Начиная с 5 сентября над Москвой стал лить сильный дождь. Он несколько притушил пожары, но совсем их не погасил. Когда Наполеон возвращался из Петровского дворца в Кремль, над городом стелился дым, тлели обуглившиеся остатки строений на пожарищах.
Повсюду в уцелевших зданиях располагались французские солдаты, бульвары приспособили под отдых лошадей. Горели костры, в которые бросали всё уцелевшее в домах.
Многие были пьяны и в пьяном угаре делили меж собой награбленное. На одной из площадей судили слепого старика, обвинив его в поджоге. В назидание свидетелям его тут же повесили.
Вскоре на стенах домов и досках объявлений появились афишки, в которых французских солдат предупреждали, что каждый, кого уличат в грабеже, будет предан военному суду по всей строгости законов. Но эта угроза была бессильна: грабежи и насилия продолжались.
В загородном дворце, пережидая пожар, Наполеон находился четыре дня. Это было для него тягостное время. Овладев столицей России, он оказался в ней в положении узника того, с кем вёл войну.
Потеряв в сражениях значительную часть своих сил, армия и с овладением Москвой продолжала таять.
Выезжавшие за фуражом в окрестности Москвы отряды подвергались нападению казаков и местных партизан. Расправа с пленными становилась всё ожесточённее. От недостатка корма лошади падали сотнями. Кавалерийские части превращались в пехотные. Лишалась конной тяги и артиллерия. В Москве не прекращались грабежи. В армии росло воровство, насилие. Дальнейшее пребывание в городе угрожало окончательным разложением армии.
Ещё в начале войны некоторые генералы осторожно высказывали опасения неудачи в далёком походе на Москву. Однако Наполеон им не внял. Он не любил отказываться от задуманного.
Начиная войну, он был уверен, что она продлится недолго: первый бой станет её концом. План сражения в районе Дрисского лагеря, составленный прусским горе-теоретиком Фулем, был ему известен. Он знал его порочность и готов был в первой же схватке разгромить русскую армию. Однако сражение у Дриссы не состоялось. Неожиданно Барклай-де-Толли отвёл армию к Витебску, и тогда Наполеон послал Александру своё первое письмо.
В нём он писал: всё произошедшее доселе «не вяжется с характером Вашего величества и личным уважением, которое Вы мне подчас выказывали… Ещё когда я переправился через Мемель, я хотел послать к вам адъютанта, как всегда делал во время военных кампаний». Когда Александр не пожелал принять посланного гонца, «я понял, — писал Наполеон, — что незримое Провидение, чью силу и господство я признаю, должно решить исход этой кампании, как, впрочем, и многих предыдущих… Мне не остаётся ничего другого, как закончить это письмо просьбой помнить, что я по-прежнему неизменен в своей симпатии к Вам».
Это письмо осталось без ответа. Тогда из Смоленска Наполеон вновь послал к Александру гонца. Тот отказался передать письмо, но признался, у него есть брат, который служит в главном штабе русских.
— Вы окажете мне любезность, — сказал нарочному Наполеон, — если ваш брат доведёт через великого князя до императора Александра моё самое большое желание — заключить мир.
Генерал Бонапарт никого не просил. Он был выше этого. Но предчувствие затаившейся угрозы вынудило его просить, вопреки привычке, после смоленской неудачи.
Находясь в Кремле, Наполеон узнал о нахождении в Москве начальника Московского воспитательного дома генерал-майора Тутолмина. Вызвав своего подчинённого генерал-интенданта Дюма, Наполеон приказал пригласить того в Кремль для беседы. Он долго говорил с генералом о жестоком, варварском способе ведения русскими войны, о бесцельности сожжения Москвы, спросил, не смеет ли тот просить его о чём-нибудь. Тутолмин высказал желание послать донесение о состоянии вверенного ему воспитательного дома его покровительнице — императрице.