Вже тоді стояв на позиціях щодо необхідності створення української незалежної держави «від Путивля до Самбора».
Влітку 1659–го разом з гетьманом І. Виговським брав дієву участь у знаменитій Конотопській битві, де російські війська зазнали нищівної поразки і понесли великі втрати.
Польському гетьманові Єжи Любомирському козацький полковник Дорошенко гордо заявив, що українці за волю стоятимуть насмерть, адже «маємо шаблі при боці і самопали в руках»!
Служив Петро Дорофійович (козак — писар — полковник — наказний гетьман) при чотирьох гетьманах: Богданові Хмельницькому, Іванові Виговському, Юрієві Хмельницькому та Павлові Тетері. Коли останній втратив булаву, козацька рада в серпні 1665 року обирає наказного гетьмана Петра Дорошенка гетьманом України (спершу, правда, Правобережної) із врученням йому клейнодів: булави, бунчука, прапора і печатки. Польському королеві він гордо писатиме (у відповідь на чутки, що, мовляв, то йому татари посприяли стати при владі): «Мене не мурзи на цей щоденний тягар (на гетьманський уряд) обрали, але згодними голосами полковники, сотники, осавули і чернь».
Так почнеться його хресний шлях на Голгофу України — за її волю і незалежність, тієї України, яку він — великий українець — навіть в офіційних універсалах ласкаво й ніжно називав «отчизною нашою милою». Це він в одному з листів до гетьмана Лівобережної України І. Брюховецького писатиме: «Я готовий все уступити на користь народу, навіть і саме життя своє, але залишити його у тяжкій неволі і думати мені нестерпно».
На чолі гетьманського уряду Української козацької держави Петро Дорошенко пробув не багато, але й не мало (якщо зважити на ті неспокійні часи, підступи, змови, зради, чвари-котори тощо) — 11 років. Богдан Хмельницький пробув на гетьманстві трохи менше — 9 років, хоча зробив неймовірно багато (одних лише битв виграв п’ять — Жовтоводську, Корсунську, Пилявецьку, Зборівську та Батозьку) та ще й створив Козацьку республіку і її уряд — гетьманат, але все одно залишив Україну на півдорозі до волі, не завершивши задуманого. Не вдалося втілити задумане Богданом Хмельницьким і його послідовнику та провіднику його політики Іванові Виговському, не вдасться завершити і другому послідовнику Богдана — Петрові Дорошенку. Ніхто із сусідів повсталої України не хотів, щоб вона здобула незалежність. Російська імперія, Польське королівство, ханство Криму і султанат Османської імперії, — всі вони хотіли мати Україну в якості своєї волості (улусу, губернії) і нізащо в силу своїх загарбницьких амбіцій не могли погодитись, аби вона стала вільною державою і їм рівною.
У 1665 році Петро Дорошенко стає гетьманом, а всього лише через два роки Росія нанесла Україні, своїй союзниці і майже сестрі, перший значний удар у спину. Це була відкрита і нічим не замаскована зрада, коли Росія, припинивши гру в рівноправність та братерство, в односторонньому порядку (хоча після Переяславської угоди і не мала те права робити — ні морального, ні юридичного), укладає з Польщею в селі Андрусові, що біля Смоленська, угоду про припинення війни 1654–67 років і підписує з нею перемир’я строком на 13,5 років. Воно б і нічого (мир завжди кращий, як війна), хоча й укладено те перемир’я без згоди і навіть без відома України, але ж якою ціною! Ціною по суті зради Московія вибила собі перемир’я в Польщі. В ході утаємничених переговорів, поза спиною України, було досягнуто компромісу: Польща повертала Московії Смоленськ і Сіверську землю, схвалювала входження до складу Московії Лівобережної України (свого роду анексія, насильницьке приєднання до себе частини чужої території), а як дяку за це Московія віддавала Польщі (не маючи на те віддавання ніякого права) Правобережну Україну, таким чином дві хижачки розітнули живе тіло України навпіл і по Дніпру возвели штучний кордон. (Запорозька Січ мала перебувати під владою обох імперій — це вже взагалі ні в які ворота не лізло!). Київ передавався Росії мовби ж на два роки, а далі — така була словесна казуїстика угоди — і назавжди.
Радянські історики, виправдовуючи підступність Московії, яка ціною території України (власне, її половиною) купила собі перемир’я, писатимуть: «Андрусівське перемир’я стало важливим етапом у боротьбі українського і білоруського народів за возз’єднання з Росією…»
Про те, що Андрусівське перемир’я розірвало Україну навпіл і узаконило подальше існування її у вигляді Лівобережної та Правобережної, з окремими гетьманами, що постійно звідтоді ворогуватимуть між собою під владою двох імперій, й підсилило Руїну — чомусь і не згадують.