В академию могли поступать офицеры не моложе 18 лет и в чинах не старше капитана армии и штабс-капитана гвардии, артиллерии и сапёров. Офицеры, проходившие военную службу вне Петербурга, сначала держали предварительный экзамен при корпусных штабах. «В академии желающие поступить в теоретический класс держали вступительный экзамен; те, кто желал поступить сразу в практический класс, — и вступительный, и переходной; а желающие приобрести права окончивших курс — ещё и выпускной. По окончании курса офицеры прикомандировывались на 1 год к образцовым частям для ознакомления со службой. Выпуск производился в октябре. Окончившие по 1-му разряду получали следующий чин, по 2-му — выпускались тем же чином, а по 3-му — возвращались в свои же части и в Генеральный штаб не переводились. Армейские офицеры переводились в Генеральный штаб с тем же чином, артиллеристы, инженеры и гвардейцы — с повышением (гвардейцы ещё со старшинством в последнем чине). В 1850–1855 гт. академия выпускала ежегодно в среднем 23 человека. В 1855 г. она стала называться Николаевской академией Генерального штаба. С 1909 года — Императорская Николаевская военная академия.
Организация академии была существенно изменена в 1862, 1888 и 1893 годах. В 1862 г. было установлено, что с 1863 г. для поступления в академию (кроме геодезического отделения) надо прослужить 4 года (исключая время службы на нестроевых должностях). Из окончивших в Генеральный штаб зачислялись только на вакансии, а остальные возвращались в части, причём окончившие по 1-му разряду — со следующим чином (но не выше капитана Генерального штаба или равного ему майора армии). В 1863 г. и на геодезическое отделение принимали после 2 лет строевой службы. Но уже в 1868 г. из 4 лет можно было иметь только 2 года строевой службы для всех поступающих. При этом приём (ранее не ограниченный) был установлен в 50 человек (геодезическое отделение — 19 человек за два года). В 1869 г. для окончивших по 1—2-му разрядам был введён дополнительный 6-месячный курс.
На общем отделении академии главными предметами были тактика, стратегия, военная история, военная администрация, военная статистика, геодезия с картографией, съёмкой с черчением, а вспомогательными — русский язык, сведения по артиллерийской и инженерной части, политическая история, международное право и иностранные языки. На геодезическом отделении — теоретическая и практическая астрономия, физическая география, геодезия со съёмкой и черчением, картография и военная статистика; вспомогательными — военная администрация, тактика, русский и иностранные языки.
С 1894 г. квота на число поступающих отменена, но изменились и правила выпуска: было установлено, что основная задача академии — распространение высшего военного образования в армии. В соответствии с этим после 2-го курса офицеры выпускались в войска, а лучшие поступали на дополнительный курс, и лишь окончившие его причислялись к Генеральному штабу. Выпускники были обязаны прослужить в военном ведомстве 1,5 года за каждый год обучения.
Довольно большое число офицеров по разным причинам отчислялись до окончания курса: за 1881–1900 гг. было отчислено 913 человек. Зато окончившие академию занимали впоследствии высшие командные посты.
По положению (пр. по воен. вед. 1893 г.) Николаевская академия Генерального штаба имела целью:
«а) развитие высшего образования среди офицеров армии и
б) комплектование корпуса офицеров Генерального штаба.
Кроме двух классов — младшего и старшего — существовал Дополнительный курс, куда переводились лучшие по успехам из офицеров, в числе, соответствующем вакансиям в Генеральном штабе» (Императорская Николаевская военная академия).
Поручик (пр. 06.12.1909 г.; старшинство 22.04.1909 г.) Яков Александрович Слащёв окончил академию в 1911 году. Два класса вместе с дополнительным курсом — успешно, но без права причисления к Генеральному штабу из-за низкого среднего балла. Сегодня можно лишь предположить, так как прямых свидетельств не сохранилось, что Яков Александрович вполне мог вступить в конфликт с одним из преподавателей академии. Прямой, честный и храбрый офицер отличался превосходнейшим образованием, но уже тогда не терпел несправедливость.
А.И. Деникин в своих незаконченных мемуарах, вспоминая академию, очень ёмко сформулировал своё отношение к несправедливости в её стенах следующими словами: «Каким непроходимым чертополохом поросли пути к правде». Для этого у него были достаточно веские причины: