время, так как списки обязательной литературы охватывают всю историческую военную литературу, вплоть до описаний походов Ганнибала.